幕末の江戸。喧嘩に明け暮れる“バラガキ”土方歳三は、道場破りの末に天然理心流・試衛館の主・近藤勇と運命的に出会う。土方は沖田総司や山南敬助ら仲間たちと共に、初めて“家族”と呼べる場所を見つけた。
京の都を“会津狩り”と名乗る人斬りの恐怖が覆うなか、土方歳三ら壬生浪士組は会津藩預かりとなるため、藩主・松平容保からの試練に臨む。佐川官兵衛との立ち合いで、土方は死を恐れぬ捨て身の剣でその覚悟を示す。
物語は、後に「人斬り」と恐れられる男、岡田以蔵の悲劇から始まる。純粋に強さを求める心優しい青年だった彼は、師・武市半平太の冷酷な謀略によって心を壊され、復讐の念から最初の刃を振るう。 以来、彼はただ命じられるままに人を斬り続ける、魂のない人斬りへと堕ちていった。
壬生浪士組に再び悲劇の刃が突き立てられる。近藤派の若き隊士・佐々木愛次郎が無残に殺害されたのだ。師である永倉新八は、静かなる復讐鬼と化し、単身で犯人である芹沢派の間者・佐伯又三郎を壮絶な死闘の末に討ち取る。
筆頭局長・芹沢鴨によって、全ての悲劇の黒幕が副長・新見錦であったという驚愕の真実が明かされる。 隊を蝕む裏切りを知った土方歳三ら近藤派は、ついに新見の粛清を決断。
親友の仇である新見錦を、斉藤一は壮絶な死闘の末に討ち取り、ここに一連の陰謀劇は幕を閉じた。 しかし、それは新たなる、そして最後の内部抗争の始まりに過ぎなかった。
奇策を捨て、武士の誇りをかけて正面からの討ち入りを決断した近藤勇たち。 出陣前、近藤は土方歳三に、戦いの中で天才・沖田総司が「鬼」と化すことを恐れ、沖田の無事を託す。
新撰組の未来を賭けた最後の死闘が始まった。 仲間たちの想いを背負い芹沢鴨に挑んだ沖田総司は、内なる「鬼」を解放するも、その人斬りの剣を芹沢に「つまらない暴力」と一蹴される。絶体絶命の窮地に、瀕死の近藤勇が駆けつけ、命を懸けて弟子を守ろうとする。その師の姿は、かつて「鬼子」と呼ばれた自分を救ってくれた近藤との絆を沖田に思い出させ、ついに彼を真の剣士として覚醒させた。
