ある夜、総理大臣を乗せた車が事故に遭い、総理は意識不明に。死亡した運転手には飲酒運転の疑いが持たれ、新薬認可を巡る関係性もささやかれる。そんな中、対応に追われる総理秘書官・中埜弘輝（藤木直人）に近づくひとりの男がいた――。「フィクサー」とも呼ばれる男の名は設楽拳一（唐沢寿明）。一方、新聞記者の渡辺達哉（町田啓太）に何者かからタレコミが……。これは本当に事故なのか？ 仕組まれた事件なのか？
意識が戻らない殿村総理は辞任に追い込まれ総裁選へ。副総理の須崎一郎（小林薫）と長年政界を牛耳る本郷吾一（西田敏行）は恣意的に操れる人物を後継総理にしようと企てる。一方、拳一は中埜に接触を続け、殿村が事故当日に会おうとした疑惑の密約の相手の連絡先を聞き出し……。真相を探る達哉と捜査一課の板倉晃司（小泉孝太郎）は一連の出来事の裏に拳一の存在を疑う。そんな中、事件の鍵を握る人物の身に思わぬ事態が……。
真夜中に燃え上がった佐久田の別荘。佐久田本人は行方不明で、自らが放火犯だと供述する拳一を板倉が取り調べるが……。その裏で、副総理の須崎に呼び出された中埜は拳一が入手しているという密約の音声データをかすめ取るよう命じられる。一方、キャスターの玲子（内田有紀）は“ある過去”を秘めながら、いまだ意識不明の殿村のもとを訪ねるとそこには……。そんな中、達哉は自らにタレコミを行なう謎の人物と接触を図る。
殿村前総理が奇跡的に意識を回復し、揺れ動く永田町。疑惑の音声データの在りかを案ずる須崎は、中埜に政治家への道を餌に本郷の屋敷で究極の決断を迫る。そんな中、総裁選を目前に、勝ち目がないと悟った新田さゆり(富田靖子)は須崎に擦り寄り、大物政治家を父に持つ村川穂積(駿河太郎)の心にも揺さぶりをかけ……。中埜にさらなる悲劇が起こる中、拳一は事故を引き起こした犯人の正体を確信する――。
現役都知事・横宮（石黒賢）に浮上したのは、東京湾の埋め立て事業に関する疑惑。疑惑を追及する達哉（町田啓太）に独自取材の機会が舞い込むが、指定されたホテルには頭から血を流した横宮の妻・妃呂子（真飛聖）の姿が……。容疑者となった達哉を救うため、拳一（唐沢寿明）は破格の報酬で杉谷菜穂子（鈴木保奈美）に弁護を依頼。だが、検察側にはかつて拳一を刑務所に送った検察官・佐々木雪乃（江口のりこ）の存在が……。
意識を取り戻した妃呂子が犯人として名指ししたのは、他でもない達哉だった。自分を陥れようとする見えざる力に絶望する達哉だが、母の響子（斉藤由貴）に「設楽拳一に会わせてほしい」と懇願し……。そんな中、拳一の右腕であるはずの丸岡慎之介（要潤）は、達哉を執拗に追い込む雪乃の素性を調べると言いながら表面的な調査しかしない。裏に本郷吾一（西田敏行）の存在が見え隠れする中、初公判の日を迎える――。
次回公判の証人として横宮都知事の出廷が決まり、達哉は窮地へと追い込まれる。事件現場の防犯カメラが捉えた本郷の付き人・リュウの行方を追う板倉（小泉孝太郎）は、本郷と雪乃の衝撃的な関係を知り……。そんな中、達哉に罪を被せようとする雪乃の背後に本郷の存在を確信した拳一は、須崎（小林薫）の弱みである密約の音声データを引き渡す条件として立会人に本郷を指名する。敵陣に乗り込む拳一の真の思惑とは一体――。
裁判の行方を決定づける証拠の凶器が雪乃から提出され、廷内はどよめきに包まれる――。絶望的な状況にやけを起こす達哉を奮い立たせたのは、記者時代に出会ったある人物だった。そんな中、ついに真犯人の正体に辿り着いた拳一と板倉は、達哉の犯行を裏付ける証言をしたホテルの従業員と妃呂子に接触を図ろうとしていた。本郷の息がかかっている丸岡の監視を承知の上で、妃呂子との面会に向かう拳一だったが……。
妃呂子に迫るリュウの魔の手、そこに居合わせたのは丸岡だった。拳一を裏切り本郷に内通する丸岡は、本郷から拳銃を渡され……。妃呂子が菜穂子に真相を語る一方で、自身の罪が公になることを恐れる横宮は自らの進退を自問していた。そして、本郷の本性を知った雪乃の心は揺れ動き、迎えた4度目の公判では達哉の運命を左右する衝撃の展開が……。政界の闇が暴かれる裏で、拳一と本郷の因縁に決着の時が訪れる――。
殺人未遂の冤罪が晴れた達哉（町田啓太）は、設楽拳一（唐沢寿明）の“ささやき”で次期都知事選出馬を決意。だが、都政を牛耳るドン・黒羽真二郎（石坂浩二）が立ちはだかって……。そんな中、1兆円規模の東京湾埋め立て事業を進める浜潮建設の氏原社長（加藤雅也）の娘・早紀（大友花恋）が誘拐される事件が発生。民自党の須崎幹事長（小林薫）の依頼で犯人との交渉役を買って出た拳一は、前代未聞の秘策を提案する。
四方田正美（高島礼子）や川本栄太（徳重聡）ら都知事選候補者たちが舌戦を繰り広げる中、劣勢の達哉は拳一から誘拐犯の要求を聞き、驚くべき決断をする。一方、娘の身を案じる氏原社長の右腕である大貫英一（古田新太）は誘拐犯との交渉を続ける拳一に不信感を抱く。さらに、拳一は警視庁の板倉（小泉孝太郎）に警察のスパイを依頼するが……。そしてついに、誘拐犯との“人質交換”という前代未聞の計画実行の時が迫る――。
早紀に代わって人質となった達哉。監禁された達哉は動画配信で「東京湾の埋め立て事業中止」という犯人の要求を訴える。世間では達哉の支持率が上昇するが、達哉の母・響子（斉藤由貴）は拳一に利用されているのではと心配で……。達哉の台頭にいらだつ黒羽は、拳一に事件解決の相談をした氏原に圧力をかける。一方、達哉は誘拐犯・小岩井（白洲迅）の説得を開始。「自分は捨て駒でしかない」と気付かされた小岩井は――。
人質から解放された達哉は、会見の場で東京湾埋め立て事業には反対だと公言する。須崎の怒りを買ったことで身の危険を感じた拳一は、政界を揺るがす密約音声データを玲子（内田有紀）に託す。しかし、須崎の元に匿名の文書が届いたことで事態は思わぬ方向に発展していく……。その一方で、拳一から誘拐事件の真犯人の正体を聞いた板倉は尾行の末に、真犯人と意外な人物の衝撃的な場面を目撃する――。
“偽装誘拐”を突き止めた拳一。須崎から「埋め立て事業が抱える問題と隠蔽を暴露する」という脅迫メールの相談を受け、一連の事件の裏にいる黒幕は大貫だと確信した拳一は、大貫と手を組む早紀と接触を図る。一方、選挙特番に出演した達哉は「私には投票しないでください」と有権者に異例の訴えをするが……。予測不能な都知事選に決着がつく時、大貫の犯行動機が明らかに。そして、フィクサーとして暗躍する拳一の真の目的とは？
