Der Film spielt zwei Jahre nach den Ereignissen des Vorgängers "Galaxy Express 999". Die Erde ist mittlerweile nichts weiter als ein riesiges Schlachtfeld. Tetsuro ist älter geworden und bekämpft immer noch die Maschinenmenschen. An Bord des Galaxy Express wird er wieder mit Maetel vereint...
Two years after the events in Galaxy Express 999, Earth has become a battleground. Tetsuro, older and fighting the Machine People, rejoins Maetel aboard the GE999.
Tetsurô est rentré sur Terre qui est au mains des soldats de la reine Prométhium. Maetel lui demande de le rejoindre afin de retrouver le Galaxy Express 999 et d'y refaire un nouveau voyage. Il devra combattre Faust aidé du capitaine Harlock.
Due anni dopo gli eventi narrati in Galaxy Express 999 - The Movie: l'impero delle macchine stringe in una morsa ancora più forte la Galassia. Alcune voci dicono che Maetel stia per diventare la nuova regina Promethium, la sovrana dell'impero meccanico. Tetsuro Hoshino, che combatte per la libertà, riceve un messaggio di Maetel, che lo invita a salire di nuovo sul treno spaziale Galaxy Express 999. Dopo uno scontro a fuoco con gli uomini meccanici, Tetsuro riesce a raggiungere la stazione e sul 999 lascia la Terra.
데츠로가 기계화 모성을 파괴했지만 기계인들은 사라지지 않았고, 오히려 전 은하계를 장악하려는 그들과 데츠로는 지구에서 전쟁을 벌이게 된다. 상황이 점점 악화될 무렵 데츠로는 메텔의 편지를 받고 은하철도999를 탄다. 그는 999가 첫번째로 기착한 메텔의 고향별 라메탈성에서 메텔이 프로메슘의 뒤를 이어 기계화 모성의 새 여왕이 되었음을 알게 되고, 자신의 아버지 파우스트와도 만나게 된다. 데츠로는 대 안드로메다 행성에서 인간의 생체에너지 추출장치를 부수고 사람들을 구한 후 시간 속으로 여행을 떠나는 메텔과 다시 이별하는데...
Han pasado dos años tras los acontecimientos del Galaxy Express 999. La Tierra se ha convertido en un campo de batalla y Tetsuro es convocado una vez mas a subir al 999. Todos los misterios serán revelados cuando Tetsuro embarque en un viaje que le mostrará un secreto tan terrible, que la propia Maetel a duras penas podrá hablar de él.
