鑑識特捜班とは鑑識活動によって得た証拠を迅速かつ機能的に捜査へ反映させるため、警視庁内に新設された捜査チーム。医師免許を持つ九条礼子（渡辺えり）を班長に、ＦＢＩ留学経験のある霧島まどか（安達祐実）、大学病院から出向している医師・韮沢晃一（石原良純）で活動している。 ある日、礼子とまどかは白骨遺体が発見された河川敷へ向かった。骨の形状などから性別は男性で、死後1年以上が経過していると見られた。また肋骨に刃物による傷跡があり刺殺体と思われた。 時を同じくして消費者金融・ライフマネーの店舗で爆弾強盗事件が発生。体に爆弾を巻きつけた犯人が金を要求していた。ところがパトカーのサイレンを聞いた犯人が外に飛び出そうとした瞬間、爆弾が爆発し犯人は死亡してしまう。現場に駆けつけたまどかは、状況から誤爆を疑う。爆弾は無線で操られており、犯人は実は被害者で何者かに無理矢理、強盗をやらされたのではないかという。 そんな中、礼子は過去の事件で関わった若松組に狙われていた。心配した副総監の和泉義仁（蛭子能収）は、組織犯罪対策部の有働公平（村田雄浩）と重盛祐介（萩野崇）を礼子の護衛につけ、鑑識特捜班のスタッフとしても働くことを命じる。 やがて、河川敷で発見された白骨遺体の身元がインク工場経営者の笹川実（藤田宗久）と判明。礼子は有働と共に笹川の妻・美奈子（仁科亜季子）のもとへ向かう。礼子は美奈子に、遺体はご主人のもので殺害されていたことを告げる。美奈子は、夫は誰かに恨まれるような人ではなく、工場の従業員たちを家族同然に可愛がっていたと語る。美奈子に接した礼子は、美奈子が何かを隠している事を察知するが、一方で心の底から夫の死を悲しんでいたとも感じる。 その頃、鑑識特捜班の分析室では爆弾強盗犯の身元が明らかになっていた。爆弾強盗犯は若松組の殺し屋・菊田（加藤マサキ）だった。その後の調べで、菊田の靴に付着していた微粒子が笹川実の靴に付着していた成分と一致。しかも菊田の着衣には笹川インキの製品と同じ成分のインクが付着していたことも判明した。 一方、礼子と有働の聞き込みで笹川インキは、ライフマネーで借金をしていたことが判明する。別々の事件が徐々に繋がりを見せ始めるが…。