Odessi, der Schiffskoch, verbringt seinen Landurlaub in München. Er ist auf der Suche nach Pumuckl, der nach seinem Schiffsabenteuer dorthin zurückgekehrt ist. Nach einigen fehlgeschlagenen Versuchen, die alte Schreinerwerkstatt zu finden, gibt Odessi auf und vertreibt sich seine Zeit im Tierpark Hellabrunn. Dort begegnet er dem verwaisten Pumuckl, der letzte Nacht davon geträumt hat, dass Odessi ihn suchen und finden wird. Odessi macht ihm das Angebot, mit auf sein Schiff zu kommen und um die Welt zu fahren, doch Pumuckl lehnt ab. Traurig verlässt Odessi den Tierpark ohne zu merken, was in seinem Rucksack steckt: der kleine rothaarige Kobold hat nämlich doch noch in letzter Sekunde seine Meinung geändert …
Auf der Suche nach der Schiffsküche wird Pumuckl ungeduldig, denn er will so schnell wie möglich zu Odessi, dem Schiffskoch. Er ruft nach ihm, aber sein Freund kann ihn nicht hören. Da kommt der Matrose Willibald vorbei, Pumuckl folgt ihm und gelangt endlich ans Ziel. Nachdem er sich bei Odessi bitter beschwert hat, verspricht ihm dieser einen Ausflug zum Hamburger Rummelplatz. Dort bringt ihn Pumuckl in so manch verzwickte Situation. Zu guter Letzt schnappt sich Pumuckl Odessis Matrosenmütze und befestigt sie an vier Luftballons! Bevor Odessi reagieren kann, fliegen die Ballons in die Luft …
Pumuckl tauscht eines seiner roten Haare gegen eine rote Feder von Lilalora, dem Papagei. Die sichtbare Feder ist der Beweis, dass ein unsichtbarer Kobold Odessi folgt, der ohne Pumuckls Begleitung seine Freundin Corinna besuchen will. Corinna ist kurz vor ihrer Abreise nach Haifa um ihren Dienst als Hotelsekretärin anzutreten. Vor ihrer Tür entdeckt Odessi einen anderen Mann und wendet sich eifersüchtig ab. Mit Pumuckls kecker Hilfe kommt das Rendezvous doch noch zustande, denn der andere Mann war, wie Pumuckl herausfindet, Corinnas Bruder, ein Maler. Als Pumuckl mit allen unmöglichen Tricks versucht, die Abreise der jungen Dame zu verhindern, ist klar, dass auch er sich in Corinna verliebt hat …
Eines Nachts taucht plötzlich der bösartige Klabauter an Bord auf. Niemand außer Pumuckl bemerkt es. Und schon ist die goldene Taschenuhr des Kapitäns verschwunden. Odessi wird des Diebstahls verdächtigt. Er schickt Pumuckl auf die Suche nach der Uhr – eine lebensgefährliche Jagd beginnt! Auch Paul und Willibald versuchen, den Diebstahl auf ihre Weise aufzuklären: der eine mit technischem Gerät, der andere mit Astrologie. Nur Pumuckls ist erfolgreich, und der Kapitän hat seine Uhr wieder. Das Wichtigste ist jedoch noch nicht erledigt: den blauen Klabauter vom Schiff zu jagen! Als erfahrener „Spökenkieker“ weiß Willibald den einzigen „richtigen“ Spruch, um böse Klabauter zu vertreiben, und nur Pumuckl kann dieses Wissen in die Tat umsetzen …
Odessi ist nervös: Kann er beim bevorstehenden Rendezvous im israelischen Haifa auf Corinna einen guten Eindruck machen? Er bemüht sich, rechtzeitig an Land zu gehen, aber alles hat sich dagegen verschworen. Jetzt aber schnell, bevor Corinna wieder das Warten aufgibt! Doch da sieht Pumuckl Willibalds Papagei Lilalora in den Händen eines Diebs. Bis sich alles aufklärt, bis Pumuckl wieder in Odessis Rucksack verstaut ist und Odessi am Treffpunkt erscheint, wartet keine Corinna mehr. Aber ein neugieriger Kobold ist auch ein besonders fähiger „Kobold-Liebes-Postillon“. Und so wagt es der verliebte Odessi, seiner Corinna zu gestehen, dass er einen Kobold hat …
Ein Sturm kommt auf, und mit ihm geistert plötzlich der blaue Klabauter wieder an Bord herum, obwohl er versprochen hatte, nicht mehr zu erscheinen. Seinen Kobold-Kollegen Pumuckl setzt er unter Druck: Er würde das Schiff endgültig verlassen, wenn er eine Flasche Rum bekäme – gegen die schreckliche Übelkeit, die ihn bei solch stürmischer See zu einem „grünen“ Klabauter macht. Es ist jedoch kein Tropfen Rum aufzutreiben. Was tun? Pumuckl versucht alles, um den blauen Unruhestifter zu überlisten, aber es klappt nicht so recht. Und nun kommt Willibalds große Stunde: Der erfahrene Klabauterbekämpfer weiß, was zu tun ist …
Der Kapitän hat Geburtstag – sein Schiffskoch will ihn mit Peterfisch, seinem Lieblingsessen überraschen. Das müsste eigentlich in einem Hafen von Israel kein Problem sein. Pumuckl will Odessi beim Einkaufen helfen – was bedeutet, dass auf dem Markt einiges passiert: Fische tauchen auf und verschwinden wieder, und beinahe wird Odessi des Diebstahls beschuldigt. Der vom Pumuckl mühsam ergatterte Fisch landet natürlich nicht in der Pfanne des Kapitäns, für den er eigentlich bestimmt war. Ob der Kapitän wohl zu seinem gewünschten Geburtstagsessen gekommen ist?
Landgang auf einer griechischen Insel. Der Funker Paul kann Odessis alte verstimmte Gitarre nicht mehr hören. Er überredet ihn, sich eine neue beim dortigen Musikalienhändler zu kaufen. Aber warum klingen alle Instrumente, die der Händler Odessi anbietet, so schaurig? Odessi hat einen Verdacht. Beim Ablegen des Schiffes ist ihm alles klar: Pumuckl ist nicht an Bord, wo er bleiben sollte. Große Bestürzung bei Odessi, denn ohne den Pumuckl kann er nicht mit ablegen. Mit der Unterstützung Willibalds fängt er seinen Kobold noch in letzter Minute ein. Pumuckl ist ihm zur Abwechslung einmal für kurze Zeit dankbar …
Odessi hat ein Rendezvous mit seiner Freundin Corinna an einem israelischen Strand. Pumuckl begleitet ihn wie immer. Bei seinen Streifzügen am Strand trifft er auf zwei Jungen, die offensichtlich stehlen wollen. Obwohl er mit allen Tricks versucht, die Jungen vom Klauen abzuhalten, haben sie sich eine Kette geschnappt. Aber Pumuckl wäre ja nicht Pumuckl, wenn die ganze „Diebstehlerei“ nicht zu einem Riesenwirrwarr führen würde, in dem Pumuckl sich als erfolgreicher Diebdetektiv erweist. Und Corinna glaubt Odessi schon fast, dass es den Kobold wirklich gibt …
Anna, die Enkelin des Kapitäns, kommt zu einem Kurzbesuch an Bord. Willibald verrät ihr, dass ein Kobold auf dem Schiff herumgeistert. Das gibt es doch nicht. Oder doch? Anna will es wissen. Sie versucht Pumuckl herauszulocken. Es wird ein aufregender Tag an Bord, und auch in der Nacht ruht einer nicht – Pumuckl. Was er so treibt, führt jedenfalls dazu, dass Anna nun fest von der Existenz des Kobolds überzeugt ist …
Odessi hat seinen Dienst auf dem Schiff beendet. Der letzte Hafen ist Venedig, wo er noch ein Geschenk für Corinna kaufen will. Weil in Venedig alles sehr teuer ist, meint Odessi, in Chioggia ein Bild für Corinna günstiger einkaufen zu können. Und weil Pumuckl dabei ist, verspricht die Einkaufsreise spannend zu werden. Welch ein Zufall: In Chioggia entdecken die Beiden den Bruder von Corinna, einen Maler. Der hätte beinahe das Geschäft seines Lebens mit einem Bild machen können, das auf einmal durch „Geisterhand“ verschönert wurde – aber nur beinahe, denn der Pumuckl war ja im Spiel …
Abschied vom Schiff, Abschied von Willibald, der sehr traurig ist, dass Pumuckl nicht bei ihm an Bord bleibt. Um den Abschiedsschmerz zu erleichtern, will er wenigstens ein Polaroidfoto von Pumuckl, denn er erhofft sich davon, dass Pumuckl wenigstens darauf für ihn sichtbar ist. Venedig ist dafür die beste Kulisse. Auch Paul, der Funker, will Abschiedsfotos von Venedig machen. Bei seiner Motivjagd wird er in einer Kirche eingeschlossen. Können Odessi und Pumuckl ihn befreien? Und wird auf dem Abschiedsfoto für Willibald Pumuckl auch sichtbar sein?
Wie geht es weiter mit Odessi und Pumuckl? Denn nach Beendigung seiner Arbeit als Schiffskoch muss Odessi einen Platz suchen, wo es beiden gefällt. Und Pumuckl will natürlich am liebsten zurück in „seinen“ Zoo in München. Doch zuvor hat Corinna Odessi zu ihrer Großmutter in die Pension Sonnenschein in den bayerischen Bergen eingeladen. Auf so einer Hütte fühlt sich Pumuckl erst mal ziemlich fremd, außerdem glaubt dort keiner an Kobolde. So hat er viel Mühe damit, Corinna, ihrer Oma und einen Gast davon zu überzeugen, dass nicht Geister von Verstorbenen oder Katzen ihr Unwesen treiben, sondern ein „echter“ Kobold. Eines ist klar: Hier können Pumuckl und Odessi auf Dauer nicht bleiben. Schon sitzen sie wieder im Zug und träumen vom großen Meer und von der weiten Welt …