Sylwia Mazur - po tragicznej śmierci siostry bliźniaczki - zajmuje się jej synkiem Kaziem. Robi wszystko, by spędzać z dzieckiem każdą wolną chwilę. Wkrótce otrzymuje wezwanie do kolejnej sprawy. Pewien mężczyzna zginął na miejscu, gdy wyskoczył z balkonu wieżowca. Wszystko wskazuje, że targnął się na swoje życie; miał depresję i zmagał się z licznymi długami. Nieoczekiwanie funkcjonariuszka znajduje w szafie w mieszkaniu zmarłego kilkuletniego chłopca. Niebawem do apartamentu rzekomego samobójcy przybywa też Herkules, któremu spodobała się praca śledczego. Zamierza udowodnić Sylwii, na podstawie pobieżnych obserwacji, że policjanci doszli do błędnych wniosków. Ona nie chce, a nawet nie może skorzystać z jego pomocy, ku rozczarowaniu Nowaka. Jakiś czas później w wyniku splotu okoliczności znów dochodzi do ich spotkania. Tymczasem na progu Sylwii staje szef, który chce przeprosić. Okazuje się, że ich relacja nie jest do końca służbowa.
Herkules nie akceptuje decyzji Sylwii, która nie zamierza już korzystać z jego pomocy. Uważa, że wykorzystano go i porzucono. Udaje mu się zdobyć informacje o poczynaniach Mazur - funkcjonariuszka razem z Wojdą uczestniczą w procesie, będącym ukoronowaniem ich wspólnego śledztwa. Skazanie posądzonego o zabójstwo prostytutki młodego człowieka wydaje się jedynie formalnością. Nowak przychodzi do sądu, po czym nieproszony przez nikogo zabiera głos. Podaje w wątpliwość szereg dowodów, ostatecznie zostaje wyrzucony. Wystąpienie Herkulesa zwraca jednak uwagę ojca oskarżonego, który prosi geniusza o pomoc. Ten rozpoczyna prywatne dochodzenie. W agencji towarzyskiej poznaje prostytutkę Asię. Przekazuje mu ona ważne tropy. Praca Nowaka robi wrażenie na Wojdzie. Jacek proponuje mężczyźnie stanowisko konsultanta policyjnego. Herkules stwierdza, że się zastanowi. Tymczasem ze szpitala wychodzi jego babcia, profesor Marianna Nowak, światowej sławy fizyczka i astronomka.
Już pierwszego dnia pracy Herkulesa w policji nie brakuje emocji. Na dziedzińcu komendy pojawia się mężczyzna trzymający w ręku zakrwawiony nóż. Przyznaje się do morderstwa. Zostaje obezwładniony przez Sylwię. Jakiś czas później wychodzi na jaw, że jest pacjentem szpitala psychiatrycznego - zabił żonę znanego psychiatry i psychoterapeuty, u którego się leczył. Zeznania innych przebywających w placówce niczego nie wyjaśniają. Jak się niebawem okazuje, dzień wcześniej legalnie zakończył terapię. Jeszcze w szpitalu nikt nie nawiązał z nim bliższych kontaktów. Również wdowiec nie wskazuje śledczym żadnych nowych tropów. W jego zachowaniu jest jednak coś, co nie daje Nowakowi spokoju. On i Sylwia postanawiają przyjrzeć mu się bliżej. Tymczasem do mieszkania Herkulesa puka Asia, którą poznał w agencji towarzyskiej. Wyraźnie między nimi iskrzy.
Wojda i Sylwia spędzają namiętną noc. Niebawem muszą się zająć sprawą śmierci pewnej dziewczyny, której ciało znaleziono na torach. Pomaga im Herkules, który został konsultantem policyjnym. Matka ofiary nie ma pojęcia, gdzie córka przebywała ostatniej nocy. Okazuje się też, że utalentowana nastolatka miała w szkole trudne życie, co mogło ją skłonić do popełnienia samobójstwa. W komendzie niespodziewanie pojawiają się żona oraz dwie córki Jacka. Sylwii nie jest łatwo, widząc rodzinę kochanka. By rozładować napięcie, zaprasza ona Herkulesa na policyjną strzelnicę. Mężczyzna rezygnuje z kolejnej randki z Asią. Na koniec pełnego emocji dnia Mazur zastaje na progu mieszkania gości. Jeden z nich zostaje wyrzucony, drugi ucieka po poniżającym wyznaniu.
W znajdującym się na przedmieściach Warszawy żeńskim klasztorze znaleziono ciało młodej zakonnicy. Nie są do końca jasne okoliczności jej śmierci - ciężko stwierdzić, czy spadła ze schodów, czy została zepchnięta. Grono potencjalnych sprawców jest zawężone, ponieważ nikt nie opuszczał budynku przez całą noc. Herkules nie odbiera telefonów Sylwii, więc musi ona jechać na miejsce zdarzenie z szefem. Przesłuchania Matki Przełożonej (Anna Seniuk) oraz pozostałych sióstr niewiele dają. Mazur, zdenerwowana obecnością Wojdy, każe mu przywieźć Nowaka, który zachowuje się zastanawiająco. Kiedy jednak bierze śledztwo we własne ręce, szybko wychodzi na jaw, że denatka miała z kimś romans. Głównym podejrzanym staje się ksiądz Jerzy (Mateusz Rusin), kapelan, a zarazem spowiednik zgromadzenia. Niestety, duchowny zasłania się tajemnicą spowiedzi. Następnego dnia zakonnice znajdują kolejne ciało. Już po zakończeniu dochodzenia Herkules nie zastaje w domu babci, będącej ostatnio w kiepskiej formie.
Babcia Herkulesa odnajduje się na przedmieściach Warszawy. Nie potrafi powiedzieć, jak tam trafiła czy dlaczego opuściła dom. Nowak obawia się najgorszego. Wojda otrzymuje tajemniczą przesyłkę. Podążając tym tropem, trafia do świadka koronnego, którego zwerbował przed laty do pracy z policją. Sylwia i jej partner znajdują jego ciało w garażu na blokowisku. Mężczyznę ciężko pobito oraz torturowano. Pozostawione na miejscu zbrodni ślady wskazują, że morderstwa prawdopodobnie dokonał drobny złodziejaszek, krętacz Bobek. Jak się okazuje, to dawny znajomy Mazur. Funkcjonariuszka nie wierzy w winę przestępcy. Jakiś czas później Herkules poznaje Buncola - emerytowanego stróża prawa, przyjaciela Nowaka seniora. Był on świadkiem śmierci kolegi po fachu podczas akcji przeciwko mafii w latach 90. Po powrocie do domu młody konsultant odkrywa zniknięcie babci. Znajduje kasetę magnetofonową zawierającą nagranie brzmiące jak pożegnanie, a także zaskakujące fakty dotyczące śmierci jego ojca.
Umiera bliska Herkulesowi osoba. Podczas pogrzebu wspiera go Sylwia i opowiada o śmierci siostry bliźniaczki. Nowak zmaga się z wątpliwościami dotyczącymi zagadkowej wiadomości od babci. Ponownie spotyka się z Buncolem, który potwierdza oficjalną wersję wydarzeń z dnia, kiedy zginął ojciec Herkulesa, podaną w aktach sprawy. Mimo to coś nadal nie daje mężczyźnie spokoju. Jedzie na miejsce zdarzenia i jeszcze raz analizuje jego przebieg. Trwa śledztwo w sprawie świadka koronnego. Dochodzenie komplikuje się, kiedy zostaje usunięta kolejna osoba dysponująca ważnymi informacjami. Ludzie podający się za stróżów prawa przeszukują mieszkanie Bobka, on zaś zostaje porwany. Próba odbicia złodziejaszka kończy się poważnym zranieniem funkcjonariusza. Nowak i Sylwia składają w całość wszystkie elementy układanki. Okazuje się, że zagadka sięga aż do lat 90. W trakcie jednego z przesłuchań Herkules wreszcie poznaje prawdę o śmierci ojca. Trzy miesiące później ponownie przystępuje do egzaminu.