両親を亡くした蘭堂りのはペンフレンドである「ミスター・ポピット」の紹介で宮神（みやがみ）学園に編入してくるのだが、ひょんなことから学園の最高機関「極上生徒会」へ仲間入りすることに。 そこでりのに待ち受けていたものは・・・。
極上生徒会に入ったは良かったが、周囲の目に戸惑うりの。 親睦を深めようとりのの歓迎会が開かれるが、そこへ思わぬ邪魔が入る。 そこで彼女たちが目にしたものは…。
ある朝、神宮司奏会長が蘭堂りのの部屋から出てくるところが目撃される。 たちまち二人は臭い仲ではないかという噂が学園中を駆け巡る。 このスキャンダルを嗅ぎつけた新聞部と、極上生徒会の激しいバトルが始まる…。
未知数であるりのの実力を測るため、和泉香がパートナーに任命された。 しかし、香は憧れの奏会長がりのと仲良くやっていることに嫉妬しているため、この組み合わせには周囲から心配する声も。 そんな折、香とりのは人形劇部で人形が破壊されるという事件に遭遇するのだが…。
「予算が足りません！」会計の市川まゆらの悲痛な叫びが響き渡る。 極上生徒会の予算不足から、遊撃と隠密の間で予算争奪争いが勃発。 奏会長の一言でカレーの味勝負で勝敗を決することになるのだが…。
謎の人形「プッチャン」。ある日、プッチャンの口の悪さが災いして、りのと引き離されてしまう。 しかし、監禁されていたはずのプッチャンの姿が忽然と消え、次々と被害に遭う生徒会のメンバー。 不気味な笑いとともに現れたのは…。
普段、ほとんど洒落っ気のない市川まゆらが、オメカシをして街へ出かける姿が目撃された。 どうやら男性と会っているようなのだが、隠密の調査の結果、その相手は遊びでまゆらと付き合っているらしいことをつきとめる。 そこでメンバーは、穏便に二人を別れさせようと画策するのだが…。
定期試験の時期がやってきた。 普段遊びまくっていたツケから、りの・れいん・シンディの３人が赤点の危機に迫られる。 生徒の手本となるべき極上生徒会が赤点を取るわけにもいかず、メンバーによる３人の特訓が始まる。 順調に学力をつけるれいんとシンディであったが、りのは…。
極上生徒会会議室に乱入し、飛田小百合に挑戦する者が表れた。彼女の名は君塚優子。 彼女が表れてから小百合とれいんの様子がおかしくなったことに気づいたメンバーは早速調査を開始、小百合と優子の過去をつきとめる。 小百合は自責の念に押しつぶされそうになりながらも、親友れいんと生徒会メンバーによる励ましで、優子との勝負を受け入れる決意をするのだが…。
季節は夏。宮神学園にもプール開きの季節がやってきたのだが、美少女ぞろいの宮神学園では部外者侵入の問題が深刻になっている。 生徒会でもその対策会議が開かれたが、このままでは中止も考えなければとの意見も。しかし、どうしても実施したいという奏会長の想いを汲んで、生徒会メンバーは大規模な作戦に出る…。
練習試合を控えていた学園のフットサル部が、全員夏風邪でダウン。 このまま中止になるかと思われたが、対戦相手である宮神学園のライバル校「絢爛学園」の生徒会に奏会長が侮辱され、生徒会メンバーが代替出場することに。 ところが、試合には絢爛学園の策略が張り巡らされていたのだった…。
毎月第３日曜日になると奏会長と奈々穂は決まって外出していた。行き先は神宮司本家。 奏が当主である祖父と面会している間、奈々穂は雨空を見つめながら昔のことを思い出していた。 そう、彼女の人生を大きく左右した出会いのことを…。
りのが行き倒れの女の子を保護した。 突然やってきたその子に極上寮で傍若無人に振る舞われ困惑する生徒会。 その子＝桂みなもと会長不在の極上生徒会との戦いの決着は…。
極上寮が爆破され、寝食すらままならなくなった極上生徒会のメンバー。 そんな現状を打破すべく、みなもの提案で生徒会のメンバーによる演劇を開催し予算を獲得しようとする。 予算のために真面目に取り組む生徒会一同だったが、ふとした事からみなもの秘密を知ることになる…。
みなもが勝手に久遠の部屋から男の写真を見つけ出し、生徒会のメンバーは騒然とする。 しらを切る久遠だが、その日を境に段々と様子がおかしくなっていく。 それに目をつけた隠密が目にした光景、久遠とその男の関係は…。
りのとみなもと一緒に隠密行動することになってしまった琴葉は、事あることに足を引っ張られてしまい頭を抱える。 そんな中、ある女子生徒の不純異性交遊を突き止めるべく密偵を張るのだが、その家から出てきた男は…。
母親が来日することになり猛烈に動揺するシンディ真鍋。 母親を安心させるために膨大な数の嘘をついていたのが原因だった。 それならば嘘を真実にしてしまおうと計画する極上生徒会だったが…。
いつも気さくで面倒見の良い伊丹ゆきみ先生が何とも浮つき気分。 職業弁護士 両親は資産家 これ以上にない好条件なお相手とのお見合いの話しがあるという。 そこには宮神学園の極上な教師たちの思いが渦巻いているのだった…。
プッチャンを一人の人形が訪ねてきた。その名はランス。プッチャンとは旧知の仲のようだ。 眠っているりのの傍らで自分らの使命を語る二人。どうやら神宮司と深い関わりがある とのことだが、二人の再会は束の間のこととなるのであった。
桜梅歩が芸能プロダクションにスカウトされてアイドルデビューすることに。 不思議に思う生徒会のメンバーだったが、本気の歩を学園全体でバックアップする。 そんな中、一人の刺客が目を光らせることにとなるのだが…。
ある朝、赤ん坊が極上寮の前に放置されていた。 すぐにでも警察に届けようという意見もある中、 結局、母親が戻ってくる可能性を信じて生徒会で預かることに。 そんな中、れいんがその子と自分の境遇をダブらせる…
極上生徒会提案のカードゲームが宮神学園で流行り始めていた。 ところがその内容が、あまりにも生徒会メンバーのプライベートを侵害しているため 反対するメンバーも現れた。 存続を望む久遠ら主催側と反対派の奈々穂らの決着は… そう、カードバトルにて審判が下されることに！！
極上生徒会の不思議のひとつである美幼女管理人さんの謎。 本来小学生であるはずの管理人さんは、普段どんな生活を送っているのか。 結成されたりの率いる探偵団がその謎を突き止める。 そんな折、りの達は管理人さんの部屋で魔法のステッキを発見する。
秋、宮神学園にも体育祭の季節が訪れた。 学園の一大イベントとあって、いつも以上に張り切る生徒会メンバー。 ところがそんな中、学園の存続さえ揺るがす悲報が届く。 バラバラになってしまう生徒会。 そこでりのが決心したことは…
奏会長に一目会いたいと神宮司本家へ向かうりの達だが、簡単には忍び込めない。 そんな折、桂聖奈の案内で秘密の通路を見つけた。 いつものように実力行使で敵を倒し、ひとりまたひとり減っていくメンバー。 果たして奏会長に会うことはできるのだろうか…
神宮司家でのひと悶着も過ぎ去り、生徒会メンバーはそれぞれ新たなるスタートを切ることになった。 能力を巡り、神宮司家に狙われることとなってしまったりのだが、 それを救うために現れたのは、聖奈と…
