ユニコーンとレオはラゴウが放ったウィルスに冒され、消滅の危機を迎えていた。ウィルスを除去するにはラゴウの体のサンプルを得て、データを解析するしかない。銀河と北斗は以前の戦いで切り落としたラゴウの足を回収するため、足が沈んでいる日本海溝へと向かう。
