天真爛漫で好奇心旺盛な少年ゴンは、“ハンター”への道を歩むことを決意し、故郷のくじら島を後にした。ハンターとは、この世のありとあらゆる未知なる物への探求を生業としているスペシャリストで、そのライセンスを得るためには超難関とされる試験をパスしなければならない。偉大なハンターと称された、今は行方不明の父・ジンの背中を追うように、試験にチャレンジするゴン。ゴンは、共に試験に挑戦するクラピカ、レオリオ、キルアといった個性的な仲間を得る一方、強敵ヒソカに巡り合うのだった。
主人公のゴンは幼少期に両親と別れ、父親ジンの親戚で幼馴染でもあるミトとその祖母の元で育てられた。ゴンはミトに「父親はあなたが小さい頃に死んだ」と聞かされていたが、あるきっかけでカイトと名乗るハンターと出会い、ジンが生きていること、彼が優秀なハンターであることを知らされる。これを期に父の存在が気になり始め、父に会うべく、自分もハンターになるためにハンター試験を受けることを決意し、旅立つところから物語が始まる。
