純粋に父親に会いたいという思いだけを胸に魔法世界へと向かったネギ・スプリングフィールドの前に宿敵フェイト・アーウェルンクスが立ちはだかる。あえなく敗北したネギは、フェイトに対抗する力“闇の魔法”（マギア・エレベア）を会得し、さらに魔法世界の秘密を知ったネギたちは世界の存亡を懸けた戦いに巻き込まれていく。
Negi Springfield, jeune magicien de 10 ans venant tout droit du Royaume-Uni, se retrouve propulsé au poste de professeur d'anglais dans une classe de 31 jeunes demoiselles. Après de nombreuses aventures avec ses jeunes élèves et couronnées par la triomphe du bien contre le mal (voir la série ou lire le manga), Negi doit face à un nouveau défi.
En effet, les jeunes demoiselles vont être diplômées le lendemain même et il doit choisir une seule et unique partenaire pour devenir Magi magister. Son choix aura pour effet d'effacer complètement l'existence de la magie et du monde magique de la mémoire des 29 élèves restantes. Ceci provoque une série de tentatives de ces demoiselles de s'emparer du cœur de Negi et rester ainsi sa partenaire.
Le soir même, Negi ainsi que ses élèves doivent face face à un nouveau danger qui menace les deux mondes !
解决魔法世界崩坏的危机的涅吉，与一众3-A学生和魔法师回到麻帆良学园。然而，他们在校门发现了写着“麻帆良学园中等部毕业典礼”的横幅。很久没有回来的涅吉和同学们，就在有限的时间内慌忙作好准备。同时间，校长召见涅吉，要涅吉认真考虑如何跟班内多位学生厘清关系，尤其是跟过半班内学生订下的“暂定契约”，其实还有一些秘密……为了决断的问题，涅吉觉得十分烦恼……
Negi Springfield, a ten-year-old wizard from Wales, who dreams of becoming a Magister Magi like his missing father, a special wizard who uses his powers to help normal people, using covers such as working for NGOs. Initially appointed as an English teacher at Mahora Academy in Japan he becomes a teacher to a middle school class of 31 older girls. However, the peaceful school life is quickly disturbed as people from his father's past appear and Negi has to form contracts with various students to overcome the new dangers. Finally he embarks on a journey to the Magic World together with his partners to find his long-lost father.
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