石ノ森龍之介(高橋英樹)は長野県諏訪市で活躍するスーパードクターであると同時に、警察医というもう一つの顔を持つ。変死体と向き合うのは監察医と同じだが、監察医と違い解剖ができず、外表所見で死因を判断しなければならないため犯罪を見逃しかねないとの指摘もあるが、石ノ森は一切妥協せず死因を追求し、事件性を見抜いてしまう。それで警察からは厄介ものとされるが、数々の事件の真相を明らかにしてきたスーパー警察医だ。 普段は臨床医として一般患者の診察・診療を行っている石ノ森のもとに、呼吸困難に陥った野々村大樹(戸塚純貴)が救急搬送される。娘で医師の楓（すみれ）と看護師の小橋洋子（高橋ひとみ）とともに救命に尽力するも、死亡してしまう。楓と陽子は急性心不全と思いきや、石ノ森は警察へ連絡。長野県警諏訪中央署の星野公彦(石黒賢)と柏木光一(篠田光亮)が駆けつける。石ノ森は野々村の死の状況から事件性があると確信していた。長野医科大学の法医学教室教授、副島信行（笹野高史）にすでに連絡していたりと勝手な行動に星野は不快感をあらわにするが、そんな星野も、投げやりな態度もあって署内で厄介者扱いされていた。 やがて副島教授による行政解剖の結果、体内から除草剤に使われる薬品メチルビオロゲンが検出され、首筋に残された皮膚炎はトウダイグサという植物に触れてできたものであることが判明。県警も殺人事件と見て捜査することに。野々村は、3年前に起きた傷害事件の犯人で、半年前に出所したばかり。被害者の小嶋佐織(山口あゆみ)は現在も意識が戻らないまま。捜査会議では、沙織の母・久美子(原日出子)、父・靖史(石倉三郎)、恋人・松井務(杉浦タカオ)、そして3年前の事件の共犯者・葛西宏太(小橋川建) 、野々村の恋人・成瀬美由紀(折井あゆみ)などが容疑者として捜査線上にあがった。 そんな中、被害者の首筋のかぶれが気になり、トウダイグサを探していた石ノ森は、ある廃校舎に辿り着く。やがて野々村と男が体育館に入ったという目撃者情報も見つかった。 そんな時、小嶋靖史が突然行方をくらました！その直後、ある人物が遺体となって発見される…。