第５代執権の北条時頼（渡辺謙）は毛利季光（高橋英樹）の娘・涼子（浅野温子）と結婚の約束をする。三浦一族と北条の間で戦が起き、三浦についた季光は自決。涼子は時頼を父の敵と恨みながらも正室の座につく。やがて側室の讃岐局（篠原涼子）に待望の男子が誕生するが、その後涼子にも男子が誕生する。この子こそ第８代執権・北条時宗である。
涼子が産んだ男子は正寿丸と名付けられた。この名は北条家の正式な跡継ぎであることを示す名で、自分の子・宝寿丸の家督相続を期待していた讃岐局は衝撃を受ける。涼子と讃岐局がひとつの館にいては争いのもとになると考えた時頼は、讃岐局に館を出ていくよう命じる。
宝寿丸（東海孝之助）と執権館を抜け出した正寿丸（小池城太朗）は、飢饉と疫病に苦しむ人々を目の当たりにする。そんな中、二人は日蓮（奥田瑛二）と出会う。元服した宝寿丸の新しい名は三郎時利。北条家では長男が太郎と名乗るのがならわし。時利を正寿丸の下に置こうという時頼の意思が込められていた。
時頼は重病にかかり、執権の職を辞して出家する。正寿丸が成長するまでの間、北条長時（川崎麻世）が代理を務めることに。その後時頼は驚異的に回復、正寿丸の元服が執り行われ、太郎時宗という新しい名を授かった。鎌倉に大地震が襲う。見回りに出た時頼は桐子という少女と出会う。
時頼は嫌がる時宗を連れて、安達泰盛（柳葉敏郎）を供に博多への旅に出る。そのころ鎌倉では「時頼の操り人形」と愚弄された長時が頭目（モロ師岡）を斬り捨ててしまう。長時の父・茂時（平幹二朗）は責任を取って切腹すると言い出すが、時利が説得する。利発な時利に不安を覚える泰盛であった。
謝国明（北大路欣也）の船で時頼と時宗は博多に到着、謝の妻・美岬（藤あや子）の歓待を受ける。佐志房（藤竜也）の養子となった桐子（磯部詩織）は、名残を惜しむ時宗に貝殻を渡す。鎌倉では時利が宗尊将軍（吹越満）に拝謁、高師氏（江原真二郎）と桔梗（原田美枝子）は時利と将軍家との縁談を画策する。
時頼は時宗（浅利陽介）を小侍所所司役につかせ、執権の修行をさせるという。重い役職に時宗は動揺する。時利は時輔（崎本大海）と改名、時宗のサポートを言い聞かされる。そんな折、日蓮は幕府を批判する「立正安国論」を時頼に献上するが、時頼は黙殺するも茂時らは日蓮の流罪を主張。松下禅尼は、泰盛の妹・祝子（児玉真菜）と時宗の縁談をすすめていた。
時頼と泰盛は時宗と祝子の縁組を決めるが、執権・長時、重鎮・政村（伊東四朗）、実時（池畑慎之介）は、知らないところで話が進められたことに腹を立てる。時宗は婚礼の場で祝子に「縁組などしたくなかった」と口走ってしまい、祝子は実家に帰ってしまう。
火事場から讃岐局によって助け出された祝子は時宗に勝手に実家に帰ったことをわびる。時宗は、祝子から讃岐局が最期に時輔の名を呼んだことを時輔に伝えるも、時輔は時宗に小笠懸の果たし合いを求める。
時宗（和泉元禰）と時輔（渡部篤郎）の小笠懸の果たし合いは、時輔によってわざと引き分けにされたため、時宗の屈辱は大きかった。長時が宗尊将軍をひそかに上洛させることを企んでいることを知った時頼は、時宗に宗尊将軍の上洛阻止を命じる。時宗は長時を問いただし、将軍上洛を中止させる。
