宇宙世紀0087年。スペースコロニーに住む少年カミーユ・ビダンは、連邦軍の部隊の一つであるティターンズの士官を殴り、拘束されてしまう。その頃、反ティターンズ組織「エゥーゴ」は新型のガンダムを奪取するためコロニーに潜入していた…。
宇宙世紀0088年。戦闘による損傷を受けた戦艦アーガマは、その修理と補給のためシャングリラに寄港する。シャングリラに住むジャンク屋稼業の少年ジュドー・アーシタとその仲間たちは、アーガマからモビルスーツを盗み出し、一儲けしようと企らむが…。
連邦軍とジオン軍の戦争が終盤にさしかかる頃、中立のスペースコロニー・サイド6で開発が進められていた新型ガンダムの情報をジオン軍がキャッチし、特殊部隊を送り込む。その一員であるバーニィは成り行きで民間人の少年・アルと情報を探ることになる。
ジオン再興を目指すアナベル・ガトー少佐は、連邦軍のトリトン基地に潜り込んで試作ガンダム2号機を奪取する。連邦軍のテストパイロット、コウ・ウラキ少尉はガトーを倒し、デラーズ・フリートが目論む「コロニー落とし」を阻止できるのか？
宇宙世紀0153年、地球に再び動乱の時代が訪れる！ 宇宙世紀0149年。サイド2にて建国したザンスカール帝国は地球に侵攻を開始。地球連邦はさしたる抵抗をすることもできず、民間の抵抗組織「リガ・ミリティア」だけがザンスカール帝国の「ベスパ」と戦っていた。ある日、戦闘に巻き込まれたウッソは、成り行きで「V(ヴィクトリー)ガンダム」を操縦することになり…。
連邦軍のシロー少尉は、サイド２から地球へと向かう途中、傷ついた友軍のＧＭを助けるためボールに乗り込み出撃する。 シローの乗ったボールは、ジオン軍の試作型ジムと戦闘になり両機は大破。宇宙を漂流するハメとなったシローと、ザクのパイロット・アイナは、生き延びるために敵味方の関係を越えて協力する。やがて救出された２人はふたたび敵と味方に分かれ、地球に降り立ったシローは仲間を得ようと奮闘しながら第０８ＭＳ小隊を率るが、やがて彼らの前にアイナの乗るジオン軍の新型器アプサラスが立ちはだかるのだった。
宇宙世紀００７９。後に“１年戦争”と呼ばれた時代。 地球連邦への独立戦争を挑んだ“ジオン公国”は、新兵器・新型機を矢継ぎ早に戦場へと投入する。一見、華々しくはあるが、過酷な現実がその背景には存在した。 本作品は、新兵器等を実用試験するジオン軍「第６０３技術試験隊」に参加した人間たちとジオン軍の試作兵器の活劇を描く「群像劇」である。
第二次ネオ・ジオン抗争の終結から3年後の、宇宙世紀0096年。サイド4[11]の工業コロニー「インダストリアル7」において、とある謀議が交わされようとしていた。財団法人「ビスト財団」の当主カーディアス・ビストが、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」へ「ラプラスの箱」と呼ばれる重要機密を譲渡するという。ビスト財団は、開かれる時には連邦政府が滅びるとまで恐れられているその内容を盾に、巨大企業アナハイム・エレクトロニクスの後ろ盾として、長年に渡って地球連邦政府から便宜を引き出してきたという。
宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
U.C.0096、地球連邦軍情報部は、「ラプラスボックス」事件の後、「サイコフレーム」への脅威を感じています。 謎を解き明かすため、「サイコフレーム」の影響で地球への急降下を防いだ小惑星アクシスに調査チームを派遣。 調査チームのメンバーの中には、ArletteAlmageとDantonHylegがいます。どちらも、それぞれエンジニアとテストパイロットとしてZeon公国とNeoZeonに仕えました。 アクシスに潜入すると、捜査チームは誰もいないはずの基地で新しいスタイルのガンダムに襲われる。 ArletteとDantonは、想像もしなかった何かに遭遇します…
宇宙世紀0093年。後に「第二次ネオ・ジオン抗争」と呼ばれる戦火のなかで、ブライト・ノアの息子ハサウェイ・ノアは、初恋の少女クェス・パラヤの死や戦場で死んでいく人々の魂の声、そして伝説のニュータイプ戦士アムロ・レイと人類粛清を掲げたシャア・アズナブルの生き様を目の当たりにした。 それから時は流れ、青年へと成長したハサウェイは、地球連邦政府の高官ら特権階級の人々が地球の汚染を加速させており、「人狩り」とも呼ばれる強引な手段で民衆を宇宙に送り出す政策によって地球を私物化していることを知る。これまでの戦争で死んだ全ての人々の行為を無下にしないため、ハサウェイは反地球連邦組織「マフティー・ナビーユ・エリン」への参加を決意。やがてハサウェイは組織の表向きのリーダー「マフティー・ナビーユ・エリン」として、アムロからは「ガンダム」を、シャアからは「地球の保全」という遺志をそれぞれ受け継いだ戦士となる。 マフティーによる腐敗した特権階級の粛清がスペースノイドたちから歓迎されるようになった宇宙世紀0105年4月19日。マフティーの討伐を命じられたケネス・スレッグ大佐は、特権階級専用往還シャトル「ハウンゼン」で地球に降下する途中、植物監察官候補として降下しようとしていたハサウェイと、このシャトルには似つかわしくない少女ギギ・アンダルシアと出会うが、大気圏へ突入し始めたとき、突如マフティーを名乗る集団にハイジャックされる。機内にはアデレードで行われる連邦議会に出席するため、連邦政府高官らが多数搭乗していた。
