Maya gives Fumihiko the research data, while Kyouhei informs that Yoki sacrificed himself to destroy the Festums in the laboratory. Tsubaki, now in the Alvis base, is revealed to be Soushi's younger sister. Michio is ordered to depart from the island, while Canon is requested to stay. Yukie docks a submarine near the island, and she activates the Fenrir System self-activation sequence. Michio becomes aware of this and warns the base of the threat. Kyouhei attempts to disarm the sequence, but Canon overrides the system. Michio takes care of the missiles launched by the fleet, while Kazuki, now released from probation, confronts Canon, managing to convince her to disarm the sequence.
アルヴィスは、人類軍の手から島を取り戻した。総士は真矢に説得され、一騎と話をしようとする。その頃、千鶴に余命3ヶ月と宣告された乙姫は、それは人間として生きることを選んだ自分の選択だと笑って答えるのだった。その一方、バーンズ大佐は、カノンと潜水艦を巻き添えに竜宮島を消滅させることを決定して…。
Maya le da a Fumihiko los datos de la investigación, mientras que Kyouhei informa que Yoki se sacrificó para destruir los Festums en el laboratorio. Tsubaki, ahora en la base de Alvis, se revela como la hermana menor de Soushi. Se ordena a Michio que salga de la isla, mientras que a Canon se le pide que se quede. Yukie atraca un submarino cerca de la isla y activa la secuencia de autoactivación del Sistema Fenrir. Michio se da cuenta de esto y advierte a la base de la amenaza. Kyouhei intenta desarmar la secuencia, pero Canon anula el sistema. Michio se encarga de los misiles lanzados por la flota, mientras Kazuki, ahora liberado de la libertad condicional, se enfrenta a Canon, logrando convencerla de que desarme la secuencia.
总士和一骑终于能够坦白的面对彼此，曾经的隔膜消失。未来等待他们还是战斗……在战斗时，通过Fafner和Siegfried系统的同步，曾经多少次分享彼此的感受，痛苦和伤痕也是一骑和总士之间的一种强烈羁绊。然而，太想了解自己的一骑，是否已经忘记了总士的存在，甚至连如何能挽回都已弄不明白……消失在天空中的少女，继续战斗着的少年。露出愤怒的表情是大人们，然后留下泪水的也是大人们，大家感受到的不是战斗中生还的喜悦，而是必须牺牲某人的无奈，仅是承受这些就已经让大家筋疲力尽……一骑在总士帮助下成功消灭菲斯特姆。然而一骑的身体却因为驾驶法芙娜而发生了变化，潜藏的危机围绕着一骑。战斗结束后无法归来的人带给生者巨大的伤痛，以一骑为首的一群少年和少女的命运也面临着改变……
