Accelerator und die übrigen Mitglieder von GROUP räumen weiter in den Schatten der Bildungsstadt auf. Als eine terroristische Gruppierung, die sich Spark Signal nennt, damit droht, den größten Teilchenbeschleuniger der Welt in die Luft zu jagen, greifen sie ein. Doch als sie Spark Signals Forderungen hören, beginnen sie ihre Befehle zu hinterfragen.
Accelerator and the other members of GROUP are assigned to eliminate the members of Spark Signal, a terrorist group which has taken hostages. Hamazura and Kinuhata find themselves on the run when they defy the city's higher-ups.
Le conflit en Angleterre achevé, retour à la Cité académique auprès des membres de Group. Accelerator a pour mission de démanteler un nouveau groupe émergent nommé Spark Signal.
晩のおかずの煮込みハンバーグに野菜炒めへの挑戦。メイドの真贋談義と再会した昔なじみとの語らい。過ごしていたそれぞれの日常の、すぐ隣に横たわる『闇』へと呼び戻された『グループ』は、新たな任務――世界最大の粒子加速装置と子供たちを盾にした武装テロリスト『迎電部隊（スパークシグナル）』の排除に向かう。そこで彼らが耳にした意外な言葉は、今後の戦いの困難さを思い知らせるものだった。一方、浜面と絹旗は入院した滝壺を見舞っていた。麦野の脱落で事実上『アイテム』は瓦解。別組織への再編成を待つ絹旗とは対照的に、浜面はバニーガールへの並々ならぬこだわりを主張しつつも、滝壺の送るべき平和な未来について頭を悩ませていた。そんな彼らを、終わったはずの暗部抗争の余波が襲う――！
학원도시 암부에 존재하는 ‘그룹’ 구성원들에게 아이들을 인질로 잡고 협박하는 ‘스파크 시그널’이란 테러리스트들을 처리하라는 명령이 떨어진다. 한편, 와해됐던 ‘아이템’의 구성원인 키누하타는 각 조직의 살아남은 세력들과 새 팀을 만들라는 명령을 받는데…
Junto de Accelerator, Tsuchimikado e os membros da GROUP precisam cumprir ordens para inibir terroristas, mas durante as missões voltam a ouvir falar sobre o grupo DRAGON e um certo envolvimento de pessoas de alto escalão que parecem querer apagar os rastros que levem a mais informações.
在經歷學園都市暗部之間的激戰後，暗部組織「集團」成員回歸到任務與日常交錯的生活中。有一天，「集團」的全體成員收到學園都市統括理事會的命令集合，任務內容為殲滅挾持孩童做為人質、威脅要引爆位在學園都市地底深處的超大型粒子加速裝置的恐怖分子「迎電部隊」。任務在集團成員的合作之下順利解決，然而過程之中，他們意外發現了學園都市最高機密、代號為「龍」的暗部的相關情報…。
Ad Accelerator e agli altri membri del GROUP viene assegnato il compito di fermare Spark Signal, un gruppo terroristico che ha preso degli ostaggi. Hamazura e Kinuhata si ritrovano in fuga quando sfidano i vertici della città.
GROUP tiene la tarea de eliminar un grupo llamado 'Spark Signal'. Shiage visita a Rikō y Saiai Kinuhata en una habitación privada, y este último le informa más tarde sobre unirse a un nuevo equipo que constaba de miembros difuntos de ITEM, SCHOOL, BLOCK y MEMBER. Accelerator salva a un grupo de niños retenidos como rehenes por Spark Signal en una instalación subterránea de aceleradores de partículas y se molesta con la demanda de los terroristas de revelar toda la información relacionada con DRAGON.
