In Rom macht Rodrigo Cesare zum Vizekanzler und sichert sich die Stimmenmehrheit im Kardinalskollegium, indem er spanische Verwandte zu Kardinälen ernennt, darunter den ehrgeizigen Lanzol.
Lanzol erfährt, dass Giulias Sohn Giovanni Lucrezias Kind ist. Um zu verhindern, dass dies bekannt wird, überzeugt Lanzol Rodrigo, das Kind zu Adriana de Mila zu geben, doch Lucrezia verfolgt eigene Pläne.
Unterdessen soll Cesare den Dominikanermönch Savonarola zur Raison bringen, der in Florenz ein fundamentalistisches Regime errichtet hat. Savonarola durchschaut Cesare und macht sich dessen Zweifel zu Nutze. Er verdammt Rom und Rodrigo: Lieber würde er als Märtyrer sterben, als sich zu unterwerfen.
Cesare findet in Niccolo Machiavelli einen Verbündeten. Ein Gottesurteil soll beweisen, ob der Mönch im Besitz der Wahrheit ist. Savonarola nimmt die Herausforderung an, fordert aber Cesare auf, ebenfalls auf den Scheiterhaufen zu steigen. Er selbst wird sich von einem Ordensbruder vertreten lassen, Cesares Stelle nimmt ein Franziskaner ein. Als Savonarola Gottes Beistand erfleht, löscht ein Regenschauer die Flammen.
Lucrezia hat ihren Sohn entführen lassen, um ihn Adriana de Mila zu entziehen. Unterdessen hält der Erzbischof von Canterbury für den dreijährigen Henry VIII. um Lucrezias Hand an, doch Lucrezia will nur einen erwachsenen italienischen Fürsten heiraten.
Alfonso D’Este trifft mit seiner Frau in Rom ein. Die Leidenschaft zwischen D’Este und Lucrezia flammt erneut auf. D’Este verlängert seinen Aufenthalt in der Ewigen Stadt und lässt sein Verhältnis mit Lucrezia aufleben.
Cesare droht den Kampf gegen Savonarola zu verlieren, doch inspiriert von Machiavelli wiegelt er die Florentiner auf. Das Volk stürzt Savonarola, der unter der Folter seine Verfehlungen gesteht. Savonarola wird verbrannt, seine Asche im Arno verstreut.
Sent by Pope Alexander VI, Cesare and Alessandro are entering in Florence. Unlike Jesus, they are not greeted by hosannas and palm leaves, but by the looks of reproach and disapproving murmurs. Under the control of Savonarola, Florence Florence libertine became austere. Later, Cesare attends Mass on Palm Sunday, celebrated by Savonarola. During the ceremony, Nicolas Machiavelli discusses Cesare hoping to join the clandestine opposition to Savonarola. Ironically, Machiavelli tends to Cesare a sling, made with palm leaves tied in a bow shape.
Rome est en proie à un déluge sans précédent alors qu'un monstre rôde dans les campagnes et terrorise les paysans. Cesare se met en quête de tuer la bête. A Florence, le prêche de Savonarole critique ouvertement le pape Alexandre VI pour la décadence de la chrétienté. Le moine florentin est considéré comme une grande menace pour Rome. Le pape convoque le Consistoire et nomme son fils, Cesare, vice-chancelier. Il envoie celui-ci à Florence pour le représenter et remettre sur le droit chemin Savonarole.
סופות קשות מציפות את רומא, בעוד המקומיים מאוימים על-ידי יצור מיתי בעל ראש של פרד.
Då fastan når sitt slut har skyfall översvämmat Rom. Dessutom känner sig folket hotade av ett mytologiskt väsen med mulåsnehuvud. Cesare lugnar massorna genom att visa upp en åsnas avhuggna huvud.