12世紀、北宋末期。下級役人の宋江（織田裕二）は、国の腐敗や賊徒に襲われた民の絶望を目の当たりにし、世直しの書である『替天行道』を書き上げる。一方、托塔天王の名前で恐れられる晁蓋（反町隆史）も兵を束ね、立ち上がるその時を待っていた。国を倒すべく、同志を集める宋江は槍の名手・林冲（亀梨和也）を禁軍に潜入させる。林冲は、叛乱の疑いをかけられた武術師範の王進（佐藤浩市）を逃そうと試みるが…。
志を同じくした宋江と晁蓋は手を組むことを決める。叛乱活動の拠点として、数千もの賊徒の根城であり、王倫（萩原聖人）が束ねる”梁山湖の砦”を奪取すべく動き始める。一方、国を影から支える諜報組織「青連寺」の総帥・袁明（大塚明夫）は、叛乱の匂いを感じ取り、幹部の李富（玉山鉄二）に捜査を命じる。やがて、宋江の間者である馬桂（松雪泰子）が、林冲が処断される、という情報を掴む。宋江と晁蓋は、奪還作戦を練るが―。
晁蓋は、呉用（野間口徹）、阮小五（加藤清史郎）、魯智深（金児憲史）らとともに、林冲の救出に成功。林冲は、梁山湖の砦を手に入れるための鍵となる、腕利きの医者・安道全（金田哲）を同志に加えるため、滄州の牢獄へと向かうことになる。高まる叛乱の気配に危機感を募らせる「青蓮寺」の李富は、禁軍将校の楊志（満島真之介）に調査を命ずる。一方、逃亡中の王進は、道中、荒くれ者の史進（木村達成）を弟子として鍛えるが―。