遠い未来。人類は岩盤に隔てられた「コロニー」で肩を寄せ合い生きていた。 コロニーの外には危険な未開地帯「ラビリンス」が広がり、 命を懸けて「ラビリンス」を開拓する者たちは、 未開に印付ける者、すなわち「マーカー」と呼ばれた。 マーカーになりたい少女・メメンプー、マーカーをやめた男・ガガンバー。 そんな凸凹な父娘が今、ラビリンスに挑む！ 「道がないなら、掘ればいい！」
「魔法使いさん……わたし、約束、守れませんでした」 魔法使いに憧れる天然少女クルミ＝ミライと、 代々魔法使いを輩出する名家の令嬢ユズ＝エーデル。 レットラン魔法学校＜国家魔法師養成専門学科（通称・マ組）＞への進学は 魔法使いになるための必須条件。 なのに、まさかの受験失敗………と思っていたら⁉︎ 一見、子どものような国家魔法師ミナミ＝スズキが担任として現れ、 学園生活は急転！ 訳ありげなクラスメイトに、怪しそうな同好会…… この学校に隠された秘密って何⁉︎ 魔法使いさん、わたし＜普通科一組＞で、 魔法使いになれる、の、カナ……？ 夢に破れた正反対なふたりの少女の 青春＊魔法学園ファンタジー！
2000年2月29日、メビウスの隕石が地球に落下しました。 これらの隕石は、メビウスダストとして知られる新しい形の物質を地球にもたらしました。 塵が地球の大気に浸透し、奇跡を引き起こしました。 「2.29」と呼ばれる隕石が落下した日、日本の経済格差は加速しました。 やがて、この格差に不満を抱く血の戦争同盟は、テロ行為を犯し始めた。 そんな中、警察は、反RC特殊移動ユニットと、ユニットメンバーの初期訓練のための合同反RC訓練学校を設立した。