V premiéře druhé řady uvidíme neočekávaný útok na Gabrielovo orlí hnízdo, jenž ma za následek uvolnění Alexe a Nomy na cestu do Nového Delphy, nebezpečného a nevyzpytatelného města. Mezitím Claire začíná pomalu chápat šíři její zodpovědnosti; a Michael narazí na malé malebné jižní město, jejímž obyvatelům se nevysvětlitelně podařilo izolovat se od radioaktivního spadu z Vyhlazovací Války.
Claire befiehlt, Gabriels Adlerhorst zu bombardieren, obwohl bekannt ist, dass Alex dort gefangen gehalten wird. Ihm und Noma gelingt es, der Zerstörung zu entkommen. Gemeinsam machen sie sich auf den Weg nach New Delphi. Währenddessen ist Michael davon fasziniert, dass die Bewohner einer kleinen Stadt offenbar nur durch die Kraft ihres Glaubens die Atomkatastrophe überlebt haben.
Alex and Noma head to New Delphi after an attack; Claire begins to understand her responsibilities.
Suite à une explosion, Alex, l'élu et Noma réussissent à s'enfuir du repaire de l'archange Gabriel et se dirigent vers la Nouvelle Delphes. L'archange Michael, qui a abandonné Vega, découvre quant à lui une ville mystérieuse et protégée de la guerre...
Tras descubrir la verdad sobre el ejército de Julian, Alex se enfrenta a una decisión imposible. Claire empieza los procesos de negociación, y David trata de restaurar su legado. Alguien conocido vuelve a Vega a tiempo de verla cambiar para siempre.
Claire ordina il bombardamento del rifugio di Gabriel, Alex e Noma sono costretti a fuggire verso New Delphi, una città pericolosa e misteriosa. Nel frattempo, Michael trova una cittadina del sud, Mallory, in cui gli abitanti sono apparentemente protetti dal potere della fede.