天才ピッチャー・原田巧（中山優馬）は、中学入学前の春休み、岡山県新田市に引っ越してきた。そこに地元チームのキャッチャーで、巧のボールを受けることを熱望する永倉豪（高田翔）が現れる。「自分の本気の球を捕れたやつはいない」と巧は言うが、豪は４球目で剛速球を受け止めて、巧を驚かせる。しかし豪は、これを最後に、進学のために野球をあきらめようとしていた。
同じ中学に入学した巧（中山優馬）と豪（高田翔）。入部した野球部の監督・戸村（千原ジュニア）は「新入生は丸坊主にしろ」と命令するが、「髪の長さと球の速さは関係ない」と、巧は真っ向から反発する。「髪を切るぐらいなら試合に出なくていい」と巧は言い切るが、彼とバッテリーを組むために進学先まで変えた豪は、大きなショックを受ける。そんな豪に巧は「どうして自分の力を信じないのか？」と怒りをぶつける。
巧（中山優馬）と豪（高田翔）は自分たちの力を認めさせるために、野球部の監督・戸村（千原ジュニア）を打席に立たせて勝負する。巧の剛速球の威力に戸村は驚く。戸村はかつての恩師でもある巧の祖父・洋三（石橋蓮司）に相談して、巧と豪の投球練習を認めることにする。しかし、規則に従わない巧を戸村が認めたことで、上級生の間には微妙な空気が流れ始めた。練習後の用具室で、巧は何者かに突き倒されリンチを受ける。
巧（中山優馬）を襲った犯人は３年生の展西（染谷将太）たちではないか？ という疑念のなか、戸村監督（千原ジュニア）は「来月の試合で巧と豪（高田翔）のバッテリーを先発で使う」と伝える。その直後、繭（宮﨑香蓮）が、授業を休んでいたはずの沢口（永嶋柊吾）を見かけたと言いに来る。野球部の３年生たちに連れられ、体育館に向かったという。危険を感じた巧、豪、東谷（松川尚瑠輝）は、体育館へと駆け出す。
巧（中山優馬）は野球部の活動休止という処分に対して「野球は自分たちのものだ」と猛反発する。社会への学校としての責任を説く校長（北見敏之）に、豪（高田翔）は「強豪校の横手二中と試合して、勝ったら認めてほしい」と懇願。自分たちの力で横手とコンタクトして試合を実現しようと部員総出で奔走する。横手には“怪物スラッガ－”といわれる門脇秀吾（中村隆太）がいた。巧の球に興味を持った門脇と巧は対戦することになる。
巧（中山優馬）と豪（高田翔）は、横手二中の主砲・門脇（中村隆太）と対戦する。巧は打たれるが、その才能を認めた門脇は「新田東中との試合を実現する」と約束する。一方、豪は自分が捕れないほど巧の球が力を増したことに大きく動揺する。そして巧が手加減したことに傷つき、「今度本気で投げなければ許さない」と巧を殴りつける。いよいよ試合となり、巧は完全決着をめざして門脇に挑む。しかし、豪の異変には気づかず…。
巧（中山優馬）と豪（高田翔）のバッテリーは、主砲・門脇（中村隆太）をしとめたが、その直後から崩れて横手打線にめった打ちにあう。「お前には原田の球はとれんじゃろ」と豪に言い捨てて、横手の副将・瑞垣（川原一馬）は立ち去る。戸村監督（千原ジュニア）は「豪が捕れないなら、これからは７割の力で投げろ」と巧に告げる。全力投球してこそ巧なのだと信じる豪は、「自分はキャッチャー失格だ」と、退部届けを出してしまう。
巧（中山優馬）は東谷（松川尚瑠輝）と新しくバッテリーを組むことになるが、豪（高田翔）の野球をやめる決心は固い。ある日、横手二中の副将・瑞垣（川原一馬）が偵察に来て、「巧の相手になれるキャッチャーはいない」と挑発する。東谷は「お前が正直な気持ちを伝えないと、豪は二度と戻らない」と巧をけしかける。しかし巧は豪に対してむきになり、青波（森本慎太郎）が大切にしていたボールを森の中に投げ込んでしまう。
新学期になって３か月ぶりに野球部が再開した。巧（中山優馬）と豪（高田翔）は、全国優勝を果たした横手二中の主砲・門脇（中村隆太）が、自分たちと決着をつけるべく再試合をしたがっていると知る。横手二中の監督・阿藤（小西博之）は、巧の実力を目の当たりにして戸村（千原ジュニア）に再試合を了承する。一方、繭（宮﨑香蓮）は試合を控えた巧にお守りを渡そうと、巧の家を訪ねる。そして自分の思いを巧に告白するのだが…。
宿敵・門脇（中村隆太）との勝負を目前に、巧（中山優馬）の速球のコントロールがきかなくなる。巧は隠そうとするが、異変に気づいた豪（高田翔）は猛練習につきあう。原因がわからず戸惑う豪に、戸村監督（千原ジュニア）は「お前が信じて見守ってやれ」と告げる。決戦前夜、巧は豪と築いたかけがえのないきずなをかみしめて、豪のミットめがけて最高の球を投げると約束する。そして試合当日、天才打者・門脇との決戦を迎える。