H.M. Dronningen fortæller Flådehistorie.Troels Kløvedal besøger H.M. Dronning Margrethe ombord på Kongeskibet Dannebrog til en samtale om livet på søen, svenskekrigene og om dansk ekspeditionshistorie. Dronningen fortæller om kongefamiliens og ikke mindst hendes far Kong Frederik IXs glæde ved Dannebrog, samt hendes spændende erindringer fra en barndom omgivet af søfolk. Der bliver desuden tid til en lille privat rundvisning på Dannebrog.
Den danske flådes historie tager sin begyndelse 10. august 1510. Fra Slotø i Nakskov Fjord påmønstrer Troels Kløvedal søværnets øvelseskuttere Svanen og Thyra, og tager os med på en rejse gennem dansk renæssance til søs. Vi sejler op gennem Østersøen, hvor de ældste dele af flådens historie udspillede sig. Vi besøger Bornholm, der altid har ligget midt i den krigshærgede Østersø. På Gotland fortæller Kløvedal om Visbys fald i 1361, og i Stockholm om Christian II's indtagelse af byen og Det Stockholmske Blodbad.
Christian 4. er en af dansk flådehistoriens mest markante personligheder og en meget aktiv spiller i svenskekrigene. Troels Kløvedal fortæller om danskernes og svenskernes evindelige kamp om magten i Østersøen. Vi sejler med søværnet til de svenske fæstninger Kalmar Slot og Elvsborg, som danskerne erobrer under Kalmarkrigen i 1611. I Christian 4's København besøger vi bl.a. den gamle Tøjhushavn og Nyboder, og i Holmens Kirke finder vi ud af, hvor udtrykket "at være stinkende rig" stammer fra.
Troels Kløvedal er denne gang draget til Dynekilden Fjord i Sverige, hvor søhelten Tordenskiold fik sin største sejer 8. juli 1716. I Kongedybet i København fortæller Kløvedal om Englandskrigene, og vi besøger Rigsarkivet, hvor Lord Nelson berømte brev fra Slaget på Reden 1801 opbevares, og som den dag i dag stadig lugter af krudtrøg fra søslaget. Vi er desuden til bal på Tranekær Slot, hvor Peter Willemoes og Grundtvig danser om den samme kvinde.
Den danske flåde har et århundrede langt og stolt samarbejde med forskningen og videnskaben, og er dermed en del af dansk ekspeditionshistorie. Troels Kløvedal er med Galathea 3-ekspeditionen i Antarktis og på fiskeriinspektion på Grønlands vestkyst. Vi hører om de store danske ekspeditioner gennem tiderne og om Knud Rasmussen og Peter Freuchen. Tæt på Nordpolen oplever vi en fascinerende solformørkelse.
Troels Kløvedal sejler med Vædderen, så langt det er muligt rundt om Grønland, hvor søværnet gør suverænitetshåndhævelse og støtter Slædepatruljen Sirius. Kløvedal taler med forskere, han møder på sin vej. Vi hører om Lauge Kochs enestående ekspeditioner, om Danmarksekspeditionen 1906-08 og om nazisternes indtrængen på Nordøstgrønland under 2. Verdenskrig. Med helikopter besøger vi de sagnomspundne Tobias Øer, der hele tiden dukker op og forsvinder igen.
I dette sidste afsnit fortæller Kløvedal bl.a. om Slaget ved Helgoland i 1864 og om sænkningen af den danske flåde i 1943. Tidligere udenrigsminister Uffe Ellemann-Jensen fortæller om sin oplevelse af den Kolde Krig, og hvordan den var tæt på at blive varm. Vi er med, da det moderne krigsskib Absalon hjemvender fra piratjagt i Adenbugten med Kronborg om styrbord, og ombord fortæller Kronprins Frederik om sin store kærlighed til havet.
