Der Film basiert auf Lawrence Wrights Sachbuch Im Gefängnis des Glaubens: Scientology, Hollywood und die Innenansicht einer modernen Kirche. Gibney interviewt unter anderem frühere Scientologen wie Paul Haggis, Mike Rinder, Jason Beghe, Silvia „Spanky“ Taylor, Sara Goldberg, Tom DeVocht und Marty Rathbun. Gibney unterteilte den Film in drei Akte. Im ersten beschreiben frühere Scientologen, wie sie Mitglied der Bewegung wurden. Der zweite Akt widmet sich den frühen Jahren von Scientology und der Geschichte des Gründers L. Ron Hubbard. Im finalen Akt wird das Verhalten der Scientology-Führung, insbesondere das von David Miscavige, näher beleuchtet.