Years after New Century Zero, the Zoids battles have shifted scenes to the coliseum. There is something new about this year's Zoids battles. It seems that many Zoids can fuse together for enhanced power and speed. Can RD and his Mach Storm Team successfully compete against these new Zoids Fuzors? Will they unlock the secrets to fusing for their Zoids before it is too late? There's also a new organization lurking in the shadows of Blue City, can RD win battles against the powerful enemy Zoids AND prevent this dark scheme? Stay Tuned!
以索斯機械獸格鬥賽作為主題。故事圍繞主人公和他所屬的隊伍——「極速風暴」與其死對頭——「破壞榔頭」之間的鬥爭展開。
東方大陸に位置する近代都市・ブルーシティ。ゾイドバトルチーム・マッハストームに所属する少年RD(アールディー)は、父親が遺したライガーゼロを愛機に、何でも屋をしながら、Ziファイターとしてゾイドバトルへの出場を目指していた。
そんなある日、エキシビジョンマッチにおいてゾイド同士の合体によりその能力を飛躍的に向上させる「Ziユニゾン(ユニゾン)」の存在が知れ渡り、Ziファイター達は自分のゾイドとユニゾンできるゾイド・Ziパートナーを捜し求めるようになる。
そしてRDのライガーゼロにも、ファイヤーフェニックスとのユニゾン能力が明らかになる。