Die DigiRitter helfen dabei, die DigiWelt wiederaufzubauen. Doch sie merken, dass ihre Digimon nicht mehr digitieren können. Als Cody jedoch angegriffen wird, kann Armadillomon plötzlich doch zu Ankylomon digitieren. Kens digitiertes Wormmon rettet Cody, indem es das feindliche Digimon tötet. Es ist das erste Mal, dass Ken für die DigiRitter kämpft. Cody fällt schließlich auf, dass der Schwarze Turm im Laufe des Tages verschwunden ist.
The mysterious shadow from before appears in Kens room and calls him a disgrace for being the Emperor, but who is this mysterious person, and why is she reactivating the control spires?
デジタルワールドの街の復旧のため、地下で作業しようとしていた伊織をサンダーボールモンが襲ってきた。操られていないデジモンと戦えないと悩む伊織。この危機を救うためアルマジモンは新たな進化を遂げる。そんな中、見たこともない謎のデジモンが現われる!
Una mujer misteriosa aparece ante Ken Ichijouji durante la noche y parece tener alguna conexión con el correo misterioso que lo guio al mar oscuro y así mismo a convertirse en el Emperador de los digimon. Mientras tanto los niños elegidos siguen trabajando duro para restaurar los daños ocasionados en el digimundo y todo acontece de modo normal, al menos hasta que notan que no pueden digievolucionar al modo defensor, antes que puedan encontrar una solución a su problema Cody y Armadillomon son atacados por un feroz enemigo y cuando todo parece ir de mal en peor Armadillomon digievoluciona a Ankylomon, aunque al avanzar la batalla las cosas no parecen estar a su favor Cody será rescatado por un viejo... ¿enemigo?.
Davis, Kari et T.K. découvrent que leur digimon ne peut plus se digivolver naturellement bien que les tours noires aient été détruites et que l’Empereur des digimon ait été vaincu. Cody est attaqué par Thundermon, ce qui conduit à la digivolution inattendue d’Armadillomon en Ankylomon. Ken aperçoit une étrange femme dans sa chambre et celle-ci ne lui dira pas son nom. Les sauveurs sont dans le doute lorsque Thundermon est tué par Ken et un mystérieux digimon.