2115年、第十七極東帝都管理区で平凡な学生生活を送っていた風澄徹は、 ある朝、不思議な夢から目を覚ます。巷では人間が砂のように崩れ去る謎の 現象「デザートシンドローム」が話題となっていたが、何事にも冷静な徹には 他人事のように思えていた。その日の放課後、同級生の片桐鏡華と下校して いた徹は、夢の中で出会った謎の少女を道端で見つける。突如駆け出したそ の少女を追いかける徹だったが、その日から彼の人生は一変する…。
迷い込んだ世界で徹たちを襲ったのは、”もう一人の風澄徹”だった。自分と同じ顔の敵の存在に動揺を隠せない徹だったが、鏡華の協力と、駆けつけたレミー・オードナーの助けを借りて、危機から逃れ、時空転移で自分たちの世界に帰還する。転移のショックで意識を失っていた徹が目を覚ますとそこは見知らぬ研究所だった。そこで彼らを待っていたブライアン・オードナーと名乗る施設の責任者から、徹たちは世界の真実を伝えられることになる…。
未来を守るために別の世界の自分と戦うことを決意し、ついにケースを開けた徹。翌日の学校帰り、徹のすぐそばに高級車が停まり、ドアが開く。すると、そこに乗っていたのは研究所に向かう途中だと言う鏡磨だった。彼は徹に車に乗るよう促すと、彼がケースを開けた真意を問いただすのだった。やがて研究所に到着した徹たちは訓練施設に向かう。戦闘服に着替え、訓練に赴こうとする徹だったが、その途中で、彼は意外な人物と出会う。
凶弾に倒れるしづね。混沌とする戦況の中、両陣営は一度撤退を断行する。管理区に戻った徹は、仲間が目の前で傷つき倒れていく戦場の現実を目の当たりにしたことに激しく動揺していた。帰還したからずっと自責の念にとらわれていた徹だったが、またしてもタイムキーパーからの彼らのもとに交信が入る。再び戦地に赴くことになった適格者たち。そんな中、落ち込む徹を気にかけていた鏡磨は、彼の覚悟の程を問うためにある行動に出る。
仲間たちの支援のもと、激戦の末、タイムキーパーの指定したポイントに到達した二人の徹。そのポイントで銃撃戦を繰り広げる彼らに、突如戦闘中止の通達が入り通路の奥にあるドアが突如開いた。その薄暗い部屋で彼らを待っていたのは意外な人物だった。状況をうまく呑み込めない二人を前に、その人物は、「フロンティアS」と「第十七極東帝都管理区」の二つの世界が互いに戦わなければならない真の理由を語り出すのだった。
徹がタイムキーパーの力によって送りこまれたのは見知らぬ路地裏だった。子供たちの声で目を覚ました徹の前には、フロンティアS側として戦った鏡華が立っていた。鏡華の話によって、自分が送り込まれたのがフロンティアS世界の2115年であることを理解した徹は、彼女たちが組織する「チーム・バスティアン」のアジトに案内される。そこで徹は鏡華から、フロンティアS世界の徹たちが置かれている過酷な現実を知らされることになる。
鏡華を撃たれたことにより、怒り剥き出しでフロンティア側の徹を追いかけてきたレミーは自らにエネルギーキューブを照射し、自身の能力を一気に引き上げた。進化した力でフロンティア陣営を次第に追い詰めていくレミーだったが、突如、彼の体にデグレイションが発生し、その姿をとどめることなく大きな砂嵐と化して、徹を飲み込んだ。吹き荒れる砂に完全に取り込まれた徹は、自身の精神世界と対峙することになる…。
