ドーナツを食べる青年・晴人（白石隼也）のもとにプラモンスター・ガルーダが飛来した。 「見つけたのか…」。 晴人は「コネクト」指輪をバックルにかざし、魔法陣を浮かび上がらせると腕を入れてマシンウィンガーを引っ張り出した。颯爽とまたがるとガルーダを案内役にどこかへと走り去っていき…。
魔力をたくさん使った晴人（白石隼也）は遅いお目覚め。輪島（小倉久寛）が作った新たなリング「スリープ」を試してみるものの、実は敵を眠らせるリングではなく自分が眠ってしまうもので、晴人はコヨミ（奥仲真琴）らの前で再び深い眠りに落ちてしまう。
手から炎を出す“魔法”を身につけたと大喜びする瞬平（戸塚純貴）。子供たちの前で“魔法”を披露していると、テレビ番組の司会者だという田島（金剛地武志）から声をかけられる。さっそくその場での取材に応えて、何度も指先から炎を出す瞬平。田島はそんな瞬平に生放送の番組への出演を依頼。有頂天になった瞬平も快諾する。
ある朝。コヨミ（奥仲麻琴）に「プリーズ」のリングをはめさせ、ウィザードライバーに手をかざし魔力を注入する晴人（白石隼也）。そこへやってきた凛子（高山侑子）は、見てはいけないものを見たような思いにとらわれながらも、晴人に何をやっていたのか聞いてみるが、なんとなく話をごまかされて…。
ケットシーとの戦いの最中に魔力切れとなってしまったウィザード。なんとかとどめを刺そうとするが、変身を解除し晴人（白石隼也）に戻ってしまう。力を失った晴人はケットシーの一撃に吹っ飛ぶが、やる気をなくしたケットシーになんとか救われる。
いつものようにドーナツ屋にやってきた晴人（白石隼也）は、腕に大量のパワーストーンを付けている店員（田谷野亮）の姿にびっくり。店長（KABA.ちゃん）によると、超可愛いパワーストーンの販売員に恋をしてしまい、大量に購入したとか。
愛美（松本若菜）が詐欺師とわかり、瞬平（戸塚純貴）、輪島（小倉久寛）、そしてドーナツ店の店員（田谷野亮）が嘆き悲しむ一方で、晴人（白石隼也）らは愛美の行方を追うのだがなかなか見つけることができない。
「面影堂」に見慣れない白いガルーダが飛び込んできた。捕まえようと大騒ぎする晴人（白石隼也）らだったが、巧みにかわすと何やら小さな箱を残して飛び去っていく。開けてみると中から赤い魔宝石が。その途端、今までベルトにかざしても反応しなかった指輪がにわかに反応した。用途不明の謎の指輪と関係があるのか。輪島（小倉久寛）はさっそくその魔宝石で指輪を作ることにするが、コヨミ（奥仲麻琴）は「なんだか嫌な感じがする」と不安を口にする。
フェニックスのとどめの一撃を浴び、川へと沈んでいくウィザード。変身も解除された晴人（白石隼也）は、意識を失ったまま、深く沈んでいくが、そのとき晴人の意識の中に咆哮するドラゴンがフラッシュバックする。その瞬間、晴人の目がカッと見開き…。
ウィザードに倒されたはずの幹部ファントム、フェニックスが甦った。フェニックスはその名のとおり、死と再生を繰り返す不死身の体をもつファントム。 「アイツを倒すまで何度でも甦ってやる…」。 フェニックスはユウゴ（篤海）の姿で怒りに顔をゆがませる。
かつて国家安全局0課で木崎（川野直輝）とコンビを組んでいた父・片山（四方堂亘）が命を落とした場所を見たかった、と外出し、ファントムのガーゴイルに襲われてしまった直己（桑代貴明）。心配する晴人（白石隼也）をよそに、木崎は「いつまでも化け物のところに置いておけるか」と直己を連れ去ってしまう。
国家安全局0課の木崎（川野直輝）から預かった緑の魔宝石を使った指輪が完成した。しかも今回は2つも。一見、ドラゴンの力を引き出す指輪と形状が似ているが、やはりウィザードの新たなパワーを生み出す作用があるのだろうか。
ヴァルキリーに連れ去られそうになった瞬平（戸塚純貴）をなんとか救出したウィザードだったが、その隙にヴァルキリーには逃げられてしまう。
気晴らしにとコヨミ（奥仲麻琴）をショッピングへと連れ出した晴人（白石隼也）。そんな2人のもとに、またもや見慣れぬ使い魔＝プラモンスターが現れた。誘われるままに、晴人とコヨミはプラモンスターの後をついていく。
「千鶴ちゃん（鉢嶺杏奈）がゲートってことか」 ウィザードはメデューサの攻撃を阻止し、千鶴を逃がすことに成功するが、メデューサは余裕を見せながらリザードマンとともに姿を消す。 千鶴がファントムから守ろうと必死になっている悟史（植田圭輔）がファントムのリザードマンで、その千鶴こそがファントムに狙われるゲートとは…。皮肉な運命に苦悩する晴人に対して、ミサ（中山絵梨奈）はその立場を利用して千鶴を絶望させろと悟史に命令する。
コヨミ（奥仲麻琴）を連れて、青い魔宝石を手に入れた場所を探しに森へとやってきた晴人（白石隼也）。しかし、同じ場所をグルグルと回っているだけで一向に見つからない。どうやら簡単にはたどりつけないらしい…。
ミサ（中山絵梨奈）がまたも一人の男に目を留めた。大きな荷物を背負い、「マジでやばい」と口走るとなぜかバッタリと倒れてしまったその男。ゲートか、と思ったそのとき、ミサとユウゴ（篤海）の前にワイズマンが現れる。ミサ自らが出動しようとするが、ワイズマンは新たなファントム、マンティコアが最適という選択をする。
ビーストの力でマンティコアの毒を消すことに成功。すっかり元気になった晴人（白石隼也）だが、コヨミ（奥仲麻琴）はビースト＝仁藤（永瀬匡）が本当に味方なのか信じられない。凛子（高山侑子）は仁藤について調べてはみるものの、何もわからず仕舞い。わかっていることといえば、マヨネーズが好き、ということぐらいで…。
ゲートの及川（池田政典）をめぐって三つ巴の戦いを繰り広げるウィザード、ビースト、そしてファントムのヒドラ。どうにも決着がつかず苛立ったビーストはファルコマントに変身すると、及川をさらって飛び去ってしまう。
激しい暴風雨に吹き飛ばされそうになりながら、晴人（白石隼也）へのライバル意識を燃やす仁藤（永瀬匡）。屋台でラーメンにマヨネーズをかけながらグリフォンを使ってファントム探しを開始。「今度こそお前に勝つ」と気合いを入れる。
フレイムドラゴンとなっての必殺技もベルゼバブの空間歪曲能力によって、自らが浴びることになってしまったウィザード。ついに変身を解除、晴人（白石隼也）はその場に倒れ込み、動けなくなってしまう。高笑いのベルゼバブはゆっくりと晴人に近づき、とどめを刺そうとするが、その時強烈な攻撃を浴びてしまう。
凛子（高山侑子）の「やりたいことやれば？」という言葉に目覚めてしまったユウゴ（篤海）＝フェニックス。ワイズマン（声・古川登志夫）と決別し、思うがままに暴れてやる。あふれんばかりの魔力を放出するフェニックスに、凛子は瀕死の重傷を負う。
フェニックスの大きく広げた炎の羽から放たれた攻撃に圧倒されるウィザード。ドラゴンスタイルからの必殺技も通用せず、もはやこれまでか、と思われたが、そこへビーストが飛び込んできた。俺に食わせろ、とフェニックスに向かっていくビーストに助けられる形となったウィザードは、傷ついた凛子（高山侑子）を救出。自らも危機を脱出する。ただ、ビーストは魔力のパワー不足もあり、フェニックスにあっけなく蹴散らされてしまうのだが…。
いつものようにドーナツ屋へとやってきた晴人（白石隼也）と瞬平（戸塚純貴）。ふと見ると、何やらおめかしし、ご機嫌の仁藤（永瀬匡）が。店長（KABA.ちゃん）によると、なんと凛子（高山侑子）と待ち合わせだとか。凛子からのデートのお誘い、と思い込み、ウキウキの仁藤。しかし、現れた凛子は仁藤に一人の老婆を紹介する。 「ば、ばーちゃん！」。 なんとその老婆は仁藤の祖母・敏江（山口果林）だった。
人質にとった瞬平（戸塚純貴）の身柄と交換に、仁藤（永瀬匡）の祖母でゲートの敏江（山口果林）を差し出せ、と要求するグレムリンとワータイガー。瞬平か、敏江か、どちらかを選べるわけがない。晴人（白石隼也）や凛子（高山侑子）は怒りを露にするが、自らがファントムになって仁藤＝ビーストのエサに、という敏江は自分の身を差し出せと訴える。
ファントムが現れず、一人愚痴る仁藤（永瀬匡）の前にかわいい女子高生が現れた。だらしなくやに下がる仁藤と目が合い、女子高生は逃げるように去っていくが、仁藤はふとあることを思い出す。以前、自分を騙した女ファントム、ミサ（中山絵梨奈）だ！なんで女子高生の格好なんだ？と首をかしげながらも、チャンスとばかり後を追う仁藤だが…。
「会えてうれしかったわ…真由」。 ウィザードとビーストを一蹴したメデューサは変身を解除。ミサ（中山絵梨奈）は悠然と真由（中山絵梨奈＝二役）に近づいていく。そんなミサに姉の美紗の姿を重ね合わせ、喜びのあまり、思わずミサに近付こうとする真由。「あれはファントムよ」という凛子（高山侑子）の制止すら振り切ろうとするが、ミサは姿を消してしまう。
メデューサ＝ミサ（中山絵梨奈）の双子の妹・真由（中山絵梨奈＝二役）も晴人（白石隼也）と同じ魔法使いになる資格を持った人間だった。魔法使いにするため、真由を連れ去った白い魔法使いは何を考えているのか。一抹の不安を抱く晴人とコヨミ（奥仲麻琴）だが、それはファントムのミサも同じ。しかし、ワイズマン（声・古川登志夫）は「構うことはない」と、ミサにこれまで通りの行動を指示する。
ウィザードがドラゴタイマーを発動し、グレムリン、スプリガン、グールの攻撃に対応。なんとかゲートの中本（有薗芳記）を守りきることに成功。しかし、仁藤（永瀬匡）のビーストリング、ドライバーは奪われたまま。どこにあるのかもわからない。
ソラ（前山剛久）が、強力な結界を断ち切り、鎖でつながれていたファントム、レギオンこと内藤（村田充）を解放した。レギオンは欲望のままに人間を襲うファントム。放っておけば、大事なゲートまでもが失われてしまう。さすがに動揺の色を隠せないワイズマンに、ミサ（中山絵梨奈）はレギオンの活動を阻止することを誓う。 しかし、内藤は早くも人間を襲い始めていた…。
ファントムのレギオンにアンダーワールドに侵入され、ドラゴンを倒されたウィザード。変身を解除した晴人（白石隼也）は、ウィザードライバーを失い「ドラゴンが…俺の魔力が…消えた…」とうめきながら意識を失ってしまう。
仁藤（永瀬匡）が高校時代の親友・土屋（松澤傑）と偶然再会した。その土屋の招きに応じて“自宅”にやってくると、なんとそこは手作りの小屋。中には高価なギターがずらりと並んでいるが、そのギターを購入するためにアパートを引き払ってしまったのだという。趣味のためなら家なんて…、と破天荒な土屋にどこかうれしくなる仁藤。しかも土屋は最近、日給100万円というアルバイトを見つけて面接に行くという。 「世界中のギターを買い占められる！」。 大はしゃぎの土屋を前に仁藤は…。
仁藤（永瀬匡）の親友・土屋（松澤傑）は「友情の証」とギターのピックを仁藤に渡して東京を去ると、他のゲートたちも東京を離れていった。ファントムのボギーも粉砕、これで6人のゲートがファントムに襲われる心配もなくなった。晴人（白石隼也）らもホッと胸をなで下ろす。
面影堂は今日も大騒ぎ。輪島（小倉久寛）が貼っているポスターに、そして仁藤（永瀬匡）と瞬平（戸塚純貴）が奪い合っている雑誌の表紙にも、共通するのはモデルの千明（新木優子）。どうやら知らない人はいないくらいに人気らしい。デレデレしている男性陣にコヨミ（奥仲真琴）も呆れ顔。
ファントム、アルゴスに襲われた人気モデルの千明（新木優子）を身を挺して守ったソラ（前山剛久）。そのまま湖に落ちたソラをウィザードは自ら湖に飛び込んで救出。結果的にはファントムを助けた晴人（白石隼也）だが、ソラが本当に人間の心を持ったままなら…。晴人は複雑な思いに揺れる。
「ファントムを生み出して体が残るなんてあり得ないよ」。 そんなソラ（前山剛久）の言葉が真実だとしたら、コヨミ（奥仲麻琴）の存在は…？ 輪島（小倉久寛）に相談しても明確な答えを得られなかった晴人（白石隼也）は、かつてコヨミとさまよった森へと再び入っていく。
放火事件の容疑者とはいえ、逮捕させるわけにはいかない。ゲートの根本（平田実）を守るため、瞬平（戸塚純貴）はパトカーを奪って逃走。根本を逮捕しようと乗り込んできた凛子をも乗せて車を走らせる。
痛めた右ヒザをかばいつつ、セレクションへ向けてサッカーの練習をする和也（岸田タツヤ）。心配する恋人の直美（大谷澪）に好調をアピールするが、そんな2人の前にファントム、バハムートが現れた。
謎の男から指輪の制作を依頼された輪島（小倉久寛）だが、自分は晴人（白石隼也）の力になる指輪以外は作らない、と拒否。しかし、男は今回の指輪を作ることは晴人のためにもなる、という。言葉を失う輪島は、去っていく男に「何者なんだ？」と聞くが、ただ一言「笛木、とでも呼んでもらおうか」と言い残して「面影堂」を後にする。
1年前、笛木（池田成志）に言われるがままに指輪を作ってしまっていた輪島（小倉久寛）。今回もその“過ち”を繰り返してしまったと晴人（白石隼也）、コヨミ（奥仲麻琴）の前で頭を下げるが、人の命がかかっていると言われれば仕方がない。それよりも笛木は何を企んでいるのか。晴人は笛木を探し出し、直接確かめようとする。
「この手で倒してみせる…お姉ちゃんの命を奪ったあなたを！」。 真由（中山絵梨奈）は新たな魔法使い、仮面ライダーメイジに変身。怒りと共にミサ（中山絵梨奈＝二役）に突っ込んでいく。対するミサもメデューサに変身、激しい戦いを繰り広げる。
何者かによって荒らされた部屋から、国安ゼロ課の木崎（川野直輝）が忽然と姿を消してしまった。パソコンも破壊された部屋には血で汚れた木崎の眼鏡が。笛木（池田成志）＝白い魔法使いの仕業か。木崎に笛木探しを依頼していた晴人（白石隼也）は責任を感じる。
ゲートの作家・西園寺（須永慶）が10年間探していた少女、その名はコヨミ（奥仲麻琴）だった。名前だけでなく、はかなげな雰囲気からして間違いないと確信する西園寺。少女が落としていったというおもちゃの指輪を見せるが、コヨミは何も思い出すことが出来ない。
幼いコヨミが「パパ」と呼んで近寄った相手は、なんと笛木（池田成志）だった。 人気作家・西園寺のアンダーワールドで衝撃の事実を目撃した晴人（白石隼也）は、深い迷宮の森へと迷いこんでしまう。 なぜ、笛木はコヨミ（奥仲麻琴）を自分に預けたのか？そして、笛木＝白い魔法使いはなぜ強引に譲を連れ去り、ゼロ課の木崎（川野直輝）を襲ったのか？ 白い魔法使いは味方ではなかったのか…？
ファントム、セイレーンとの戦いを放棄し、白い魔法使いの使い魔ケルベロスの後を追ってしまったウィザード。そんな身勝手な行動に口をとがらせる仁藤（永瀬匡）に頭を下げる晴人（白石隼也）だったが、白い魔法使い＝笛木（池田成志）がコヨミ（奥仲麻琴）の父親なのか確かめたいがために、譲（相馬眞太）のことも自分に任せて欲しいと告げる。
コヨミ（奥仲麻琴）が笑顔で「面影堂」の店先に戻ってきた。喜ぶ仁藤（永瀬匡）、瞬平（戸塚純貴）らだったが、実はひび割れて痛む手を手袋で隠し我慢しているだけ。一向に良くならない状態に、晴人（白石隼也）の不安は消えることはない。
なすすべもなくコヨミ（奥仲麻琴）を笛木（池田成志）に連れ去られてしまった晴人（白石隼也）。「面影堂」に戻り、仁藤（永瀬匡）らにすべてを報告、笛木＝白い魔法使いがコヨミの父親であることを初めて明らかにする。父親ならコヨミを大切にするはず、と笛木を信じる晴人だが、仁藤は納得できない。それでも今はどうすることもできないと、ゲートの山本（川口真五）を守ろうと切り替える。
ワイズマンの正体は白い魔法使い＝笛木（池田成志）だった。ミサ（中山絵梨奈）＝メデューサを消し去った白い魔法使いは、ファントムを抑え込んだ山本（川口真五）に近づくと、「お前は魔法使いになる資格を得た」と強引に連れ去ってしまう。
山本（川口真五）は、晴人（白石隼也）の目の前で魔法使い＝メイジに変身。笛木（池田成志）に操られるように晴人に襲いかかる。仕方なく晴人もウィザードに変身。メイジに立ち向かうが、山本を傷つけるわけにはいかないので力を出し切れない。対するメイジの力はウィザードと同等に進化。次第にウィザードは追い詰められていく。
「俺が最後の希望だ」。 サバトを阻止された白い魔法使いの前に現れた晴人（白石隼也）。なおもサバトを開くことに執念を見せる白い魔法使いの前でウィザードに変身。違う方法でコヨミ（奥仲麻琴）を救うと戦いを挑むが、白い魔法使いの力にかなうはずもなく、強烈な一撃に変身を解除。白い魔法使いは「お前ではコヨミを救えん」と、コヨミとともに消え去ってしまう。
コヨミ（奥仲麻琴）から「賢者の石」を奪い取ることに成功したグレムリン。傷つき、よろめきながらも、「石」を自らの身体の中へと埋め込むと、新たなパワーを得て生まれ変わる。野望達成へと大きく近づいたグレムリン。喜びのあまり笑いが止まらなくなる。
旅の途中、バイクを止めてドーナツを口にする晴人（白石隼也）の耳に「たすけて…」という子供の声が響いてきた。いったい、どこから？周囲を探し回る晴人は、大きな魔宝石を発見。思わず手に取り、のぞいてみると助けを求める子供たちの影が。次の瞬間、魔宝石は大きく膨れ上がると、晴人を飲み込んでしまった。
怪人たちを倒し、ホッとしたのもつかの間、突如現れたアマダム（田口トモロヲ）は少年（竜跳）とこよみ（SALA）を拘束。仮面ライダーの指輪を奪還する。
