万木朝顔（上野樹里）は、神奈川県にある興雲大学法医学教室に勤める法医学者。野毛山署強行犯係の刑事である父親の平（時任三郎）、夫で、平の元部下だった神奈川県警捜査一課の刑事・桑原真也（風間俊介）、そして5歳になる娘のつぐみ（加藤柚凪）と一家四人、笑顔が絶えない幸せな日々を送っている。ある朝、朝顔たちが朝食をとりながら話をしていると、ふいにつぐみが「弟が欲しい」と言い出す。気まずい空気の中、仕事に出かける平と桑原……。 朝顔もつぐみを保育園に送り届けると、いつものように興雲大学へと向かった。するとその途中で朝顔は、立体歩道橋で発生した群衆雪崩の事故現場に遭遇する。大きなイベントが予定されていた近くのスタジアムで突然火災報知器が作動し、逃げようとしてパニックになった人々が立体歩道橋に殺到したために起きた事故だった。 朝顔が興雲大学へと急ぐと、法医学教室では安岡光子（志田未来）、高橋涼介（中尾明慶）、藤堂絵美（平岩紙）、藤堂雅史（板尾創路）らもテレビのニュースで群衆雪崩の現場映像を見ていた。20名が病院に搬送され、うち死者４名、意識不明の重体1名の大参事だった。主任教授の夏目茶子（山口智子）は海外出張で不在だったが、法医学教室にはすぐに解剖の依頼が入った。 同じころ、平は、野毛山署強行犯係の森本琢磨（森本慎太郎）や山倉伸彦（戸次重幸）ら同僚や、県警の桑原、検視官の丸屋大作（杉本哲太）らと連携して、事故の原因を調べ始める。だが、奇妙なことにスタジアムでは火災が発生していなかった上、現場では異臭がしたという証言もあり、実際に被害者の中にはけいれんや意識障害など、化学薬品を吸引したと思われる症状を訴える者もあった。また、事故が起きる直前、金髪の男性が騒いでいたという複数の証言も得られていた。 あくる日、群衆雪崩で妻を失ったという金髪の男・佐藤祐樹（松田元太）が、事故現場でマスコミの取材に応じる。そこで祐樹は、これは事故ではなく殺人だ、と訴え……。
野毛山署管内のひと気のない空き地で、男子中学生の遺体が発見される。 休日だった朝顔（上野樹里）は、興雲大学法医学教室からの電話で目を覚ます。朝顔が１階へ降りると、すでに平（時任三郎）が支度を終えていた。ただちに現場に向かう平。被害者は、14歳の矢野諒（池田優斗）で、死亡推定時刻は午前5時から6時ころ。午前7時ころ、散歩中だった近隣住民が発見し通報したという。遺体のみぞおち付近には、大きな皮下出血があった。また、諒は野球のユニフォーム姿で、遺体の横にはグローブがあり、ボールが金網の上部に挟まっていた。 一方、桑原（風間俊介）は、朝顔に代わって娘のつぐみ（加藤柚凪）の面倒を見ることになった。しかし、朝顔と遊ぶ約束をしていたつぐみはご機嫌斜めで……。 朝顔は、藤堂（板尾創路）らとともに諒の解剖を行う。諒は、みぞおち付近の内出血以外、目立った外傷はなかった。解剖後のミーティングで、藤堂は、諒がみぞおち付近に強い衝撃を受けて心臓震盪を起こし、心停止に至った可能性を検視官の丸屋（杉本哲太）や、強行犯係長の山倉（戸次重幸）らに伝えた。捜査の方向性を決めるために、殴られたかどうかだけでも断定してほしい、と強く主張する丸屋と、この段階では難しいとする朝顔たちとの議論がヒートアップする中、思わぬ知らせが入る。連絡を受けて駆けつけようとしていた諒の父親が、階段から落ちて意識不明状態になってしまったというのだ。諒には母親がいなかったため、身元の確認には祖母の咲江（柳谷ユカ）と、諒の双子の兄・一馬が立ち会うが……。
朝顔（上野樹里）たちが暮らす万木家に、野毛山署強行犯係の係長・山倉（戸次重幸）が突然訪ねてくる。 あくる日、朝顔は、検視官の丸屋（杉本哲太）から電話で呼び出される。朝顔が向かったのは、山梨と神奈川の県境にある田園地帯だった。朝顔が、遺体が見つかったという小さな倉庫に案内されると、そこで丸屋と、神奈川県警から山梨県警に異動になった旧知の検視官・伊東（三宅弘城）がもめていた。第一報は自分たちの方が早かったのだから山梨県警が調べる、と主張する伊東に対し、この件は神奈川県警がずっと追っていた、といって譲らない丸屋。すると、伊東とともに現場に来ていた山梨医大の法医が、解剖の予定が詰まっていると言い出したため、この件は朝顔が調べることになる。 神奈川県警の刑事によれば、遺体は農具倉庫で見つかり、第一発見者は所有者が亡くなったために調査に訪れた市の土木課職員だという。遺体は完全にミイラ化しており、付近に身元を確認できるようなものもなかったため、年齢や死亡時期の特定は困難だった。そして、奇妙なことに遺体はタキシードを身に付け蝶ネクタイをしていた。そこで丸屋は、この遺体は重大事件の容疑者かもしれない、と朝顔に打ち明け……。
朝顔（上野樹里）が法医学教室に出勤すると、茶子（山口智子）から、車に閉じ込められているから休む、という電話が入る。応対した藤堂（板尾創路）は、絶対嘘の言い訳だと言って気に留めなかった。 一方、平（時任三郎）は野毛山署で思わぬ人物と出会っていた。万木家とも深い関わりのある、忍（ともさかりえ）だ。 そんな中、あるマンションの一室で、20代の若い女性の遺体が発見される。女性はウェブデザイナーの坂井亜衣（椚ありさ）。亜衣の姉・美優（高梨臨）から、妹と連絡が取れない、という電話を受けた大家が警察官を伴って部屋に入ると、ベッドに横たわって亡くなっている亜衣が発見されたのだ。 野毛山署強行犯係の刑事たちとともに現場に入った朝顔が遺体を調べると、亜衣は窒息したようで、首にはうっすらとひも状のもので絞められた痕があった。しかし、大家が部屋に入ったときは、ドアや窓はすべて施錠されていたという。密室殺人では、と色めき立つ森本（森本慎太郎）ら強行犯係の刑事たち。事情聴取を受けた美優は、亜衣は交際相手に殺されたのだと思う、と証言するが……。
朝顔（上野樹里）は、娘のつぐみ（加藤柚凪）を連れて、祖父・浩之（柄本明）が暮らす仙ノ浦を訪れていた。そんな朝顔のもとへ、ある遺体を解剖すべきかどうか判断してほしいという連絡が入る。朝顔が現場へ向かうと、何故かそこには丸屋（杉本哲太）の姿があり、岩手県警のベテラン刑事・佐山（才勝）ともめていた。 自宅で遺体となって発見されたのは71歳の甲田雅子。8年前に脳梗塞で倒れてから寝たきりだったという。第一発見者はずっとひとりで雅子の介護をしてきた娘の奈々子（池津祥子）だった。佐山は、幼いころから知っている奈々子のことを疑うような丸屋の言葉に反発し、解剖に反対する。だが、遺体は死後二日ほど経過しているにもかかわらず、奈々子が通報してきたのは今朝だという。朝顔は、解剖を行うべきだと丸屋たちに進言する。 同じころ、興雲大学法医学教室では、藤堂（板尾創路）や光子（志田未来）らが、就寝中に強風で飛ばされてきた看板が窓ガラスを突き破り、割れたガラスが刺さって死亡したと思われる宍戸慶介の解剖を行っていた。宍戸は、右太腿に刺さったガラスを自分で引き抜いたことが原因で、失血死したと考えられた。だが平（時任三郎）は、宍戸の胸の傷が気になり、本当に事故かどうかもう一度現場を調べることにする。 北上医大で雅子の解剖を行うことになった朝顔は、光子と絵美（平岩紙）に協力を求め、現地に来てもらう。 一方、桑原（風間俊介）は、カフェで田村聖奈（中村里帆）という女性と会っていて……。
朝顔（上野樹里）は、朝になっても帰宅せず、電話にも出ない桑原（風間俊介）のことを心配していた。テレビからは、昨夜発生した、警察官殺害事件のニュースが流れていた。犯人は、警察官を襲って拳銃を奪い、現在も逃走中だという。そこに、仙ノ浦を訪れている平（時任三郎）から電話が入る。桑原のことを聞いた平は、聞き込みや検問で徹夜なのだろう、と言って朝顔を安心させる。 同じころ、野毛山署管内の港には、神奈川県警の捜査員たちが集まっていた。横たわっている遺体は、桑原と連絡を取り合っていた田村聖奈（中村里帆）。彼女は、拳銃で頭を撃たれていた。神奈川県警管理官の瀧川雄一郎（近藤芳正）は、事件現場に居合わせた桑原を呼ぶよう指示する。そこに山倉（戸次重幸）ら野毛山署強行犯係の面々が駆けつけた。しかし山倉らは、事件の詳細すら教えられずに帰されてしまう。 警察官殺害事件の影響で保育園が休みになってしまったため、朝顔は、つぐみ（加藤柚凪）を連れて法医学教室へ出勤する。藤堂（板尾創路）と絵美（平岩紙）も、小学校が休校になったために息子を連れてきていた。 するとそこに、緊急の解剖依頼が入り、朝顔が解剖を行おうとした。ところが……。 BACK NUMBER
朝顔（上野樹里）の夫で、神奈川県捜査一課の桑原（風間俊介）は、田村聖奈（中村里帆）を射殺した容疑で監察官の五十嵐（松角洋平）から厳しい追及を受けていた。桑原は、聖奈を撃ったのは交際相手の桐谷大和（坂本慶介）だと主張。自分は、聖奈の背後から彼女に拳銃を向けた桐谷の右足を撃ったと証言した。だが、その桐谷が焼死体となって発見され、解剖の結果、聖奈が射殺されるよりも前に死亡していたことが明らかになる。桐谷の解剖を行ったのは朝顔だった。 朝顔は、検視官の丸屋（杉本哲太）に頼み、桐谷の遺体が見つかった現場を見に行く。だが、それを知った五十嵐は、朝顔の元を訪れると、丸屋をこの事件から外したと告げる。妻が夫のために記録を改ざんしないとも限らない、というのだ。続けて五十嵐は、拳銃を撃ち慣れていない桑原の手元が狂った可能性は本当にないのか、と朝顔に問いかけた。それに対して朝顔は、どんな結果になろうとも自分の解剖に私情を挟むことはない、としながらも、担当を外れることを了承する。 一方、野毛山署の山倉（戸次重幸）らは、事件の発端となった、警察官が拳銃を奪われた現場周辺の防犯カメラ映像を手に入れる。平（時任三郎）が手配したものだった。さらに平は、ある人物に会って欲しいと山倉に頼む。 しかし、法医学教室も、野毛山署の刑事たちも、桑原の無実を証明できるような新たな証拠を見つけることはできず……。
朝顔（上野樹里）が所属する興雲大学法医学教室に、新しいアルバイト学生として、医学科3年の牛島翔真（望月歩）が加わった。藤堂（板尾創路）や高橋（中尾明慶）は、また辞められたら困る、という理由から、何かと牛島に気を遣っていた。 一方、長野県警への異動を命じられた桑原（風間俊介）は、非番だった姉の忍（ともさかりえ）に手伝ってもらい、これからひとり暮らしをするマンションで荷解きをしていた。朝顔と結婚し、万木家で暮らすことになったときの思い出に浸る桑原。忍は、そんな桑原に対し、ある忠告をする。 そんな折、法医学教室に解剖の依頼が入る。海岸の岩場に倒れているところを釣り人が発見した、60代後半と思われる男性の遺体だった。崖の上に男性のものと思われる靴がそろえてあったことから、自殺の可能性が高かったが、身元がわかるようなものはなかったという。 解剖を手がけた朝顔は、死因は頭蓋骨陥没による失血死と判断するが、遺体の手と爪に褐色森林土と石灰が付着していたことや、全身を骨折している中で右手の中手骨が折れていることが気になっていた。何かを殴って折れた可能性も考えられたからだった。朝顔は、男性のワイシャツに付着していた血に、相手の血が混じっているかもしれない、と検視官の伊東（三宅弘城）に告げる。 ほどなく、教授会を終えた茶子（山口智子）が法医学教室に戻ってきた。が、朝顔から手渡された遺体の資料に目をやると、一瞬表情を変える茶子。それに気づいた朝顔は、死亡した男性のことを知っているのではないかと茶子に尋ねた。そこで茶子は、30年前に起きたある事件のことを話し始め……。
朝顔（上野樹里）は、つぐみ（加藤柚凪）と一緒に保育園の運動会に参加する。楽しそうなつぐみの姿を見つめる朝顔。 同じころ、藤堂（板尾創路）や光子（志田未来）たちは、マンションの前で死亡していた21歳の大学生・小湊真由（愛甲ひかり）の解剖を行っていた。真由は、全身を１１ヵ所も刺されており、死因は背部刺創による出血性ショックだった。真由が雑誌の人気読者モデルだったため、SNS上にはこの事件に関するさまざまな情報が流れていた。その中には、真由と親交があったモデル仲間の吉永明日花（水野瑛）や、かつて交際が噂された橘凛太朗（宮内伊織）の犯行を疑う声も上がっていた。 そんな折、高橋（中尾明慶）と牛島（望月歩）が解剖室の掃除をしていると、突然解剖台横の水道が壊れ、水が噴き出す事態が発生。そのせいで、予定されていた解剖は別の大学に依頼することになってしまう。翌日出勤した朝顔は、真由の事件について調べるという光子を手伝おうとした。だが茶子（山口智子）は、修理が終わるまで休んで有休を消化するよう朝顔に指示する。 あくる日、朝顔は、つぐみを連れて仙ノ浦に向かい、平（時任三郎）と再会する。その後、体調を崩して入院中の浩之（柄本明）を見舞う朝顔たち。そんな中、朝顔は、母・里子（石田ひかり）と中学・高校の同級生だったという美幸（大竹しのぶ）と出会う。 一方、桑原（風間俊介）は、発砲した件で刑事部長から臨時の審議会への出席を命じられていて……。
朝顔（上野樹里）たちのもとへ、緊急で２体の焼死体の解剖依頼が入る。朝顔は、つぐみ（加藤柚凪）が通う保育園に延長保育を頼むと、光子（志田未来）や絵美（平岩紙）たちと手分けして解剖を行った。 光子たちの好意で先に法医学教室を後にした朝顔は、つぐみを迎えに行き、帰宅する。と、そこに美幸（大竹しのぶ）から宅配荷物が届く。美幸によれば平（時任三郎）が最近、食堂の手伝いをしてくれているらしい。その中には、まんじゅうや干物などの仙ノ浦土産のほかに、母・里子（石田ひかり）が合唱部時代に使っていたというピアノ譜も入っていた。 あくる日、朝顔が出勤すると、光子や高橋（中尾明慶）、藤堂（板尾創路）がいた。朝まで作業をしていたのだという。そこに、興雲大学の西門で移動販売をしているベーカリーショップ『ホワイトベーカリー』のアルバイト店員・北村愛菜（矢作穂香）がチラシを持ってやってくる。すると、突然落ち着き気がなくなる高橋。実は高橋は、ホワイトベーカリーの常連で、新商品が出ればいつも買っているらしい。 そんな中、朝顔たちのもとに、男性の遺体が運ばれてくる。男は清掃員で、配管のメンテナンス中にビル屋上から転落したとのことだったが、安全ベルトを自ら外したという目撃情報が上がるなど、どこか奇妙だった。 他の案件で立て込んでいたこともあり、解剖は朝顔のサポート下で、光子が行うことになった。ところがその執刀中、光子は誤ってメスで自身の指を傷つけてしまい……。
興雲大学法医学教室では、検事との打ち合わせがあった朝顔（上野樹里）を始め、光子（志田未来）や絵美（平岩紙）、藤堂（板尾創路）らもそれぞれ仕事に追われていた。そこに、パンの訪問販売をしている『ホワイトベーカリー』の店員・愛菜（矢作穂香）がやってくる。実は高橋（中尾明慶）は、来週、愛菜と食事に行く約束をしていた。 朝顔は、薬物の過剰摂取により中毒死した若い男性の遺体を解剖する。血液からは覚せい剤の成分が検出されたが、不純物が多いことからかなり粗悪な薬物を使用していたものと思われた。別の大学でも似たようなケースの解剖結果があったことから、朝顔は、解剖する遺体は可能な限り薬物検査をしようと高橋に伝える。 その夜、朝顔のもとに、入院中の祖父・浩之（柄本明）から連絡が入る。転院することになった浩之は、以前、朝顔に手渡した、里子（石田ひかり）のものかもしれない歯の検査結果を知りたがっていた。朝顔は、桑原（風間俊介）に電話して事情を伝え、つぐみ（加藤柚凪）を連れて浩之に会いに行くことにする。 あくる日、朝顔とつぐみは、駅まで車で迎えにきた平（時任三郎）とともに浩之が転院した病院へと向かう。だが平は、何故か以前浩之が入院していた病院に向かってしまった上、面会の予約日も間違えていた。病院側に調整してもらい、浩之に会うことができた朝顔は、歯を調べていないことを伝えるが……。 一方、桑原は、近くのトンネルで不気味な音がするとの通報を受け、巡回に行く。その場所では、しばらく前からお化けがでるという噂もあり……。
朝顔（上野樹里）たち興雲大学法医学教室のメンバーは、派遣要請を受け、長野で起きたトンネル崩落事故の現場に向かった。巡回中に事故に巻き込まれていた桑原（風間俊介）が無事だったことを知ってほっとしたのも束の間、忍（ともさかりえ）と一緒に留守番をしていたはずのつぐみ（加藤柚凪）が行方不明になったとの知らせが入る。 朝顔は、事故対策現場を光子（志田未来）や絵美（平岩紙）に任せて、桑原とともに万木家へと急いだ。万木家に到着した朝顔たちは、手分けしてつぐみの行方を探したが、見つからない。連絡を受けた野毛山署の森本（森本慎太郎）らも、仕事を終えるとつぐみの捜索に加わった。 一方、藤堂（板尾創路）は、バーで働いていたという若い男性・木嶋和樹の解剖を行う。死因は薬物の過剰摂取で、先日、朝顔が解剖した薬物中毒死の男性と全く同じ成分の覚せい剤が検出されていた。その際、木嶋の資料を見た牛島（望月歩）は、彼が働いていたバーに行ったことがあると言い出す。するとそこに、階段から転落したという20歳の女性の解剖依頼が入り……。
朝顔（上野樹里）たちは、覚せい剤の過剰摂取で死亡し、変わり果てた姿になった22歳の女性・松野紗英（依田ゆい）を、何とか元の姿に戻せないかと苦慮していた。するとそこに、興雲大学法医学教室を去った元教授の茶子（山口智子）が突然現れる。茶子は、若林昭信（大谷亮平）と一緒だった。実は若林は、遺体に防腐処理を施して生前に近い状態に戻すエンバーマーだった。茶子はヘッドハンティングされ、若林が興した会社のアシスタントエンバーマ―になったのだという。若林の会社は、エンバーミングだけでなく、大切な存在を失った人たちが抱える深い悲しみに寄り添う「グリーフケア」を目的としていた。エンバーミングには遺族の同意が必要になるため、朝顔は茶子とともに紗英の両親に会いに行く。母親の翠（黒沢あすか）は朝顔たちの提案に感謝するが、父親の武弘（住田隆）は家出した挙句、薬物中毒で死んだ娘のことが許せない様子で…。一方、高橋（中尾明慶）は、愛菜（矢作穂香）の髪の毛から、覚せい剤の陽性反応が出たことを朝顔に伝える。高橋とともに野毛山署を訪れ、強行犯係の山倉（戸次重幸）に検査結果の資料を提出する朝顔。山倉は、愛菜がかつて覚せい剤の売人をしていた男と交際していたことから、売買にも関わっていた可能性もあるとして、彼女の身柄を確保するよう忍（ともさかりえ）に指示し…。
朝顔（上野樹里）は、父親の平（時任三郎）と、もう一度きちんと話し合おうと決意する。平は、朝顔と電話で話した際に、明日病院へ行くと約束したが、翌朝になるともうその約束を覚えていなかったのだ。 一方、桑原（風間俊介）は、仕事や子育てに追われている朝顔を少しでも手助けしようと、休日のたびに長野から神奈川に戻っていた。同時に、神奈川県警への復帰を模索するが、話を聞いてもらえない桑原。事情を知った野毛山署強行犯係長の山倉（戸次重幸）は、個人的な相談だと前置きして、桑原を戻すために県警の人脈に当たってほしいと部下たちに頼んだ。 朝顔は、つぐみ（加藤柚凪）を連れて、平が暮らす仙ノ浦を訪れることに。朝顔が平と仙ノ浦で話すこととは…。そして、家族が久しぶりに集い、確かめ合う絆とは…。
朝顔（上野樹里）、桑原（風間俊介）、そして娘のつぐみ（加藤柚凪）は、仙ノ浦から戻り、また一緒に暮らすことになった平（時任三郎）と一家四人、水入らずで年末年始を過ごす。朝顔は、三が日明けに訪ねてくる桑原の両親や忍（ともさかりえ）一家を迎える準備も進めていた。 そんな折、朝顔のもとに茶子（山口智子）から連絡が入る。承諾解剖の相談だった。興雲大学法医学教室にやってきた茶子と若林（大谷亮平）は、今回の案件に関して朝顔たちに説明をする。遺体は猿渡正夫という65歳の男性。猿渡は、ヨーロッパのとある国のホテルで亡くなっていた。猿渡は、妻の佳織（美保純）、ひとり娘の優香（菅野莉央）と3人で暮らしていたが、突然姿を消し、家族から捜索願が出されていた。猿渡の遺体には首をつった痕跡があり、現地での解剖の結果、自殺と断定されていた。佳織たちは、若林らにエンバーミングのやり直しを依頼した際に、再解剖を希望したという。 佳織と優香から事情聴くと、再解剖を強く希望しているのは娘の優香だった。実は優香は、野毛山署強行犯係の刑事・森本（森本慎太郎）の学生時代の友人。森本は、父が自殺したことを信じられない優香に、再解剖という選択肢があると助言していた。 朝顔たちは、優香の依頼を受け、改めて猿渡の解剖を行うことにするが・・・。
朝顔（上野樹里）は、入院中だった祖父・浩之（柄本明）の容体が悪化したとの連絡を受け、岩手の病院へと駆けつける。朝顔は、浩之が目を覚ましたら、母のものである可能性があった歯の検査結果を伝えようと考えていた。だが浩之は目を覚まさず、裁判を控えていた朝顔は神奈川へ戻るしかなかった。 一方、神奈川県警に復帰した桑原（風間俊介）は、意外な男と再会する。それは、以前マンホールを盗んで捕まった今野（上島竜兵）だった。とんでもないものを見た、といってポケットからチラシを取り出す今野。それは、10年ほど前に発生し、いまだ未解決だった三田村一家殺人事件の情報提供を呼びかけるチラシだった。 この事件は、30代の三田村夫婦と、7歳の長男が自宅で何者かに殺害されたもので、すべての遺体の右頬が十字を描くように傷つけられていた。目撃情報などから、知人の市川という男が逮捕されたが、証拠不十分で不起訴になっていた。今野は、事件現場となった三田村家の近くで、チラシに描かれていた犯人の似顔絵とよく似た男を見たというのだ。 そんな中、思わぬ事件が起きる。いまも事件当時のまま保存されていた三田村家で、男性の遺体が見つかったのだ。そして、50代前後と思われるその男性も、同じような手口で殺害され、右頬には十字型の傷がつけられていた。遺体は、解剖のため興雲大学法医学教室に運ばれ……。
朝顔（上野樹里）は、娘のつぐみ（加藤柚凪）を手伝って、バレンタインデー用のチョコクッキーを焼く。保育園の男の子に渡したいらしい。それを知った桑原（風間俊介）は、まだ早すぎると怒り、平（時任三郎）を呆れさせる。テレビからは、震災以降、月命日のたびに捜索活動を行ってきた宮城県警と地元消防団の活動を紹介するニュースが流れていた。 そんな折、興雲大学法医学教室に生後8ヵ月の女児の解剖依頼が入る。母親の田崎直子（岡崎紗絵）によれば、食事の支度で目を離したわずかの間に意識がなくなっており、すぐに救急搬送したが間に合わなかったのだという。 朝顔たちによる解剖の結果、死因は気管にプラスチック製のおもちゃが詰まったことによる窒息死と判明する。野毛山署強行犯係の忍（ともさかりえ）や岡島（斉藤陽一郎）は、虐待の可能性はないのかと朝顔に尋ねた。直子はシングルマザーで、生活も楽ではなかったらしいが、いずれにせよ子どもが亡くなった場合は虐待の可能性を考慮しないわけにはいかないという。そして忍たちは、直子のようすがどこかおかしいと感じていた。朝顔や光子（志田未来）たちも、娘の死を悲しんでいるように見えない直子に困惑し……。
朝顔（上野樹里）は、平（時任三郎）、娘のつぐみ（加藤柚凪）とともに、祖父・浩之（柄本明）の葬儀に出席する。 一方、桑原（風間俊介）は、管理官の五十嵐（松角洋平）から、『三田村一家殺人事件』の捜査に関して、平の同期でもある糀谷（肥後克広）と組むよう指示される。 そんな折、朝顔の元に検視官の伊東純（三宅弘城）から、裏路地で女性の遺体が発見されたという連絡が入る。葬儀が落ち着いたところで遺体の発見現場へと向かう朝顔。遺体で発見された女性は、現場の目の前のマンションに住んでおり、マンションの屋上には遺書と女性の靴があったことから、飛び降り自殺ではないかと見られていた。だが朝顔は、マンションの反対側には開けた駐車場があるにも関わらず、なぜわざわざ狭く入り組んだ裏路地の方へ向かって飛び降りたのか不審を抱く。 遺体は興雲大学法医学教室に運ばれ、認定医の資格を取った光子（志田未来）の執刀により解剖が行われる。 同じころ、野毛山署には意外な人物が現れる。
朝顔（上野樹里）たちは、凶悪な事件に遭遇する――。 野毛山署強行犯係の森本（森本慎太郎）が“頬に火傷の跡がある男”に刺され、血まみれの状態で発見された。自宅でその知らせを受け、捜査本部へと向かう桑原（風間俊介）。刑事時代の最後の相棒だった森本が刺されたことに憤る平（時任三郎）も、事件現場に行きたいと朝顔に頼む。 山倉（戸次重幸）たち野毛山署の刑事たちは、森本が刺された現場周辺で犯人に繋がる痕跡を探していた。山倉は、朝顔とともに現場にやってきた平に、2011年に起きた三田村一家殺人事件と、その三田村邸で最近発生した男性殺害事件との関連性にも言及する。 一方、興雲大学法医学教室では、茶子（山口智子）の協力も得て、三田村一家殺人事件に関する当時の解剖資料や、関連した論文などを検証し直す。 桑原は、管理官の五十嵐（松角洋平）とともに、三田村一家殺人事件の容疑者として逮捕されたものの、証拠不十分で不起訴になった市川（平原テツ）から話を聞く。 ところがその矢先、森本を襲った“頬に火傷の跡がある男”が新たな凶行におよび……。
新春特別編!全編新撮にて、朝顔(上野樹里)と桑原(風間俊介)が初めて出会ってから恋人として付き合うまでのことや、朝顔がつぐみ(加藤柚凪)を身ごもってから生まれるまでのことなど、これまで描かれることのなかった朝顔、平(時任三郎)たちの宝物のような物語を、新春にふさわしい爽やかな涙とともにお送りする。 さらに、初めて執刀助手として解剖に臨んだ朝顔のエピソードも明かされる。 初めての執刀助手ということで緊張する朝顔たちのもとへ運ばれてきた遺体は、特殊造形の作家をしている男性で、第1発見者は小学2年生の男児だった。遺体は発見時、体中に砂糖がふりかけられているという異様な状況で、遺体の発見現場にあった砂糖ケースからは、なんと男児のものらしき指紋が検出されたという。この男児が一体、どう関わっているのか、刑事たちが測りかねている中、解剖の結果は…。 上野樹里、時任三郎、風間俊介、志田未来、中尾明慶、森本慎太郎(SixTONES)、藤原季節、斉藤陽一郎、坂ノ上茜、望月歩、宮本茉由、辰巳雄大(ふぉ～ゆ～)、加藤柚凪 ・ 大竹しのぶ(特別出演) ・ 戸次重幸、平岩紙 ・ ともさかりえ、三宅弘城、杉本哲太、板尾創路、山口智子、柄本明 他 【原作】 原作:香川まさひと、漫画:木村直巳、監修:佐藤喜宣『監察医 朝顔』(実業之日本社) 【脚本】 根本ノンジ 【音楽】 得田真裕 【主題歌】 折坂悠太『朝顔』(Less+ Project.) 【法医学監修】 上村公一(東京医科歯科大学) 【法歯学取材】 斉藤久子(千葉大学)、勝村聖子(鶴見大学) 【医療監修】 高田哲也、佐藤留美子(日吉メディカルクリニック) 【プロデュース】 金城綾香 【演出】 平野眞 阿部雅和 三橋利行
