The Neo UN fleet, taking control of the Alvis base, is faced with a new Festum that begins to assault the island. It is shown that Seri Tatekami was with the female island core, recognized as Tsubaki Minashiro, before she returns back to the base. Chizuru later finds Tsubaki and takes her to the lighthouse. Tsubaki leads Fumihiko and Soushi into a second command center. Mamoru, Kenji, and Sakura barely put up a fight against the Festum, as they are consequently defeated. Kazuki, in the Fafner Mark Sein, arrives in time, synchronizes himself with Soushi, and eradicates the Festum using a rifle gun and then a lance sword.
竜宮島では、人類軍占領部隊が島のコア以外の全てを掌握していた。しかしコア不在で手薄になった竜宮島の防衛網を突いて、フェストゥム・プレアデス型が襲来する。そんな中、総士たちは乙姫に導かれ、ファフナーを取り戻す。出撃する咲良たちだが、強力な敵に歯が立たない。だが、そこに一騎のマークザインが現れて…。
La flota de Neo ONU, tomando el control de la base de Alvis, se enfrenta a un nuevo Festum que comienza a asaltar la isla. Se muestra que Seri Tatekami estaba con el núcleo de la isla femenina, reconocida como Tsubaki Minashiro, antes de que regrese a la base. Más tarde, Chizuru encuentra a Tsubaki y la lleva al faro. Tsubaki lleva a Fumihiko y Soushi a un segundo centro de mando. Mamoru, Kenji y Sakura apenas pelearon contra el Festum, ya que, en consecuencia, fueron derrotados. Kazuki, en el Fafner Mark Sein, llega a tiempo, se sincroniza con Soushi y erradica el Festum usando una pistola de rifle y luego una espada de lanza.
本已失去的龙宫岛控制权，在乙姬帮助下重回大家手中。新国联面对Festom的攻击一筹莫展，一骑及时归来为保护岛屿而战……迷失方向的一骑听从了狩谷由纪恵的安排，带着法芙娜离开了岛屿。只是希望看见外面世界的他，没想到迎接他的竟然是新国联的监禁……翔子为了遵守和一骑的约定不顾病弱的身体，毅然驾驶六号机和菲斯特姆战斗。然而不谙操作Fafner的她却被菲斯特姆缠住无法脱身，她只好选择与敌同归于尽……所罗门预言实现，菲斯特姆来袭，龙宫岛的和平遭遇严重危机。皆城司令牺牲，能拯救大家的只有战斗。“总士，我们会到哪里去”“乐园”总士的一句话使一骑从此踏上了驾驶法芙娜的征途……
