Lord Rigan viene inviato dal Maresciallo delle Tenebre con Mikeros affinchè distrugga la fortezza delle scienze con una potente carica esplosiva. Nel frattempo un mostro guerriero devasta la città, difesa disperatamente da Boss e Venus. Il Grande Mazinga se la vede con Mikeros ma presto deve accorrere in difesa di Jun riuscendo a sconfiggere il Nemico. Nel frattempo la base si difende strenuamente con un nuovo dispositivo a campo magnetico che mette in stallo la nave nemica. Presto però Kabuto che il nemico sta per lanciare un grosso ordigno sulla Fortezza e richiama Tetsuya che riesce a tornare alla base, scagliano la gigantesca mina contro Mikeros che esplode definitivamente.
「ライガーン将軍、貴様、よく生き恥かいて帰ってきたな！」（地獄大元帥） 地獄大元帥は、ミケロスで研究所を直接攻撃する作戦に打って出た。迎え撃つ研究所側は巨大要塞の動きを封じる磁力線の開発を進めていたが、完成の直前にミケロスは現れてしまう。グレートマジンガーが足止めを食わせて時間を稼ぎ、ようやく準備完了。だが、停止したミケロスは研究所の頭上から直接爆弾を投下し始める。
