Yann, Raphaël, Emmanuel et Guillaume, quatre jeunes candidats à la prêtrise venus d'horizons très différents, font leur entrée au vénérable séminaire des Capucins, à Paris, laissant une première vie derrière eux. Un cinquième aspirant, José, tout juste sorti de prison, est bien décidé à entamer sa rédemption. Mais il constate avec dépit que son passé de délinquant lui ferme de nombreuses portes. Entre la fougue de leur jeunesse et la rigueur de leur engagement, les séminaristes vont être mis à l'épreuve quotidiennement. Au même moment, l'intransigeance du père Fromenger, supérieur des Capucins, le met en conflit avec la hiérarchie de l'Eglise de France...
Les Capucins sont en émoi après un acte de vandalisme perpétré sur une des statues du séminaire. Le méfait ayant été commis la nuit, alors que les lieux sont fermés au public, l'un des séminaristes pourrait-il être impliqué ? De son côté, monseigneur Roman, le chef de l'Eglise de France, est prêt à faire appel à Rome pour se venger du père Fromenger, son rival de longue date, qui refuse de modifier la date d'une manifestation. Alors que Guillaume s'inquiète pour sa mère et sa soeur, Raphaël se détache de l'entreprise familiale. Quant à Emmanuel, il ne sait pas comment agir pour que la vérité éclate...
L'enquête des envoyés du Vatican au séminaire des Capucins provoque tensions et questionnements. Pour leur part, les séminaristes suivent des cours de philosophie à l'université. Leur présence suscite une vive réaction chez certains de leurs condisciples. Raphaël tente de venir en aide à son frère, mais celui-ci ne semble guère enclin à l'écouter. Emmanuel, lui, n'est guère enthousiaste à l'idée de recevoir la visite inattendue de ses parents, de passage à Paris. Quant à Yann, il sympathise avec une étudiante de la faculté. Découvrant qu'il joue de la guitare, celle-ci lui demande de l'accompagner pour une audition...
Yann, Raphaël, Emmanuel, Guillaume et José partent pour les fêtes de Noël dans la commune de Saint-Palay. Sur place, ils réalisent rapidement que le prêtre local et sa communauté ne sont pas au diapason. De son côté, le père Bosco décide de se rendre en secret à Rome pour plaider la cause du père Fromenger. Lorsque Guillaume apprend que sa soeur est enceinte, il refuse de donner son accord à l'adolescente pour une interruption de grossesse...
Guillaume entraîne ses amis dans une action de secours au service d'un groupe de sans-logis africains sur le point d'être expulsés d'un squat. José et Raphaël sont arrêtés par la police alors qu'ils s'opposent au contrôle d'identité d'un de leurs protégés. Pour sa part, le père Bosco ne sait que penser de ce qu'il a vu dans le bureau de son supérieur. Pour en avoir le coeur net, il enquête sur la gestion du père Fromenger. Quant à Yann, il a finalement repris les répétitions avec Camille, qui doit prochainement se produire en concert. Ils sont accompagnés au clavier par un musicien qui joue sans finesse...
A la suite d'un drame familial, Raphaël se consacre à ses proches et délaisse ses amis, en plein doute sur leur engagement vis-à-vis des sans-abri. Tandis que les relations entre Guillaume et Emmanuel se révèlent ambigües, Yann s'interroge sur les motivations de son engagement. Par ailleurs, le père Bosco subit une série d'examens qui lui en apprennent davantage sur le mal dont il souffre. Quant au Vatican, il est en conflit avec la Chine au sujet de l'ordination d'un évêque...
Les récents événements ont affecté Raphaël, qui change radicalement de point de vue sur différents sujets. Bien que son ami soit revenu sur sa proposition de mettre à disposition des sans-abri un hôtel particulier appartenant à sa famille, José prépare le transfert de ces hommes, femmes et enfants sans papiers. Pour sa part, Yann, toujours en pleine remise en question, est de retour chez lui, en Bretagne. Ses proches s'étonnent de son comportement. Au Vatican, le père Fromenger retrouve Lao-Tsan, un ami et émissaire du gouvernement chinois. Il cherche un compromis pouvant satisfaire les deux parties...
Tout en suivant une lourde chimiothérapie, le père Bosco peine à imposer aux séminaristes des Capucins ses méthodes de formation, lesquelles, prônées par des recommandations du Vatican, font débat au sein de l’Église. Guillaume, surtout, vit mal le ton inquisiteur de ses “entretiens de discernement psycho-affectif ”. L’idéaliste Yann tente d’intercéder auprès du père Bosco pour une réintégration de José, désormais cloué dans un fauteuil roulant. De son côté, le peu confiant Mgr Poileaux fait ses premiers pas à la tête de la conférence des Évêques de France...
À l’occasion de la grande journée des Vocations, le père Bosco, soutenu par Raphaël, espère être consacré auprès de sa hiérarchie dans ses nouvelles missions. Fragilisé par sa chimiothérapie, il trouve de l’apaisement à l’hôpital, grâce aux soins de son infirmière, Zivka. Alors que Yann ne trouve pas la force d’annoncer à José que le père Bosco s’oppose à son retour, Guillaume, menacé de sanctions pour ivresse lors de la fête des nouveaux, voit sa cause plaidée par le brillant père Abel...
Alors que le père Bosco ne sait plus comment faire face à la douleur physique et à la peur de la mort, et que José tente de se réinventer une vie loin des Capucins, nos séminaristes font l’épreuve de la réalité du monde extérieur. Guillaume, tiraillé entre la chair et l’esprit, est bousculé par les pensionnaires du foyer Notre-Dame-du-Bon-Secours, et se convainc peu à peu de suivre les traces du charismatique père Abel.
Pour le père Bosco, qui cache un souvenir d’enfance douloureux, Noël n’est pas le moment de joie et de communion escompté par le père Abel, qui a le projet d’ouvrir le séminaire aux familles et amis des séminaristes. Guillaume, qui cherche à se rassurer sur sa vocation, invite les femmes enceintes du foyer à assister à la messe, mais l’une d’elles, Daphné, refuse la proposition et lui pose un cas de conscience.
Le père Valéry accompagne monseigneur Poileaux à Rome pour défendre son projet controversé de sauver l’Église de France de la faillite. Raphaël, qui en a découvert la nature exacte, doit se taire et se retrouve dans une situation délicate. Malgré le froid qui règne aux Capucins, les séminaristes préparent un concours d’homélies, mais Yann est préoccupé par la présence à Paris de Fabienne. José remet en cause la légitimité de sa présence au séminaire, et Guillaume fait une rencontre qui le déstabilise...
Face aux soupçons d’Abel sur son homosexualité, Guillaume songe à quitter le séminaire. Yann est d’autant plus déçu par la proposition du père Sanchez d’écarter les collégiens de Saint-Stanislas du concert aux Bernardins que le père Abel, dont le masque tombe désormais, ne le soutient pas. Raphaël est appelé en catastrophe pour porter secours à sa belle-soeur. José affronte un dilemme lié à un passé qu’il croyait derrière lui.
Aux Capucins, où l’ambiance est morose, Guillaume photographie une dernière fois ses amis et les Pères, tandis que Yann tente de se dérober au "rentre-dedans" de Fabienne. José, dont l’avenir est incertain, songe à entrer dans un monastère et Raphaël se révolte contre la nouvelle mission que lui confie le Père Soubiran. À la Conférence des Évêques, le vote qui pourrait sauver l’Église est imminent et Monseigneur Poileaux organise les conditions de sa victoire...
Le père Bosco, malgré l’admiration que son acte de rébellion a suscité aux Capucins, ne sait comment accompagner ses séminaristes dans l’épreuve que tous s’apprêtent à traverser, et entame un bras de fer symbolique avec Mgr Poileaux. Tandis que Yann, Guillaume et José tentent tant bien que mal d’envisager un avenir pour leur vocation, Raphaël fait à nouveau l’expérience douloureuse de l’exercice du pouvoir. Aux Capucins, à mesure que la fin approche, chacun est contraint de regarder en face ce qu’il est venu chercher en ces lieux.
José, Guillaume et Yann s'apprêtent à assumer le sacerdoce pour lequel ils se sont préparés. Mais leurs affectations leur réservent des déceptions. À Paris, Mgr Poileaux va quitter ses fonctions de président de la Conférence des évêques de France, et retrouver sa paroisse à Limoges. C'est sans compter sur l'arrivée inopinée du père Fromenger.
Yann, affecté en Bretagne, tente d'alerter son évêque sur un terrible secret. En région parisienne, Guillaume doit supporter la pénitence que son supérieur, le père Chalumeau, lui impose, tandis que José, en fauteuil roulant, prépare son ordination à Toulouse, et vit mal sa dépendance vis-à-vis de ses futurs paroissiens. Mgr Poileaux, de son côté, tente de se dérober aux plans que le père Fromenger a échafaudés pour son avenir.
Guillaume s'est vu confier une mission humiliante, qui va se révéler bouleversante. Yann, brutalement sanctionné par son évêque pour avoir privilégié la sécurité des enfants, s'apprête à quitter sa paroisse. Par l'intermédiaire d'Élie, José fait la connaissance de Tom, un jeune délinquant dont la révolte l'émeut. Dans le même temps, le père Fromenger arrache à Mgr Poileaux une promesse potentiellement lourde de conséquences. Tous vont se trouver réunis à la suite d'un événement dramatique.
Yann doit faire face à la défiance de la mairie qui, suite au récent drame, ne veut plus prêter ses locaux à la paroisse, tandis que l’arrivée de Tom auprès de José ne se fait pas sans conflits. Guillaume apprend que l’église dont il s’occupe va être détruite. À la Conférence des évêques de France, Monseigneur Poileaux a du mal à concilier les obligations de sa fin de mandat avec la mission secrète que le père Fromenger lui a confiée.
Un conflit éclate entre Yann et ses paroissiens lorsqu’ils apprennent que l’un des leurs a été entendu par la police dans l’affaire Valliers. José, quant à lui, cherche à imposer Tom de force à Jeanne et au conseil paroissial. Parallèlement, une surprise embarrassante attend Guillaume dans l’église abandonnée. De son côté, Monseigneur Poileaux se rend au Vatican pour accomplir sa mission.
Yann est venu chercher refuge chez José qui trouve enfin le moyen de donner une chance à Tom de s’intégrer dans sa communauté. Guillaume, profitant de ce que son supérieur est souffrant, se voit enfin confier la conduite d’une messe. Est-il à la hauteur ? À la Conférence des évêques de France, juste avant de rendre son siège, Monseigneur Poileaux cherche un dernier geste important à accomplir.
Mis à l’amende par le père Chalumeau, Guillaume demande le soutien de ses amis pour préparer sa convocation chez l’évêque de son diocèse. José prend la défense de Tom, confronté à une lourde accusation de la part des paroissiens. Le père Abel, qui a fait le ménage autour de lui, prépare le mandat de monseigneur De Virieux à la tête de la Conférence des évêques de France. Monseigneur Poileaux retrouve les salons feutrés du Vatican pour un événement d’importance.
Tandis que Guillaume prépare une dernière messe avant la destruction de l’église, Yann doit prendre une décision concernant son avenir à Plugneaux. Désormais sans attache, le père Bosco vient au secours d’Antonietta, en pleine rechute. Il trouve sur sa route le père Abel. Quant à monseigneur Poileaux, dégagé de ses obligations, il se questionne sur l’avenir de l’Église.
