ベルダンディーが螢一の元にきて、３度目の春がやって来たある日、月である異変が起こっていた。 ある事件が元で天上界から月に幽閉されていたある人物を脱獄させる為に心同じくするものが手引きをして脱獄させていたのだ・・・・そんな事は、地上界にいるベルダンディー達にはまだ知らされていなかった。
It has been three spring-times since Belldandy came to Earth to grant Keiichi one wish. Things seem to be fine with them while living in the temple with Belldandy's sisters Urd and Skuld, but little do they know that a fallen god from Belldandy's past has escaped from his lunar prison. He has plans for everyone which do not include what the goddess and her human lover wanted for themselves.
Trois années se sont écoulées depuis que la déesse Belldandy et ses deux soeurs sont entrées dans la vie de Keiichi Morisato, le jeune étudiant. En cette nouvelle rentrée universitaire Celestin, l’ancien mentor de Belldandy, fait son apparition. Il vient demander à Belldandy de l’aider à bâtir un nouveau monde. Mais suite à un malentendu, il lui fait perdre la mémoire et propage un virus qui ravage le réseau informatique céleste, menaçant le monde entier ! Pour couronner le tout, la belle Morgan, une nouvelle recrue du club de mécanique, tente de séduire Keiichi…
