Premierministerin Kayabuki wird wegen der Anforderung der UN-Inspektoren des Amtes enthoben und unter Arrest gestellt. Auch Aramaki, Togusa und Proto werden in Gewahrsam genommen. Mehrere Jigabachi-Kampfhubschrauber werden nach Dejima entsandt und greifen die Flüchtlinge an, als diese auf sie feuern. Bei der Ankunft auf Dejima wird auch das Einsatzeam von Sektion 9 von einem Jigabachi angegriffen; Major Kusanagi wird dabei von den Anderen getrennt. Eine von Gouda geschickte Spezialeinheit der Ranger von Sektion 4 greift das Team als angebliche Deserteure an, die Plutonium gestohlen haben sollen. Kuze und seinen Kameraden gelingt es, mit Boden-Luft-Raketen das Flugzeug mit dem Störsender zu zerstören. Zur gleichen Zeit entdecken die Tachikomas per Satellit ein amerikanisches Atom-U-Boot vor Okinawa, das offenbar plant, Dejima auf die geheime Bitte der japanischen Regierung hin mit einer Atomrakete zu beschießen.
With the felling of Dejima Bridge by the refugees, a rumor circulates around the Cabinet that the refugees plan a mass suicide bombing using nuclear bombs. Fearing this, the Cabinet steps up the attack against the city. Meanwhile, Prime Minister Kayabuki has been secretly arrested and taken to an unknown location. Aramaki, Togusa and Proto, in trying to help the P.M. are also taken into custody and secured in her office.
With Section 9 having entered the non-communication zone and Aramaki being cut off from communication, Ishikawa and a Tachikoma make their way to Spring-8 on their own. Meanwhile, Gouda has sent an unwitting Section 4 after Section 9 to retrieve the plutonium.
Le premier ministre est démis de ses fonctions pour avoir fait appel à l'ONU. Kusanagi et le reste de la section 9 sont séparés à leur arrivée sur Dejima.
Uno squadrone di elicotteri Jigabachi (le "vespe" usate nel quarto episodio) viene spedito su Dejima in una missione identica a quella famosa "esercitazione".
制空権をおさえられ潰走する招慰難民達。ゴーダの策略がさらなる展開を見せる中、9課は出島へと突入する。一方で、クゼは人々をハブ電脳に繋ぎ止めるべく、次の手に出ようとしていた──。
제공권을 장악 당하여 짓눌리는 초위 난민들. 고다의 책략이 점점 더 모습을 드러내는 가운데, 9과는 데지마로 돌입한다. 한편, 쿠제는 사람들을 허브 전뇌에 유도하기 위해 다른 방책을 준비하고 있었다…
El secretario del gabinete alivia formalmente al primer ministro de sus funciones como consecuencia de su decisión de llamar a la ONU para mediar en la crisis Dejima. Junto con Aramaki, Proto y Togusa, el PM se mueve bajo vigilancia a una habitación abandonada del edificio.