万町署が統廃合される話が浮上し、円（橋本環奈）が署員たちの行く末を案じていると、身代金5億円の人質事件が発生。人質となったのはハッキングによって抜き取られた万町署の機密データ。タイムリミットは今夜0時——、現場となった万町署には捜査本部が設置され、捜査の指揮をとるため、警視庁から日下部管理官（浅利陽介）がやって来る。日下部は円と顔見知りのようだが、円は何やら警戒している様子。その姿を見た湯川（沢村一樹）たち刑事課のメンバーは、2人の関係が気になる。 すると、捜査に所轄の力を貸してほしいと、日下部が刑事課に直々にやって来る。万町署内にリストラのうわさが飛び交っていたこともあり、手柄を立てたいさゆり（松本まりか）と中西（徳重聡）は喜んで捜査に加わろうとするが、円はなぜかそれを阻止しようと必死に。日下部は、そんな円をあざ笑うかのように、湯川たちの前で円の隠された過去を明かす。そのうえ、捜査本部の運営費用がすべて所轄に計上されるのをいいことに、日下部は万町署の予算を湯水のごとく使い始める。 捜査が進展しないまま、いたずらに予算を使い、経費ばかり膨らむ状況に業を煮やした円は、本庁より先に犯人にたどり着くべく、湯川班とともに独自に捜査を進めることになるが…。