Conocemos a Harry Michaels y su arca maravillosa. Suben los dos primeros animales chilenos al arca: Lucho el puma y Toti el monito del monte. Toti es tan chico que Otomo, el gorila que cuida la puerta del arca, no lo deja entrar. Los dos amigos inseparables deben convencer a Otomo de que cambie de opinión, porque no es tan malo ser chico. Lucho entra al arca bara buscar al capitán y vive divertidas aventuras.
Llega al arca Danilo, el pudú, que es muy, pero muy miedoso. Otomo no permite su entrada por ser demasiado asustadizo. Los demás animales se ríen de él y lo asustan de diversas maneras. La aterran tanto que muere de miedo. El pudú se transforma en un fantasma y asusta a todos los animales. Finalmente logra que se calmen y hace un trato con Otomo: regresa al cuerpo de Danilo a cambio de que lo dejen entrar al arca.
Llega al arca Lola, una flamenca hippie y muy porfiada. Lola decide que no le gustan las reglas del barco y se aleja volando. Harry anuncia que dará una recompensa a quién la traiga de vuelta. Los animales siguen a la flamenca en distintos aviones: Otomo en su Otomóvil; Lucho, Toti y Danilo en su empanada voladora; los animales hippies en su propio avión y los ratones en diversos prototipos que no funcionan. Tras múltiples aventuras aéreas, Lola decide regresar al arca.
Hace su arribo Facundo el temible cóndor, que resulta ser un viejo conocido de Otomo. Ambos se hacen mejores amigos y se transforman en los matones del arca. Lucho los encuentra geniales y también se convierte en matón. Toti encabeza una rebelión de los animales del arca contra los matones y debe enfrentarse en un duelo a su mejor amigo Lucho.
La sensual vicuña Pampita hace su espectacular entrada y siembra el arca de animadores. Se hace amiga de Lucho, quien captura su atención hasta el arribo del fornido huemul Marcial. Pampita y Marcial se enamoran. Lucho, despechado, sigue las instrucciones del cóndor y se disfraza de huemul, pero Marcial ha tenido una idea similar y se disfraza de Lucho. ¿Quién conquistará el corazón de la bella Pampita?
Harry Michaels decide realizar una prueba global a los animales del arca. El que no apruebe será expulsado del barco. Quena, la chinchilla matea, es la nueva profesora y se esfuerza por enseñar a los desordenados animales. La pobre chinchilla sufre un golpe y pierde la memoria. A los animales no les va bien en la prueba, pero descubrimos que son unos genios musicales.
Sube al arca Reinaldo, un colibrí de Juan Fernández que es muy, pero muy rápido. Comienzan a desaparecer cosas. Hay un ladrón en el arca. Nadie se libra de las sospechas hasta que las cámaras de seguridad de la nave revelan que el ratero no es otro que el veloz colibrí. Logran apresarlo. En su guarida descubren un gran tesoro de objetos robados, incluyendo un robot bailarín y el unicornio de Harry Michaels.
Chemo, Chepo y Chato, los famosos Hermanos Tricahues, realizan su show de rumores en el teatro del arca. Su espectáculo es un éxito pero los rumores siembran la cizaña entre los habitantes del arca. Se pelean todos contra todos hasta que reina el caos. Se trata de un ardid de los Hermanos Tricahues quienes, aprovechándose de la confusión reinante, intentan rescatar a su líder, el colibrí Reinaldo.
Hans el pingüino es un tipo aristocrático y egoísta. Se hace con una posición privilegiada y termina por transformarse en el emperador del arca y reducir a los demás animales y al mismo Harry Michaels a la esclavitud. Lleva el barco a la Antártica, donde choca con un iceberg y se hunde. Hans, que ha construido su propia arca, se salva. Al menos por un rato.
Llegan cartas de las familias de nuestros amigos. Todos reciben alguna menos Otomo, quien no tiene familia. Harry Michaels cuenta su historia: los padres de Otomo fueron asesinados y él recató al pequeño gorila huérfano y lo ha criado desde entonces. Los demás animales intentan que Otomo se sienta parte de una gran familia, pero éste sigue siendo el enojón de siempre.
Lucho queda a cargo de la puerta del arca y deja entrar por error a unos simpáticos conejitos. Los conejos se reproducen y se transforman en una plaga, invadiendo el arca y devorando todo a su paso. Lucho se suma a ellos y quiere ser un conejo gordo y glotón. Toti intenta convencerlo de que recapacite y vuelva a ser un puma gordo y glotón.
Harry Michaels decide instalar una radio en el arca, pero tocan música fome. Nuestros amigos se toman la radio y tocan la música que ellos quieren hasta que Otomo toma cartas en el asunto.
Nuestros amigos juegan a las escondidas. Toti, Lucho y Danilo se refugian en una sala de videos y, por culpa de Lucho, quedan encerrados. Toti se desespera y hace lo posible por huir del encierro, mientras Lucho y Danilo se dedican a ver videos revisando los mejores momentos de la serie Chilian Geografic.