突如現れた謎の敵・スカルナイトモンによって、聖なるデジモンのデジタマが奪われた。スカルナイトモンを追って、太一、ヤマト、タケルは黒い沼に囲まれた禍々しい塔にたどり着く。そこには、聖なるデジモンがタケルのもとへ駆けつける際に空けた大穴があった。、この場所こそが聖なるデジモンの囚われていた場所、つまり彼らの目指す目的地だった。そこへ巨大な水虎の姿をしたデジモン・スプラッシュモンが沼から這い出てきて、彼らに襲いかかる。
Taichi, Yamato e Takeru foram salvos por Angemon. No entanto, após o Digimon Sagrado usar todos os seus poderes e se tornar um Digiovo, quando estava prestes a cair nas mãos de Takeru, o ovo é roubado por SkullKnightmon, um dos servos de Devimon. Enquanto isso, na Terra, Koshiro e companhia detectam um ataque capaz de causar uma grande catástrofe.
Taichi, Yamato e Takeru foram salvos por Angemon. No entanto, após o Digimon Sagrado usar todos os seus poderes e se tornar um Digiovo, quando estava prestes a cair nas mãos de Takeru, o ovo é roubado por SkullKnightmon, um dos servos de Devimon. Enquanto isso, na Terra, Koshiro e companhia detectam um ataque capaz de causar uma grande catástrofe.
The Holy Digimon that turned into a Digitama was snatched away, and Taichi and Yamato chase after Skullknightmon. Meanwhile, the rest of the Chosen Ones that are back in Tokyo fight remotely with their partner Digimon in the Digital World.
Koshiro spielt auf den Digivice ein Update ein, was ihnen ermöglicht, wieder mit ihren Digimon zu kommunizieren. Taichis Gruppe nimmt dagegen in der Digital World die Verfolgung nach Devimon auf.
Taichi, Yamato et Takeru poursuivent leur traque du Digimon des ténèbres. Sur sa piste, ils finissent par retrouver le fameux marais plein de miasme...
Mientras Yamato y Taichi intentan recuperar el Digihuevo del Digimon Sagrado, en el mundo real Koshiro descubre algo terrorífico, y es que la ciudad está bajo grave peligro nuevamente.
태일, 매튜, 리키는 디지몬알을 빼앗은 스컬나이트몬을 쫓아가고 결국 우가몬이 가르쳐줬던 목적지에 도착한다. 태일 일행이 스플래시몬과 싸우는 사이 리키는 우연히 발견한 구덩이로 들어가고 잡혀 있던 엘도라디몬을 만난다. 위기에 처한 메탈그레이몬은 태일의 강한 의지로 새로운 힘을 얻고 스플래시몬을 쓰러뜨린다. 그때 리키가 엘도라디몬과 나타나고 엘도라디몬은 태일 일행에게 탑으로 올라가는 입구를 열어준다. 한편 카르마라몬은 아르고몬을 조종해 유조선의 시스템을 장악한다.
