ギア本部に収容されたスバルは北斗やギアの人々と触れ合ううちに、人間らしさを取り戻していく。一方、本格的な活動を開始したゼロはギアの全支部を破壊し、さらにギア本部へと侵入。ギア本部から逃げ遅れたスバルを守るため、アルテアとベガはゼロに戦いを挑む。
