Hayato, along with his sister Haruka and his mother Sakura travel to Kyoto to meet up with his father at last. But Haruka is acting strangely – she believes her father is cheating on her mother and is intent to find out the truth! Meanwhile, the Agents launch a plot to ensure that help cannot reach West Japan in time. What secret strategy will the Kyoto Branch employ to stop their attack?
母のサクラ、妹のハルカと三人で京都にやってきたハヤトは、今度こそ単身赴任中の父・ホクトと再会する。普段はホクトが全然連絡をくれないため、家族四人が揃うのは久しぶりだ。
しかし、どういうわけかホクトに対するハルカの態度がよそよそしい。ハヤトがその理由を尋ねると、ハルカから驚くべき答えが返ってくる。なんと彼女は、ホクトが浮気しているのではないかと疑っていた！
隼人一家前往京都探望北斗，但阿遙卻神色有異，原來她懷疑一直在外的北斗有外遇。敵人派出船型的巨型怪物體，更利用捕獲力場無法覆蓋水底的弱點逃遁而去。北斗緊急之下乘上500回音號截擊敵人。
