舞台は、銀河系の各惑星が銀河鉄道と呼ばれる宇宙空間を走る列車で結ばれた未来世界（テレビアニメ版では第1話冒頭のナレーションで西暦2221年と設定）。宇宙の多くの裕福な人々は機械の身体に魂を移し替えて機械化人となり永遠の生を謳歌していたが、貧しい人々は機械の身体を手に入れることができず、機械化人の迫害の対象にされていた。そんな中、機械化人に母親を殺された主人公の星野鉄郎が無料で機械の身体をくれるという星を目指し、謎の美女メーテルとともに銀河超特急999号に乗り込む。
テレビアニメ『銀河鉄道999（スリーナイン）』に登場するキャラクター、ガラスのクレアのエピソードを劇場公開作としてスピンオフした17分の短編。「東映まんがまつり」の一編として公開された作品で、同名作品の劇場版のストーリーとは異なるものとなる。999号のウェイトレスとして働くクレアは、クリスタルガラスの体を持つ機械化人。その999号にある日、機械の体が無償で手に入る星へと旅する星野鉄郎と、謎の美女メーテルが搭乗してくる。鉄郎との交流を深めていく中、機械化人であるクレアの心境にも変化が……。
A few years after the events of Adieu, Galaxy Express 999, Tetsuro and his motherly companion Maetel, tried to get rid of the evil Mechanized Empire, but now that Tetsuro is back on planet Earth, and is getting beaten up by cruel rulers, who overtook after the machines gotten destroyed. Maetel sweeps him away yet again.
