Pierre Vieira and Silvia de Alisia are out on a mission in Arc City to find the reincarnation of the "Solar Wing", and their current target is an orphan named Apollo. However, Shadow Angels suddenly attack the town, and DEAVA sends out a Vector unit consisting of Sirius de Alisia, Glen Anderson and Hong Lihua to deal with the threat. When a Shadow Angel stronger than the others, known as a Cherubim, appear, can they hope to win? Also, how does Apollo relate to all this?
12.000 años después de su último enfrentamiento con la humanidad, los ángeles sombra vuelva a atacar las ciudades humanas y secuestrar a sus habitantes. Buscando la reencarnación de Apolonio, un ángel de la sombra que se volvió contra su propia especie para proteger a los seres humanos, Silvia de Alisia tiene un encuentro con Apolo , un huérfano imprudente y animal que de alguna manera se las arregla para desbloquear el verdadero potencial de mayor arma de la humanidad, el mecánico ángel Aquarion.
Nel futuro, la Terra è stata sconvolta da una "Grande Catastrofe" che ha devastato gran parte del pianeta e ha risvegliato gli Angeli delle Tenebre, creature alate che si nutrono del prana, ossia l'essenza vitale, degli esseri umani.