捜査に没頭するあまり、私生活すべてを犠牲にしてきた警視庁捜査一課の刑事・石川安吾（小栗旬）は、殺人事件の現場だけに自分の存在意義を見出すような空虚な日々をおくっていた。そんなある日、元警察官が銃殺される事件が発生。現場に駆けつけた石川は、付近に潜んでいた犯人から銃撃を受け、頭部に被弾してしまう。生死の境をさまよいながら、朦朧とする意識の中で、ぐるぐると巡る「人は死んだらどこに行くんだろう」という疑問。そして、初めてわき上がってきた感情。――死にたくない。その強い思いが奇跡を起こしたのか、石川はいったん生命活動を停止しながらも、蘇生を遂げる。銃弾は脳内に残り、予断を許さない状況に変わりはなかったが、本人の意思もあって、やがて刑事の仕事に復帰する。 その矢先、新たな殺人事件が発生。現場にやって来た石川は、泣き出しそうな顔で立っている男の子を目撃。石川だけに見えるその男の子の正体は…なんと、殺された男の子だった！？ 戸惑う石川だったが、進んでいく捜査の中で、自らが死者と対話できるようになった事態を受け止めざるを得なくなっていく・・・。やがて、死者の声に導かれる石川は、誰も知らない事件の真相を知ることになり・・・！？
首都圏で女子高生の連続殺人事件が発生。捜査に乗り出した石川（小栗旬）たちは、一週間前に遺体で発見された6人目の被害者が映った防犯カメラの映像から、一緒に車に乗り込んだ男を加害者と特定。男は、十代の頃に強姦などの前科のある村上（丸山智己）という会社員だった。石川と立花（青木崇高）は、すぐさま身柄の拘束に向かうが、それを察した村上は、2人の目の前で自ら喉を切り裂いて自殺してしまう。死の直前に、「もう一人いるぞ」という謎の言葉を残して……。 しかし、現場検証の結果、部屋には“7人目の被害者”を示す痕跡はなく、警察としては「最期の悪あがき」と判断せざるをえなかった。それでも腑に落ちずイラつく石川の前に、不敵な笑みを浮かべた生前の姿の村上が現れる。「まだ生きてるぞ。24時間以内に見つけられれば助かる」とうそぶく村上。石川は、動かない警察を尻目に、単独で“7人目の被害者”の捜索を開始する。24時間というタイムリミットが刻一刻と迫り、現れては消える村上の言動に翻弄されながらも、石川は手掛かりを求めて奔走するが…！？
50年ほど前に東京郊外に施設されたベッドタウン・夢の丘ニュータウン。その団地棟に囲まれた広場で、若い男（金井勇太）の刺殺遺体が見つかった。検死の結果、男はどこか別の場所で殺され、着替えさせられた上で広場に放置されたらしい。第一発見者は、町内の自治会長を務める藤崎（平田満）という初老の男。藤崎によると、男は町内の住民ではないらしく、身元は不明だった。 そんな中、石川の前に死者となった若い男が現れ、「島村靖雄（駿河太郎）という男に殺された」と告げる。彼によると、島村は以前、この団地に住んでいたというが、なぜか詳しい事情は語ろうとしなかった。石川が若い男の証言を基に調べると、島村は5年前、妻と子供を薬物中毒の高校生に殺されていたことが判明。その犯人である西本こそ、遺体で発見された男だった。石川は、今回の事件と5年前の事件の繋がりにいち早く気づくが…!?
大学の陸上競技場でホームレス男性の刺殺遺体が発見された。見晴らしのいい場所にわざわざ遺体を放置し、これ見よがしに『取扱注意』のシールが貼られているのが犯人の異常性を物語っていた。比嘉（波瑠）が検視を開始するいっぽう、石川（小栗旬）は生前の姿でグラウンドの一角にたたずむ被害者を発見。男性によると、犯人は若い男で、殺害時「おとりになってもらう」という言葉を口にしたという。嫌な予感に駆られた石川は、検視中の比嘉に駆け寄るが…!? 警察を標的にしたテロの可能性が浮上し、石川と立花（青木崇高）は犯人逮捕にいきり立つが、市倉（遠藤憲一）から一週間の自宅待機を言い渡される。そんな中、管内で問題の『取扱注意』シールが貼られた新たな遺体が発見された。居ても立ってもいられなくなった石川と立花は、市倉の指示を無視して現場に急行。石川はそこで2人目の死者にアプローチし、犯人に関する重要な証言を得るが…!?
それでもあきらめ切れない比嘉は、石川と共に女子大生の兄と会い、彼女が自分用のスイーツを取り寄せていたことが分かる。比嘉はますます事件の可能性を感じるが、遺体は故郷に送られた後で石川にもどうにもできない。そんな中、都内で別の墜落死事件が発生。亡くなった女性は、先の女子大生と同じく過去に自殺未遂を起こしていたこともあり、やはり自殺として処理されることになる。しかし、現場でまたも奇妙な枯れ枝を発見した比嘉は、不穏な事件性を感じ取り、改めて石川に協力を求めるが…!?閑静な住宅街の一軒家の庭でサラリーマンと見られる男性の遺体が発見された。検視を担当した比嘉（波瑠）によると、異常死には間違いないものの、解剖してみないと死因ははっきりしないという。また、男性は身分を証明する物も携帯電話も所持していないため、身元さえ分からなかった。所轄の刑事によると、最近管内で多発しているノックアウト強盗の線が強いのではないかという。 ところが、生前の姿で現れた被害者の男性（宮藤官九郎）に石川が話を聞くと、事態は単純なものではないことが分かる。側頭部の傷が原因か、男性は記憶を失っており、「どうして死んだのか思い出すまで、あなたのそばを離れません！」と石川に宣言。文字通り、自身の遺体の解剖現場から、ノックアウト強盗の巡回捜査まで、石川にピッタリとついて回る。石川は、そんな男性を持て余しながらも、男性の死の原因を突きとめようと捜査を続けるが…!?
都内マンションで女子大生が墜落死した。警察は自殺と判断し、捜査を打ち切ろうとしていたが、比嘉（波瑠）だけは死亡状況に違和感を覚え、捜査の続行を企図する。特に、中指に不自然な硬直が見られたことと、屋上に揃えて置かれた靴のそばに奇妙な枯れ枝が落ちていたことに引っ掛かっていた。石川（小栗旬）は、上からの指示で解剖に立ち合うことになるが、結局、家族からの要請で解剖は中止されてしまう。 それでもあきらめ切れない比嘉は、石川と共に女子大生の兄と会い、彼女が自分用のスイーツを取り寄せていたことが分かる。比嘉はますます事件の可能性を感じるが、遺体は故郷に送られた後で石川にもどうにもできない。そんな中、都内で別の墜落死事件が発生。亡くなった女性は、先の女子大生と同じく過去に自殺未遂を起こしていたこともあり、やはり自殺として処理されることになる。しかし、現場でまたも奇妙な枯れ枝を発見した比嘉は、不穏な事件性を感じ取り、改めて石川に協力を求めるが…!?
深夜、都心の街角で男子大学生の横森（川籠石駿平）が轢き逃げされ死亡した。原因は、見通しの悪い坂道での車の前方不注意。激しく衝突したため、車の塗装片やタイヤ痕が残されており、車種の特定は時間の問題と思われた。そんな中、石川（小栗旬）が、生前の姿で現れた横森から事情を聞くと、車を運転していたのは、アルバイト先で見かけたことのある政治家の息子と分かる。目撃者が車のナンバーを覚えていたこともあり、もはや逮捕は時間の問題だった。 しかし、犯人である宇田川（矢野聖人）の父親は、現職外務大臣であり、警察官僚出身の前国家公安委員長という権力者であることから、事態は思わぬ方向に向かう。着々と証拠固めを進めていた石川に対して、警察上層部からブレーキがかけられたのだ。それでも必ず逮捕するという石川の決意は揺るがなかったが、事件の背後では“掃除屋”と呼ばれる裏社会の証拠隠滅請負人・神坂（中村達也）が暗躍していた。石川は正義を貫こうとがむしゃらに動くが、上層部からの圧力と神坂の策略の前に、次第に追い詰められていき……!?
組織犯罪対策部に所属する元刑事・荒木（飯田基祐）が銃殺された。至近距離から眉間を撃ち抜く手口から、石川（小栗旬）が銃撃された際に捜査していて、いまだ未解決の元警察官殺しとの関連が疑われた。しかも、殺された2人はかつて同じ組織対策犯罪部に籍を置いており、石川たちは事件に繋がるような接点がないか洗い始める。そんな中、石川が何かを抱えていることを敏感に察知した比嘉（波瑠）は、相談に乗ろうとするが、石川は“死者と会話ができる”という突飛な能力が発現したことを、やはり切り出せないのだった。 荒木の元妻に話を聞いたところ、彼が何らかの違法行為に手を染めていた可能性が浮上。10年ほど前に突然、生活が荒み始めたとの情報から、石川は当時かかわっていた事件を調べたいと申し出るが、市倉（遠藤憲一）に止められる。さらに、時折死者となった荒木が石川の周囲に姿を見せるものの、警戒している様子で接触できない。歯がゆさを感じた石川は、情報を求めて赤井（古田新太）のもとを訪れる。すると、殺された2人は10年前、麻薬密売組織の一斉取り締まりに動いており、そのガサ入れ先で組織の幹部が転落死していたことが判明。さらに、現場から1億以上の金が消えたという噂が流れていたといい…!?
休日のショッピングモールで、8歳の少年が行方不明になった。誘拐事件とみた警察は、警視庁特殊捜査班（SIT）を捜査にあたらせるが、犯人から何の接触もないまま、翌朝、少年は遺体で発見される。捜査は市倉（遠藤憲一）班に引き継がれ、石川（小栗旬）、立花（青木崇高）らが捜査を開始。いっぽう、検視を担当した比嘉（波瑠）によると、死因は舌骨の骨折による窒息死の可能性が高いとのことで、犯人は医学的知識を持った人間と推定された。 その後、誘拐現場を調べていた石川の前に死者の少年が現れ、犯人は「オモチャ屋のお兄さん」という決定的な証言を得る。その頃、詳しい検視を行っていた比嘉は、少年の胸にアルファベットの「A」の文字が、唾液で書かれているのを発見。検査の結果、それは非分泌型の唾液で、DNAを検出できないものだと分かった。一切証拠を残さず、殺しを楽しんでいるかのような犯人に、石川は怒りをたぎらせるが…!?
永正大学医学部法医学教室の教授・浅川透（石丸幹二）のもとで働く助手・比嘉ミカ（波瑠）は、どんなに検案・解剖の経験を積んでも独り立ちさせてもらえない現状に、鬱屈とした感情を抱えていた。そんな折、都内にある西原署の管轄内で、女子中学生が絞殺体となって見つかる。しかも、遺体は誰もが閉口するほど無残な状態だった！突然、同級生を襲った非業の死…。知らせを受けた同級生・小椋明音（清原果耶）らはそれぞれ、悲しみや恐怖の表情をにじませる。
連続女子中学生殺人事件を追っていた刑事・中澤（工藤阿須加）が、重要参考人の男を署に連行した。永正大学医学部法医学教室の教授・浅川（石丸幹二）は彼が犯人だと断言するが、浅川の助手・比嘉ミカ（波瑠）は根拠の薄弱さを指摘。浅川の怒りを買った比嘉は、自らの手で真実を突き止め、被害者たちの無念を晴らそうと立ち上がる。比嘉が見立てた新たな犯人像とは…
「死者と対話できる」という特殊能力を得た刑事・石川安吾(小栗旬)は、完全犯罪を成す“絶対的な悪”=安藤(大森南朋)と対峙し、正義と悪の境界線で究極の選択を迫られる。 新たな運命を背負わされた石川の前に、新たな死者・真実(中村ゆりか)が現れる。「わたしを殺した犯人を捕まえてください!」という死者の想いを受け、再び石川が取った予想外の行動とは...。
