地鳴りと土煙の向こうに現れたるは巨大なローラーを引いた乙女たちの一団。そう、彼女たちこそが明日の宇宙撫子を目指して日々練習に励む、大学衛星南極訓練校の生徒たちであり、今はその中間試験の真最中なのだ。優れた少女ばかりが集まった訓練校の真剣勝負だというのに、最後尾をヨタヨタと走る落ちこぼれ少女は誰…？
中間試験の追試科目が決定した。難易度の高さから100年以上閉鎖されていたという伝説の競技・バイクレースだ。実はおのんき訓練校ライフを守るため、追試必勝を目指す鈴花により仕組まれたものだったのだが、そんなことは知らないあかりは一乃の指導のもとバイクレースの猛特訓を行う羽目に…
深夜の女子寮に響き渡る悲鳴と怒声。全てはターニャの信じるかけっこの神様・ンガジのせいだ。最初はドンジリの成績に落ち込むあかりのためにンガジに祈り始めたターニャだったが、みんなも一緒にンガジに祈って早く走れるようになろうと思いついたばかりに…。
「ジェシー・ガートランド。あいつは特別なんだ。」いつもクールで理知的に行動するアイラの心に芽生えた不可思議な想い。その意味を突き止めるべく、アイラはジェシーを挑発する！そのアイラに対して、持てる力のすべてを振り絞って応じるジェシー。いま水泳を舞台にして、ライバル同士の壮絶なバトルロイヤルが始まる！
偉大な宇宙撫子・巴を称える御堂巴記念館。そこで初めて母がトップアスリートとして走る映像を目にしたあかりは、映像に魅入っているジェシーを見つけた。自分の憧れであり目標である巴の才能を受け継ぎながらも一向にやる気を見せないあかりに対し抱き続けていたジェシーの怒りが討ちに爆発する!!
ジェシーに身も心も打ちのめされ、故郷に逃げるように帰ったあかりを追う一乃。だが、やっとの思いで再会した彼女に対して、あかりはもう戻る気がないと語る。それでも一乃は必死に説得を続けるが、ついに2人の感情は爆発！ 穏やかな言葉が、胸の内のすべてをさらけ出すかのような叫びに変わる!!
訓練校への帰還を果たしたあかりは、一乃の指導のもと、めきめき頭角を現してきた。一乃に喜んでもらいたい一心で、秘めた才能を開花させてゆくあかり。しかしそれは、一乃の心に嫉妬を生み出す。このままではいずれ、あかりに追い越される。才能の大きさを思い知らされた一乃は、あかりに勝負を挑むのだが…。
砕け散った一乃の脚。その脚は、一乃にあかりとの友情の裏に潜む、自身の傲慢を教える。そしてあかりもまた、一乃の夢を壊してしまった罪悪感にさいなまれる。走るための脚をなくした一乃は訓練校を去る決意をするが、その前に、せめて謝りたい。同じ想いを抱きつつも勇気を出せない2人の心はすれ違う。
「一乃は去ったわ。あかり、あなたはこれから何のために走るの？」ジェシーの言葉に、あかりは答えを見出せないまま、卒業試験のトライアスロンが始まった。トップグループではジェシーとアイラが壮絶なデットヒートを繰り広げる一方、失意の底に沈んだままのあかりは最下位に甘んじていた。
一乃が送った応援のメッセージを胸に、降り始めた雨の中、あかりは破竹の勢いで突き進む！ 鈴花を、ターニャを追い抜き、ついにトップを行くジェシーを捕らえた。「独りじゃない、独りじゃないんだ。いっちゃんがいてくれる!!」ジェシーを追い抜き、ゴールラインを切ったあかりは、一乃の胸に飛び込んだ…。
卒業試験を勝ち抜き、大学衛星への入学を果たしたあかり。しかし意気揚々と宇宙に上がる彼女の前に、予想もしなかった危機が襲来。「宇宙家族ブロンソン」を名乗るテロリストにシャトルがハイジャックされてしまったのだ。テロリストに銃を突き付けられるあかり。だがその時、1人の少女が敢然と立ち上がった！
なんとか無事に衛星に降りたあかり。これからチームメイトのクリスとアンナの3人で、予選リーグを突破して大運動会に出場するのだ！ そんな彼女たちの教官は謎の男ミスター・ミラクル。しかも最初の訓練は、大波・大ザメ・そして魚雷が待ち受けるプール。「いっちゃん、大学衛星はとても熱くてヘンな所です」
衛星の生徒にもようやく慣れたと思った頃、早くも大運動会予選が開始。あかり・クリス・そしてアンナの3匹は意気揚々と予選に挑むも、連敗を重ねて遂に負け星は11を数えることに。落ち込むあかりは怒りと焦りをチームメイトにぶつけてしまう…。復活の「あかりハウス2」、そして3匹の行方や如何に？
もはや1敗も許されない状況で、ミラクルは訓練の中止を決定。「コーチに見捨てられた」というドン底気分を隠しながら与えられた自由時間を楽しもうとするあかりたちだったが、その3人にアクシデントが発生！ 絶体絶命のピンチを迎えた3匹に、ようやく生まれるチームワーク。奇跡は、今始まろうとしていた…。
ラーリとの勝負に傷つき敗れたジェシー。たゆまぬ努力と共に築き上げてきた自身は崩れ去り、残されたものは、幼い頃に生き延びるため鍛え上げた脚力だけ。最後のプライドをかけてラーリに再戦を挑むジェシー。だがそこで見てしまう。求めて止まなかった「御堂巴」の光をまとう、ラーリの姿を…。
「大運動会」予選も残りあと1試合。これに勝てば本戦出場がかなう！ だが最後の試合の相手はターニャたちのチームだった。ジェシーが消えてしまった今、訓練校時代の友はターニャだけ。自分が勝てば、ターニャもまた大学衛星から去っていってしまう…。思い悩むあかりは実力を発揮できないでいた。
なんとか予選を勝ち抜いたあかりたち地球選抜Aチーム。個人戦になる。「大運動会」本戦では、昨日の仲間も手強いライバル。自信の持てないアンナは、そんな明日に不安を覚えるのだった。しかもアンナの最初の敵は、暴虐の女王ミランダ。勝利の糸口を見出せない不安が、アンナの心を揺り動かす…
アンナの仇を討つために、ミラクルのコーチを受け入れたクリス。それは彼女に圧倒的な強さを約束してくれた。だがしかし、勝てば勝つほどクリスの心は沈んでゆく。そんな彼女を救ったのは、意識を取り戻したアンナの言葉。もう一度「戦う理由」を見つけたクリスの胸に、迷いの欠片はなくなっていた。
決勝で戦うことを誓い合ったあかりとクリス。だがその前に立ちはだかる、最強の壁ラーリとミランダ。準決勝の舞台の上で、2人は完膚なきまでに叩きのめされる。ただの1点も取れないままに試合は進み、くじけそうになるあかり。その時、あかりの前にやってきたクリスは…。
互いの心を堅く結んだあかりとクリスは、ラーリ＆ミランダと互角の戦いを演じ始めた。高まっていく想いに、あかりは自然と笑みを浮かべる。それは在りし日の友情をラーリに思い出させる。戦うための機械になった今と、好敵手との戦いを楽しんでいた昨日を…。戦いが終わった後、ラーリが手に入れるものは何？
「大運動会」本選決勝を控えた夜、謎の波動が大学衛星に襲い掛かった。砕け散るスクリーン、めくれ上がるグラウンド。そして斜めに傾いた大学衛星…。この状態で100m走を行えるはずもなく、決勝戦は1日延期されることに。だが延期されたその日は、クリスたちビギナーズにとっては定められた安息日だった
クリスは「大運動会」決勝の舞台へやってきた。ビギナーズの教義を10秒だけ棄て、あかりと共に御堂巴の光を見るために…。心を重ねながら、ほんのわずかな時を駆け抜けていくあかりとクリス。そうして目にした“光”を抜けた瞬間、「Winner」の文字が輝く！ 果たして、あかりとクリス、栄光の座はどちらのものに…？
宇宙撫子の栄冠を手にしたあかりは、亡き母の墓前を訪れた。だがそこには、謎のサングラスの男の姿が。ミスター・ミラクル、そう呼ばれていた男こそ、御堂巴の夫であり、あかりの実の父だった！ だが驚愕はそこで終わらない。2人の頭上に現れた謎の円盤、その攻撃こそは人類最大の決戦への序曲だったのだ!!
極悪スポーツ宇宙人、ネリリ星人と戦うべく定められた運命の7戦士。ある者は野鳥や大岩を相手に反射速度の向上を、ある者はトンネルをひたすら掘り続け、パワーの増強を、そしてまたある者たちは、1人の乙女の愛を奪い合う…それでいいのか戦士たち。そんなこんなで“超運動会”の日がやってきた！
ネリリが繰り出す改造スポーツ星人たち。科学力は凄いけど、地球の戦士は絶好調で快速撃退。だが、ネリリはまだ切り札を隠していた。全アスリートの頂点に立つ、天才を超えた天然娘。その名は御堂巴!!
巴1人につぎつぎ敗退していく7戦士達。残されたのはリレー競技1種目のみ。全ての想いと意地をのせ、巴に挑むはジェシー・クリス・一乃・あかりの4人。完全無欠の巴に対し、勝利の可能性は限りなくゼロ。さぁ、一世一代の大勝負！ 光の先に駆け抜けろ!!