佐天の情報と、初春のパソコンに残された手がかりから、美琴は第二学区にある食蜂のアジトを突き止め、ついに彼女と対峙する。しかし食蜂の口から聞かされたのは意外な事実だった。御坂妹は彼女が保護していること、美琴の排除と『妹達（シスターズ）』の捜索をしている勢力があること、そして 『絶対能力進化（レベル６シフト）』計画の提唱者である木原幻生こそが今回の事件の黒幕であること――。ふたりの『超能力者（レベル５）』は、つかの間の協力関係を築き、幻生のもとへと向かう――！
With the assistance of her friends, Mikoto identifies the location from the website data that Uiharu recovered. Upon arriving at the location, Mikoto finds Shokuho waiting for her, and reveals her side of the events that have led up to this point.
Entre le site camouflé découvert par Uiharu et les souvenirs du chat, l'affaire se referme autour de Shokuhô, la manipulatrice des mémoires. Cette dernière semble détenir la clé du kidnapping du clone de Mikasa : des explications entre les deux Niveaux 5 s'imposent.
Durch die Wiederherstellung der Daten erfährt Misaka von Shokuhous möglichem Unterschlupf. Auf dem Weg zu diesem fängt Shokuhou sie allerdings ab, bei welcher Gelegenheit Misaka sie zur Rede stellt. Kuroko und Saten verfolgen derweil weiter die Spur der mysteriösen Unbekannten, die Uiharu und Misakas Mutter als Geisel genommen hatte. Kurze Zeit später wacht Uiharu verwirrt im Ruheraum der Judgment-Zweigstelle auf.
사텐의 정보와 우이하루의 컴퓨터에 남아있던 단서로부터 미코토는 제2학구에 있는 쇼쿠호의 아지트를 알아내고 드디어 쇼쿠호와 대면한다. 하지만 쇼쿠호가 말한 것은 의외의 사실이었다. 미사카 동생은 그녀가 보호하고 있으며, 미코토를 제거하고 '시스터즈'를 수색하고 있는 세력이 따로 있다고 말하는 쇼쿠호. 그리고 '레벨 6 시프트' 계획의 제창자인 키하라 겐세이야 말로 이번 사건의 흑막이라고 말한다. '레벨 5'인 두 사람은 잠깐 동안 협력하기로 하고 겐세이가 있는 곳으로 향하는데.
Con l'aiuto delle sue amiche, Mikoto identifica il luogo dal sito che Uiharu aveva trovato. Arrivata sul posto, Mikoto trova Shokuho ad aspettarla, che le rivela la verità dietro alle sue azioni
美琴和食蜂没有直接吵起来的原因：美琴察觉到肥胖少年（马场芳郎）与护士服少女（警策看取）和食蜂不是一伙儿的，甚至倒不如说食蜂也是他们的敌人；此外，美琴还有很多情报要问食蜂，时间紧于是先上车。
关于御坂妹妹的事情，食蜂操祈是恰恰碰到了晕倒的御坂妹妹，而为了帮助对方，她才带走御坂妹妹的。而且，由于御坂妹妹的网络是连接在一起的，为了保护其他御坂妹妹的安全，她还加了一道类似防火墙的东西。也就是说，食蜂操祈对御坂妹妹的所作所为，都是为了帮助对方。那食蜂操祈为什么要这样付出呢？这也和她以前的经历有关。
食蜂指出的幕后真凶【木原幻生】，是木原一族的长辈，超能力方面有关Level 6的研究的元老，同时也是前面一方通行参与的Level 6进化计划的提出者。他是炮1里面泰瑞丝缇娜·木原·莱夫雷恩（驱动铠嚣张眼镜女）的爷爷，用了自己的孙女做体晶实验。
在御坂美琴的回忆中，进行Level 6进化计划中的一方通行穿的衣服可能是作画失误的Bug，正确的装束应该是黑底白条纹T恤，且不应该装配有御坂网络的电极。到目前为止，美琴只在妹妹篇见过一方通行。
Mikoto rastrea a Misaki, quien revela que había escondido a Misaka 10032 para mantenerla a salvo del grupo que persigue a las Hermanas para acceder a la Red Misaka. Además, revela que el hombre detrás de esto es Gensei Kihara, quien fue el defensor del Proyecto de Cambio de Nivel 6 y el peor enemigo de Misaki.
