In Amsterdam wird ein Terroristen-Labor entdeckt, in dem Pest-Erreger gezüchtet werden. Major "JT" und seine Spezialeinheit versuchen sofort, die tödliche Gefahr zu stoppen, müssen aber feststellen, dass die Bedrohung bereits viel näher ist als befürchtet. Samantha bekommt inzwischen ein verlockendes Angebot, das ihre Beziehung zu JT weiter komplizieren würde.
When a lab is discovered in Amsterdam creating the Plague, JT and his team must find the terrorists and stop them using the deadly virus. Samantha is offered an unexpected promotion that will complicate her relationship with SOD and JT.
JT et son équipe réalisent qu'une menace de terrorisme biologique, sur laquelle ils travaillent, est bien plus proche d'eux qu'ils ne l'imaginaient...
Nel corso di una missione congiunta ad Amsterdam, viene rinvenuto un laboratorio segreto di un gruppo di terroristi. Questi ultimi sono riusciti a ricreare il virus della peste ed ora programmano di liberarlo sotto forma di spray da qualche parte nel mondo. Gli uomini del Pentagono scoprono che la mente dell'operazione è un terrorista che Algazi ha fatto liberare qualche tempo prima. Il nuovo obiettivo potrebbe essere la metropolitana che attraversa il Pentagono. Dopo la fine della crisi, Algazi presenta le sue dimissioni e a Samantha viene offerta una promozione che mette in discussione il suo rapporto personale con Tisnewski.
En el barrio rojo de Amsterdam decenas de mujeres contonean sus cuerpos mientras el equipo de operaciones especiales irrumpe en una de las casas del barrio para dar caza a unos terroristas. Uno de ellos quema las pruebas en una bañera y se planta fuego y se quema a lo bonzo mientras detienen a dos hombres pero les faltan otros dos que no estaban en el piso. En una de las habitaciones cerradas con llave aparece habitación protegida contra peligros biológicos y eso unido al que el hombre quemado había pronunciado "Aliento de Alá" antes de morir hace pensar a McNulty que algo terrible planea en el ambiente.
Un equipo especial investiga en la extraña habitación y localiza pruebas de que allí se estaba fabricando la bacteria yersinia pestis que provoca la peste negra, una enfermedad infecciosa aguda y muy grave que se ha extendido en forma de pandemia varias veces a lo largo de la historia matando a millones de personas. JT y su equipo deben encontrar a los terroristas y evitar que utilicen el virus mortal.
Sonny y JT intentar actuar como dos adultos que trabajan en el mismo departamento y mantienen una relación personal, pero dicha relación parece estrecharse cada día que pasa. Sonny deja claro que quiere saber si realmente hay algo o sólo están jugando. Pero a Sonny le ofrecen un inesperado ascenso a subsecretaria de defensa lo que complicará su relación con la División de Operaciones Especiales y claro está con JT.