Seiryu is frustrated by Iza’s refusal to allow him to use the Black Shinkalion unless the Agents can understand the source of the humans’ power. Meanwhile, in her latest attempt to be useful (and shoot her dancing Shinkalion video), Azusa Ueda offers to help Commander Izumi with a project to film the Black Shinkalion. But when her mobile phone becomes infected by the black particles, the Ultra Evolution Institute is invaded by a Monstrous Being that is not giant!
ハヤトの同級生、上田アズサにはある野望があった。それは、シンカリオンに乗って「JSが初めてシンカリオンを踊らせてみた」という動画を撮影することだ。
その野望達成のためチームシンカリオンのまとめ役を買って出るアズサ。さらに、彼女は出水シンペイ指令長の頼みごとを引き受ける。
出水の頼みごととは、出現した「漆黒の新幹線」の撮影を試みることだった。
伊邪不許青龍駕駛黑色新幹線戰士出擊，除非他能答到人類進化的原因。上田梓受出水所託拍攝黑色新幹線，手機卻被黑色粒子依附，使之變成微型怪物體，進入超進念研究所盜取數據，眾人發現後合力圍捕。
