MCの声が高々と響き渡る中、ジャックのDホイールが現れる。そんな様子を見ている炎城ムクロ。第143回、デュエルキング争奪戦が始まった。Dホイールに乗り込み拳を握るジャック。一方、地下鉄では、コンソールマシンのバランスがうまくとれていない不動遊星が走る。キング・ジャックに挑戦するのはチャレンジャーのムクロであった。ライディングデュエル最大の特長"スピードスペル"とは、スピードワールドのかかったフィールドでのみ発動できるカードのこと。そして、そのカードとはスピードカウンターの数によって、発動条件が決定される。果たして、この勝負の行方は!?
ジャックに挑戦する遊星。そんなふたりの様子を見守るナーヴとタカ、ブリッツ、ラリー。挑発してくるジャック。"ジャンク・ウォリアー"を使って攻撃を仕掛ける遊星。一方"闇の呪縛"のカードを使い"マッドデーモン"で応戦してくるジャック。結果、ジャックに負ける遊星。そんな遊星にジャックは言い放つ。「デュエルとはモンスターだけでは勝てない！」と。ネオドミノシティにあるジャックのペントハウス。ペントハウスの中では、ジャックとゴドウィンが会話を交わしている。一方、遊星は地下鉄内で、ラリーと共にDホイールの調整にいそしんでいたのであった。
サテライト湾岸部のゴミ集積所。今まさに、ナーヴら仲間達に見送られている遊星。そんな中、ラリーからひとつのものを渡される遊星。それはラリーのお気に入りの"ワンショットブースター"であった。そんなラリーに対して「必ず返す......」と一言を残し、遊星は去って行く。一方、遊星の動きを捉える牛尾。早速、闘志を燃やす牛尾は遊星を追うのであった。 集積所では遊星の姿を追うナーヴら一同。やがて、遊星に追いつく牛尾。遊星は牛尾にはかまわず、ゴミ集積所のフェンスを次々と突破していく。そんな様子を見た牛尾は、遊星にデュエルを仕掛けてくるのであった。
高架の上に立つジャック。そんなジャックを熱く見上げる遊星。遊星は"スターダスト・ドラゴン"のカードの行方をジャックに尋ねる。カードはサテライトの仲間の夢だった、と語る遊星を一笑に付すジャック。そして、遊星にそのカードを投げつけるジャック。しかし、遊星はそのカードを投げ返し「デュエルで返してもらう！」と言い放ち、ふたりのデュエルが始まった。やがて、ふたりの行く手にデュエルスタジアムが見えてくる。一方、治安維持局本部ビルでは、阿久津がシティを支える"モーメント"の説明をゴドウィンにしていた。そこへ遊星とジャックのデュエルの一報がもたらされる。
夜のデュエルスタジアム。無人の観客席。レッド・デーモンズ・ドラゴンが吠える。対峙するスターダスト・ドラゴンも咆哮をあげる。2体のドラゴンの脇には遊星とジャック。相変わらず、遊星を挑発するジャック。そんなジャックに対し、攻撃を仕掛ける遊星。ふたりの様子を治安維持局の立体モニターで見つめるゴドウィン、イエーガー、深影。激しいバトルが展開する。ジャックは「いまだ経験しえぬ痛みをお前に与えよう」と遊星に言い放つ。優勢のジャックに、遊星は"ロードランナー"を守備表示で召喚する。そんな遊星の攻撃に対し、あくまでも優位に反撃を繰り広げるジャックであった。
ジャックとのデュエルの結果、遊星はセキュリティ本部の査問室に収監され、査問官から厳しく詰問されていた。サテライト住民による不許可のネオ童実野シティ侵入を追及され、不適合者としての刻印を押されてしまう遊星。さらに、収容所における再教育プログラムを受けることを言い渡される。そんな時、遊星は"矢薙"というひとりのおっさんと出会う。矢薙はスタジアムでの遊星とジャックのデュエルを見ていた、と言う。一方、ジャックも遊星とのデュエルで、相当な痛手を受け、治療に専念していた。その中で、自分自身と遊星にできた痣のことに思いを巡らせるのであった。
収容所で対峙する遊星と氷室。その周りを取り囲む人々の中に矢薙の顔も。さかんに挑発してくる氷室の取り巻きたち。そんな中で、ついに遊星と氷室のデュエルが始まった。初手から激しいカードを出してくる氷室。それに対して、あくまでも冷静に対処する遊星。一方、そんなふたりの様子をモニタ−越しに見ている収容所所長。やがて、受話器を取り、どこかへ電話をかけるが、ゴドウィンが所長の報告を受けている。所長の報告を受けながら、ジャックを誘うゴドウィン。ゴドウィンが告げるには、治安維持局の真の姿の片鱗を見せる、と言う。ゴドウィンはジャックをそんな部屋に案内していくのであった。
ふたりの刑務官に促され、収容所の医務室へ連れてこられる遊星。遊星の前に現れたのは、所長の鷹栖。鷹栖は、俺はサテライトの人間がキライだ、と言い放ち、敵意丸出しの態度を遊星に見せる。そんな鷹栖の命令で、遊星の体が徹底的に調べられていく。あまりの激しさに気を失う遊星。そんな遊星を揺り起こし、お前のDホイールもデッキも長官によって調べられている、と教えられる。一方、治安維持局では、ゴドウィンが収容所から送られてくる遊星のデータを興味深く見つめている。収容所の監房では、遊星が竜と痣の伝説を矢薙から聞かされていた。翌朝、収容所にゴドウィンが現れる。
大監房に収監される遊星。その様子を最上階から見ている鷹栖。早速、青山が遊星に話しかけてくる。ところが、遊星は"赤い竜"と矢薙、ゴドウィン の言葉を想い出していた。そこへ矢薙と氷室がやってくる。囚われの身であることを嘆く矢薙。氷室は鷹栖が横暴な人物であることを話す。一方、ゴドウィンから、遊星に"シグナー"の可能性があることを告げられた鷹栖は怒りを露にする。監房では、遊星が青山から脱走の計画を聞かされていた。青山の提案に対し、氷室と矢薙もこの計画に加えることを提案する遊星。それを了解する青山。その頃、鷹栖の陰謀が動き始めるのであった。
収容所所長の鷹栖の挑発にのってデュエルに臨んだ遊星。やがて、そのデュエルには鷹栖の汚い罠が仕掛けられていることを知る。だが、遊星は収容所の仲間達から預かったカードで必死に戦う。そんなふたりのデュエルを収容者達は固唾をのんで見守る。劣勢の遊星に対し、鷹栖は執拗に攻撃を繰り返す。そんな状況にありながらも必死の抵抗を試みる遊星。まるでそれは何かの時間稼ぎのようにも見える。一方、青山は以前から準備していた抜け穴から脱走しようとしていた。そんな時、遊星が叫ぶ。「仲間を置き去りにしたらその先に、本当の自由などない」。それを聞いた青山は......!?
カフェ街を歩く遊星。そんな遊星を監視する尾行者達。遊星は"ブートレグ"の看板が掲げられた店に入って行く。"大牛鬼"のカードを手に、その店 で"雑賀"という男に会え、と氷室から言われたことを思い出す遊星。遊星がマスターに、場違いなミルクを注文すると一瞬、気色ばむマスター。しかし、遊星が大牛鬼のカードを示すと、ハッとなるマスター。尾行者も店内に入り込み遊星を見張る。それに気付いたマスターは巧みに遊星を店内から外へ送り出す。尾行者も遊星を追って店を出るが、待ち構えていたDホイールに遊星は引っ張り上げられ、尾行者を残し、その場を後にするのであった。
遊星と牛尾のデュエルが続く。牛尾の追撃を避けようと、Dホイールを疾走させる遊星。しかし、その行く手には次々と隔壁が降りてくる。必死に隔壁を抜けようとする遊星だが、うまくいかない。そんな遊星の様子を見て、余裕を見せる牛尾。さらに、牛尾は遊星への攻撃を仕掛けてくる。ジリジリと追いつめられて行く遊星。だが、何とか勝機を掴もうと、遊星は必死の抵抗を試みる。やがて、遊星の目の前にエレベーターホールが迫ってくる。表示は行き止まりを示 している。そんな時、遊星の耳に「そのまま突っ込むんだ!!」という雑賀の声が。遊星はDホイールをさらに加速させるのだが......!?
牛尾とのデュエルで遊星はトップス居住エリアに入り込んでしまう。そこで遊星は"龍亞"と"龍可"という双子の兄妹と出会う。一方、トップスエリアには牛尾と言えども無断で入ることはできず、正式な許可が必要だった。それを警備スタッフから聞かされ、トップスの外周で怒り狂う牛尾。牛尾は仕方なく、遊星がエリアから出てくるのを待つ。その頃、遊星がデュエリストであることを知った龍亞は遊星にデュエルを申し入れる。最初は龍亞の申し入れを無視する遊星だったが......。
治安維持局直々に"デュエルオブフォーチュンカップ"の招待状を渡された遊星。とりあえず雑賀のマンションへ落ち着くのだった。その頃、トップスでは遊星が双子の元を去ったことに、龍亞が気がつき大騒ぎ。龍可がテーブルの上を見ると、彼らに合うように調節されたデュエルディスクが置かれていた。遊星を想うふたり。そこへ龍亞の友人・天兵から電話がかかってくる。この日、龍亞と天兵は"黒い薔薇の魔女"を倒すために"ダイモンエリア"に行く約束になっていたのだ。
フォーチュンカップの開幕に期待を膨らませているスタジアムを埋め尽くした大観衆。バックヤードには、龍可になりすまして大会に参加しようとしている龍亞、遊星らがいる。氷室は、このフォーチュンカップには何か仕組まれている、と嫌な予感を覚える。スタジアムにはレッドデーモンズドラゴンが現れ、 続いて、ジャックが現れる。さらに、MCの声に誘われ、デュエリスト達が登場する。遊星に加えて"死羅""ジル・ド・ランスボウ""ボマー"......。ところが、遊星のマーカーに気付いた観客がざわめく。それを収めたのはボマーであった。そして、ついに龍亞とボマーの第1試合が始まった！
フォーチュンカップの裏側では、ゴドウィンの指示で、恐るべき陰謀が張り巡らされていた。それはデュエルの参加者の中から"シグナー"を探し出すこと。その一方で、デュエルは進んで行く。第1試合は健闘空しく龍亞の敗北で終わった。落ち込む龍亞を励ます遊星達。そこへ十六夜アキがやってきて挑戦的な眼差しを遊星に向ける。その頃、ジル・ド・ランスボウは控え室で、ゴドウィンとイエーガーと会っていた。イエーガーは、アキの正体を暴け、とジルをけしかける。さらに、アキの正体が"黒バラの魔女"であることをジルに告げるゴドウィン。そして第2試合、ジルVSアキのデュエルが始まった！
ジルVSアキのデュエルは、サイコデュエリストであるアキの恐ろしい戦術によって、ジルの完敗で終わった。未だ"シグナー"を見つけることができないイエーガーと阿久津。デュエルはさらに進み第3試合は、遊星VS死羅のデュエルだった。死羅は"蘇る死神"と呼ばれる非情のDホイーラーであることを 遊星に告げる氷室。気遣う氷室に対し、遊星は"スターダスト"のカードを使うのはジャックと決着をつける時だ、と言い放つ。その頃、警備員の制止を振り切り、スタジアムに侵入してきた謎の男"炎城骸"がいた。いよいよ第3試合が始まった。ところが、遊星の前に現れたのは死羅ではなく、骸であった。
イエーガーと対峙する人影。改めて、デュエルをすることを人影に依頼するイエーガー。その頼みを受ける人影。デュエルスタジアムでは、骸に勝利した遊星を迎える氷室、矢薙達。そこへ場内アナウンスが流れる。それによると、ゴドウィンの計らいによって、敗者復活戦が行われることが告げられる。そして、発表されたのは龍可の名前だった。早速、龍可に成りすましてスタジアムに飛び出していく龍亞だったが、すでに偽物であることがバレていた。それは対戦相手だったボマーにすら明白であった。場内の観客からも本当の龍可を望む声が高まる。そこで、渋々スタジアムにあがる龍可であった。
フランクとのデュエルを繰り広げる龍可。その最中、不思議な声に導かれて精霊世界"古の森"へとやってくる龍可とクリボン達。さらに、龍可へ囁きかけてくる不思議な声。そして「デュエルモンスターズの精霊の世界をーー守ってくれると！」と呼びかけられるに至っては、いたたまれなくなる龍可。その背後に忍び寄る影。影はやがて、実体化し"超魔神イド"へと姿を変える。"サンライトユニコーン"がイドに挑むが、返り討ちに合ってしまう。それにもめげず、勇気を漲らせる龍可。そんなデュエルの様子をモニターで見ていた遊星は訝る。一方で、龍可はサンライトユニコーンを復活させるのだが･･････。
フランクとの敗者復活戦で、激しいデュエルの末、引き分けにまで持ち込んだ龍可。その戦果に龍亞が不満を漏らす。そんな龍亞の様子を意に介さない龍可であったが、フランクの放った"シグナー"という言葉が引っかかっていた。こうして、デュエル・オブ・フォーチュンカップの大会第1日目が終わった。 会場から引き上げようとする一同は、巨大モニターに映し出されたボマーの姿を目にする。彼こそが明日の遊星の相手だった。強敵であることを再認識する一同。ボマーのDホイールがどんなものかが楽しみだ、と呟く氷室の声を聞いて、龍亞の脳裏に何かが閃く。皆と別れ、走り出す龍亞だった。
デュエル・オブ・フォーチュンカップの大会第2日目。第1戦から遊星とボマーの激しいデュエルが展開する。遊星、ボマー共に信念を持って繰り広げられるデュエルは激しさを増すばかり。周りで見守る龍亞や矢薙達も遊星とボマーの一挙手一投足に一喜一憂する。さらに、ボマーは"ジャイアント・ボマー・エアレイド"を使って遊星に挑戦してくる。それに対し"シールドウォリアー"で応戦する遊星。ギリギリのところまで追いつめられる遊星。固唾をのんで対戦の行方を見守る龍亞達。そんな遊星がボマーに攻撃を仕掛けてくる。遊星の攻撃の真意を探ろうとするボマー。果たして、戦いの行方は？
遊星との死闘の末、敗北したボマー。だが、ボマーは自身の復讐のため、ゴドウィンにその刃を向ける。空しくゴドウィンの義手によって、その刃は阻まれる。セキュリティに連行されるボマー。遊星に「自分の使命を果たせ」と言い残し去っていくボマー。デュエルは続く。選手控え室では、次の挑戦者・来宮 虎堂がパソコンを前に、十六夜アキの16年間にわたるデータを打ち込み終えていた。そんな来宮をフィールドへ誘うイエーガー。一方、ディヴァインに見送られ、フィールドへと向かうアキ。ついに、来宮と"黒バラの魔女"ことアキのデュエルが始まろうとしていた。果たして、来宮の目的とは。
来宮の目的、同時にイエーガー達の目的、それはアキが"シグナー"であることを確認することであった。そして、それは来宮の敗北によって果たされた。アキは間違いなく"シグナー"であった。こうして、ファイナルステージは遊星とアキの一騎打ちが決定した。来宮とアキのデュエルを見ていた遊星は、彼女の中に、拒絶と怒り、さらにまだ何かが潜んでいることを感じる。そして、デュエルを終えたアキと遊星がスタジアム奥の通路で対峙する。遊星は、アキにとっての痣の意味を問う。痣を持つ者を憎み、嫌悪する、と答えるアキ。様々な思惑をはらみながら遊星とアキのデュエルが始まった！
遊星とアキのデュエルは観客を巻き込み、観客席を破壊するほどの凄まじいものだった。その中にあって、遊星はアキの攻撃を耐え、彼女の中にある拒絶と怒りの先にある何かを必死に探ろうとしていた。一方、アキはその攻撃の手を緩めることはなかった。やがて、遊星はアキの持つ第三の感情に気付く。それは破壊の力に楽しみと愉悦を感じていることであった。遊星のその言葉に訝るアキ。だが、容赦のないさらなるアキの攻撃は続く。遊星も必死に対抗し、アキにダメージを与える。そんなふたりの一挙手一投足に観客達が沸く。果たして、ファイナルバトルに勝利するのは遊星か？アキか？
十六夜アキとの激しいデュエルの末、勝利を手にした遊星。ついに、ジャックVS遊星のファイナルバトルが始まろうとしていた。一方、遊星の仲間であるブリッツ達が何者かによって拉致されてしまう。遊星、アキ、龍可、そしてジャックの痣を持つ"シグナー"4人が揃うスタジアム、果たして、何が起こる というのだろうか？ 遊星はデュエルが終わっても自分の腕から痣が消えないことを訝る。そして、仲間達を危険なスタジアムから逃がそうとする。しかし、イエーガーは、ブリッツ達を人質にして、彼らをスタジアムから出そうとはしなかった。この先、スタジアムで何が起こるのだろうか？
様々な思惑と陰謀が渦巻く中、ついに遊星VSジャックのファイナルデュエルの幕が切って落とされた。かつては、サテライトで仲間として暮らしていた遊星とジャック。しかし、ゴドウィンの誘いにのって遊星を裏切り、今やシティの王として君臨することになったジャック。そんな因縁浅からぬふたりのデュエルは熾烈を極めた。"キング"を自認するジャックは攻撃の手を緩めない。遊星劣勢の中、展開されるデュエル。そんなふたりのデュエルが繰り広げられるスタジアムの上空には不吉な暗雲が広がっていく。そんな様子を見ているゴドウィンは、5人目の"シグナー"の存在を口にするのだった。
スタジアム上空に赤い竜が出現した。赤い竜は遊星とジャックに様々なビジョンを見せる。天空の神殿、祈りを捧げる5人の神官と星竜王。そして、最後は炎の柱になぎ倒されるサテライトの様子だった。サテライトの未来では、と驚愕する遊星に、デュエルの続行を申し入れるジャック。再び、激しいデュエルが始まった。死闘の末、勝利したのは遊星だった。ジャーナリストの取材攻勢を避け、スタジアムを去る遊星達。遊星に逃げられたジャーナリスト達はゴドウィンに質問を集中させる。しかし、巧みにはぐらかすゴドウィン。一方、闇の中では新たな敵が行動を開始するのであった。
クモの痣を持つ男が遊星の前に現れる。走り出す男の後を追う遊星。男に追いついた遊星は様々な質問を投げかける。男は「闇のデュエルに聞け」とだけ答え、遊星にデュエルを仕掛けてきた。受けて立つ遊星。だが、今までの常識にないデュエルが展開され、苦戦を強いられる。ふたりの様子を物陰からビデオに録画するカーリー。いつの間にか、見えない壁の中に取り込まれている遊星。デュエルが終わるまでその空間から逃れることはできない、と言い放つ男。さらに、何度、相手モンスターを倒してもその度に復活してくる男のデュエルに戸惑う遊星。果てしのないデュエルが延々と続くのであった。
ダークシグナーであったクモ男と遊星のデュエルは終了した。しかし、対戦相手の男はデュエルが終わると、自分自身のことを何も覚えていなかった。 その一部始終を見ていたカーリーだったが、結局は何の確証も得られず、特ダネもものにできなかった。そんな遊星の前に、因縁の相手・牛尾が現れる。訝る周りの人間に対して、遊星は「俺もゴドウィンに話があるところだ」と言い放つ。牛尾に連行されて行く遊星。一方、何の情報も得られないカーリーは編集長に責められる。そんな時、遊星に敗れたジャックの勇姿を収めた映画『ロード・オブ・ザ・キング』の公開がゴドウィンの口から発表された。
腕にクモの痣が浮かんだ牛尾からデュエルを仕掛けられるジャック。ジャックの取材に訪れたカーリーもそのデュエルに巻き込まれてしまう。激しいデュエルを繰り広げた後、牛尾は正気に戻る。デュエルのことを何も覚えてない牛尾。クモ男と同じ現象が起きたことに気付くカーリー。そんな頃、遊星はゴドウィンと対峙していた。ゴドウィンは遊星に真実を伝える、と話す。ゆっくりと語り始めるゴドウィンの話に聞き入る遊星。一方、サテライトではクロウが倉庫の物品を漁っていた。セキュリティに発見されるクロウ。セキュリティたちに追い詰められたクロウは彼らとデュエルを始めるのだった。
迫るセキュリティをかわすクロウ。その頃、遊星はゴドウィンからシグナーとダークシグナーとの5000年前からの深い因縁を聞かされていた。さらには、17年前の第1号モーメントの制御に失敗したことにまで話が及ぶ。釈然としないままゴドウィンの元を去る遊星。そんな遊星の前にクロウが姿を現す。 クロウとの再会を喜ぶ遊星。早速、ふたりでDホイールを駆って街を疾走する。その時、クロウからサテライトの奥で不穏な動きがあることを聞かされる遊星。 自らのアジトへ戻ると、ラリーやブリッツといった懐かしい顔が遊星を出迎える。そんな再会を喜ぶ間もなくセキュリティ達がやってくる。
遊星とクロウがタッグを組み、セキュリティとの激しいデュエルが続く。やがて、セキュリティの攻撃をかわす遊星とクロウ。一方、ジャックは過去を振り返りつつ、それとは決別し、何かを強く決意する。サテライトを貫く巨大な地割れにかかった吊り橋を行くブリッツ達。その視線の先にはダイダロスブリッ ジが見える。さらに、進み遊星との待ち合わせ場所であるバラック街に達する一同。誰もいないことを訝る雑賀。その時、爆音が響き、遊星とクロウが現れる。 さらに、周囲から大勢の子供が現れる。子供達にせがまれて昔話を始めるクロウ。その話はダイダロスブリッジにまつわるものだった。
遊星はダークシグナーとの戦いに挑もうとしていた。しかし、そんな遊星の行動に気付いたクロウは同行を申し出る。仕方なく共に出発する。一方、 カーリーの質問責めにあい、思わずジャックが口にしたのは、遊星の生い立ちであった。遊星の両親はモーメント技術の基礎を築いたエリートだった。その頃、 遊星とクロウの前に姿を現したのはかつての仲間・鬼柳京介だった。訝るふたりに構わず、鬼柳は遊星を黄泉の底へ叩き込む、と宣言する。そんな様子を見守るジャックとゴドウィン。そんなジャックの口から、遊星とクロウ、鬼柳、ジャックはかつて唯一、無二の親友だったことが語られる。
クロウは思い出す。かつて遊星、クロウ、ジャック、そして鬼柳が"チーム・サティスファクション"だった頃を。そんな思いとは別に、シグナーとダークシグナーの命をかけた戦いを遊星に仕掛けてくる鬼柳だった。遊星と鬼柳、以前は仲間だった者同士の戦いは熾烈を極めた。お互いに手の内を知り尽くし た者同士のデュエルは果てしがなく続く。一方的に、過去の遊星の過ちを非難する鬼柳。それに対し、自らの立場を説明しようとする遊星。だが、意固地になっている鬼柳に遊星の言葉は届かない。平行線をたどるふたりのデュエル。お互いの秘蔵のカードをかけてのデュエルが繰り広げられて行く。
熾烈なデュエルが繰り広げられる中、かつての思いが交錯する。遊星とクロウ、ジャック、鬼柳が共に力を合わせてサテライトのトップにのし上がろうとしていたあの頃のことを。お互いがお互いのことを信じ、思いやりながら助け合い、協力しあい生きたあの頃を。その時の鬼柳を信じて戦う遊星。だが、そんな遊星の思いは鬼柳には全く通じなかった。激しいデュエルは続く。そんなふたりのデュエルをアキが、龍可が、ゴドウィンらが見つめる。さらに、苛烈なデュエルが続く。そんな中"スターダストドラゴン"を召喚する遊星に対し、鬼柳の攻撃は一層の激しさを増すのであった。
鬼柳とのデュエルは熾烈を極めた。結果、深い傷を負った遊星はクロウらに助けられ、マーサのところへ担ぎ込まれることに。しかし、その行く手には浮浪者が大勢いる危険な場所を突破しなければならなかった。危険を回避し、遊星をマーサのところへ運び込んだクロウ達。緊急手術の末、一命を取り留める遊星。その頃、龍亞と龍可の家へやってきた氷室と矢薙。遊星がダークシグナーとの戦いを始めたのではないかと心配する一同。シグナーは全て仲間という考えのもと、十六夜アキに助力を求めては、という龍亞の提案に氷室らも賛成し、アキのいるアルカディアムーブメントヘ向かう。
アルカディアムーブメントにやってきた龍亞達の応対にでたディヴァインの態度は紳士的なものであり、龍亞の要求であるアキの助力をあっさりと認めた。しかし、それは罠であった。龍可がシグナーであることに目をつけたディヴァインは龍亞にもその力があるのではないか、とその力をデュエルを仕掛けることで試す。しかし、結果はディヴァインの望むものではなかった。一方、ジャックに去られたカーリーはその落ち込みが激しかった。回復に向かっている遊星ではあったが、鬼柳の強さに脅威を感じるのであった。そんな頃、ジャックは新生ホイールオブフォーチュンを手に入れる。
資料を調べていたカーリーは、その中にミスティの名前を見つける。早速、ミスティに会いに行くカーリー。しかし、弟をアキに殺された、というミスティはアルカディアムーブメントには近付くな、とカーリーに忠告する。しかし、カーリーはその忠告を無視し、アルカディアムーブメントに潜入する。呆気なくディヴァインに見つけられ、デュエルを仕掛けられ、敗北するカーリー。だが、D・カーリーとなって復活し、ディヴァインに闇のデュエルを挑むのであった。今度は逆に、D・カーリーの熾烈なデュエルにディヴァインが苦戦する。
D・カーリーとディヴァインがデュエルを繰り広げる一方、D・ミスティとなった彼女は、アキにデュエルを挑む。ふたつのデュエルは、童実野シティ全体に影響を及ぼすエネルギーを放つ。訝る遊星、ジャック、ゴドウィンら。そして、そのエネルギーに導かれるように、氷室やジャックらがアルカディアムーブメントビルに集まってくる。そのデュエルの激しさに唖然とする一同。やがて、D・ミスティは地縛神"コカライア"を召喚する。同時に、4人のシグナー達の痣が一斉に疼く。巨大な心臓が空に浮かび次々と人魂を飲み込んで行く。
Dカーリーとディヴァインのデュエルが続く。ついに地縛神"アスラ・ビスク"を召喚するDカーリー。そして、アスラ・ビスクに破れるディヴァイン。アキとの勝負を預け、Dミスティも去って行く。崩れるアルカディアムーブメントビル。傷付き童実野病院に収容されたアキ。そこへアキの両親・十六夜英雄と節子がやってくる。昏睡状態のアキを見つめるふたり。同じくジャック達も。ジャックが呟く。アキを救えるかもしれないのは不動遊星、と。英雄は遊星のもとを訪れ、アキを救って欲しい、と頼むと同時に、過去の経緯を語り始めるのだった。
かつて、覚醒したアキの姿を見た英雄は思わず"バケモノ"と呟いてしまった。だが、時すでに遅く、その呟きはアキの耳へ届いてしまう。深い失望を覚え、両親との間には修復しきれない溝が生まれてしまったアキ。そんな彼女へ近付いて来たのがディヴァインであった。だが、そんな経緯を知った遊星は必死にアキの閉ざされた魂を解放しようと、あえてデュエルを挑む。憎悪を込めたアキのデュエルは苛烈を極め、果てることを知らない。だが、あきらめることなく、アキの心に迫ろうと、遊星はデュエルをやめることはなかった。
憎しみを込めたアキの遊星へ対するデュエルは容赦がなかった。そんな激しいデュエルの中へ自ら飛び込んで行くアキの父親・英雄。必死になって過去の過ちを詫びる英雄に、アキは次第に、心のわだかまりを解いていく。こうして絆を深めたアキと遊星達。しかし、深影によってアルカディアムーブメントの実態を知らされ、アキは深いショックを受ける。さらに、そんな彼らをゴドウィンは自らの元へ招くのであった。そして、ゴドウィンは赤き竜の秘密とシグナーとダークシグナーの長く深い因縁について語り始める。
ゴドウィンは語り続ける。シグナーとダークシグナーは、光と闇、完全に対をなす存在である、と。そして、今、迫りつつある危急存亡の事態を救えるのは、ダークシグナーを倒せるシグナー、遊星達である、と告げるのだった。遊星は、ダークシグナーになった鬼柳京介の正体を尋ねる。答えは、彼はすでにこの世の者ではない、すなわち死者である、ということであった。衝撃を受ける遊星。だが、これから始まろうとしているダークシグナーとの戦いに悩み苦しんでいるのは遊星だけではなかった。アキも、龍可も、そして龍亞も。
ダークシグナーを倒そうと単独行動をとるクロウの前にイエーガーが現れる。二人は互いに激しいデュエルを仕掛け一歩も譲らない。すると突然、大地が鳴動を始め、イエーガーは、デュエルを中断させる。そしてクロウに、この場から早く立ち去るよう警告し、姿を消してしまうのだが・・・。
大地の鳴動と共に、不気味な黒い霧が立ち上がり、サテライトにジワジワと広がっていく。その霧に飲み込まれ、溶けるように消えていく人々を、モニターで見ていた遊星たちであったが、ゴドウィンが呟いた「遊星を運命が導いている」という言葉を受け、早速、牛尾の操縦するヘリコプターに乗り込む。やがて、遊星はマーサの家の前にヘリコプターを着陸させ、ひとときの平安の時間を過ごすのだが・・・・。
遊星達の安息の時間は長くは続かなかった。彼らの前に稲妻と共に、蜘蛛の痣を持つ男・ルドガーが現れたのだ。早速、遊星とのデュエルを始めるルドガー。それを見守るアキ。激しいデュエルを繰り広げるなか、ルドガーは、地上絵に入り込んでいたシグナーではない子供たちを盾にして、遊星に攻撃を仕掛けるのだった。地縛神に子供たちの魂を吸い取られる前に、デュエルを終えようと必死に応戦する遊星であったが・・・・。
激しいデュエルの最中、ルドガーは語る。かつて、不動博士の助手をしていたのは、自分と弟のゴドウィンである、と。それを聞き、衝撃を受ける遊星。さらに、ダークシグナーも姿を現し、それぞれの"宿星"に従って、シグナーとの決着をつけることを宣言し、去っていく。一方その頃、子供達を救おうとしていたマーサは魂を吸い取られてしまう。マーサや仲間を失い、悲しみにくれる子供達を目の当たりにした遊星は、ダークシグナーとの決着をつけることを強く決意するのであった。
それぞれが持っているシグナーとしての"宿星"に従って、遊星たちは、それぞれの戦いへ出発していく。その道中、突如、激しい光と共に龍可が消えてしまい、必死に探す龍亞と牛尾。そんな彼らの前に、猿の地上絵の痣を持つ男・ディマクが現れる。そして、龍可に代わって龍亞がディマクとのデュエルを始めるのであった。その頃、龍可はクリボンと共に精霊の世界を彷徨っていた。そこで不思議な子供達を見かけのだが・・・。
ディマクと激しいデュエルを繰り広げる龍亞。やがて、ディマクは猿魔王ゼーマンを出現させる。その頃、ポヤールの森でレグルスと出会った龍可は必死に説得を続けていた。エンシェントフェアリーとの約束で精霊界を守りにきた、と。しかし、カースドニードルの影響で龍可の言葉は、レグルスには反対の意味に聞こえてしまう。そこへレグルスを追ってきた兵士が現れ、彼らの交わす会話を聞くうちに龍可の頭の中で何かが閃くのであった･･････。
龍可の機転で、レグルスの呪いも解くことができた。さらに、エンシェントフェアリーがゼーマンによって岩山に封印されていることを知った龍可は、ゼーマンを倒すため、その城へと向かう。魔導師を名乗り、ゼーマンの城に潜入した龍可、トルンカ、レグルスは、言葉巧みにゼーマンに自分たちを信用させようとする。そしてついに、ゼーマンをうまく騙して、エンシェントフェアリーの呪いの封印を解かせようとするのだが･･････。
精霊界のゼーマンは、マイナスの呪いはディマクの元へ送られる、という言葉を残して消えていった。その言葉通り、ディマクは精霊の魂を生贄に自縛神・クシルを降臨させた。龍可はトルンカの力で元の世界へ戻ってきた龍亞と力をあわせディマクと戦う。ディマクはエンシェントフェアリードラゴンを龍可に差し向けるが、逆に、エンシェントフェアリードラゴンと龍可が力をあわせクシルとディマクを倒すのであった。精霊界の平和は戻り、共に戦う決意を表すエンシェントフェアリードラゴンと龍可、龍亞であったが･･････。
ルドガーによってダークシグナーにされたボマー。一方、ダークシグナーに子供達を消されてしまい、復讐に燃えるクロウ。そんなふたりがついにデュエルを始める。しかし、シグナーでないクロウはダークシグナーとなったボマーに苦戦を強いられる。駆けつけた遊星はふたりのデュエルを一度は止めに入るものの、クロウの想いを聞き思いとどまる。その想いとは、デュエルモンスターズから学んだことを同じ境遇にあった子供達に伝えたかったというものだった。そして、決意も新たにボマーに挑むクロウだったが･･････。
ボマーとクロウの激しいデュエルは続く。一進一退のデュエルが繰り広げられるが、クロウもあきらめない。そんなふたりの様子を見つめる遊星。ボマーはジャイアントボマーエアレイドを駆使し、クロウを攻撃する。ブラックバードを弾き飛ばされ、クロウも肋骨を折る重傷を負う。それでも立ち上がり、最後の１手でボマーに攻撃を仕掛け、ついにボマーのモンスターを全て破壊するのだが・・・・・。
ボマーはついに地縛神"チャク・チャルア"を降臨させ、クロウとの最後の勝負に挑む。しかし、地縛神の中に自分の故郷や弟妹達の姿を見たボマーは全てダークシグナーの仕業だということを悟り、自らクロウに破れ、弟妹達を解放し、消えていくのであった。ふたりの戦いを見届けた遊星は鬼柳のもとへ向かう。クロウや龍可達が様々な想いを馳せる中、いよいよ鬼柳と対峙する遊星。早速、ラストデュエルを開始するふたりであったが･･････。
遊星と鬼柳の激しいデュエルが続く。暴走する鬼柳に対し、クロウやジャックは仲間のもとを去ってしまう。遊星ひとりが鬼柳を想って残るが、鬼柳の暴走は止まらず、ついに、セキュリティーを襲いはじめる。だが、逆にセキュリティーに捕われてしまい、それが全て遊星の仕業だと思い込んだ鬼柳は、遊星を苛烈に責めあげていく。それでも遊星は、鬼柳の心を信じてその攻撃に耐えるのであったが･･････。
鬼柳は地縛神"コカパクアプ"を降臨させる。過去を悔いながら、何とか鬼柳の心を解き放とうと必死に戦う遊星は、セイヴァー・スター・ドラゴンを召還し、ついに鬼柳を撃退する。仲間の最期を見届け、ダークシグナー撃退に新たなる決意を燃やす遊星。その時、ルドガーに操られた牛尾が、旧モーメントへこい、と告げる。それを聞いた遊星は、例え罠だとしても旧モーメントへ行く、と出発していくのだが･･････。
旧モーメントへやってきた遊星達。そこで待ち受けていたのは、予想通り、ルドガーであった。早速、デュエルを開始する遊星とルドガー。闘いの中で、ルドガーは17年前の事実を語り始める。それによれば、遊星の父である不動博士は、モーメントを完成させるのに不可欠な新粒子"遊星粒子"を発見し、その助手をしていたのがルドガーとレクスだったというのだ。はたして、ルドガーの語る悲劇の内容とは・・・。
17年前、遊星の父・不動博士の助手をしていたルドガーとレクス。博士の発見した"遊星粒子"は、ルドガーをダークシグナーに変え、ネオ童実野シティに甚大な被害をもたらした。それを聞いて衝撃を受ける遊星。しかしルドガーは、さらに、日没までに四つの塔の制御装置を作動できなければ"冥界の王"が復活すると告げるのだった・・・。
ルドガーとのデュエルの結果、モーメントの深層部へ落ち、冥界で亡者達に囲まれてしまった遊星。だが、そこへ一条の光が差し込み、亡者達は姿を消していく。その光はやがて人影へと変わっていくのだが・・・。
『蜥蜴の塔』に向かうアキ。待ち受けていたミスティはアキに過去の悲劇を語りはじめる。一方、アキを追っていた遊星は、セキュリティを名乗る男と遭遇する。
「弟を殺された復讐を果たす」と、激しい攻撃を仕掛けてくるミスティだが、アキには全く身に覚えがない事だった。 そんな中、セキュリティを名乗る男の正体がディヴァインだった事が判明する。 ディヴァインの力により、マインドコントロールされてしまったアキは、ついにサイコパワーを発動させてしまう。 ２人の戦いを阻止すべく、ディヴァインと対峙した遊星は、彼の言葉からある事実に気付く。 ミスティの弟を死に追いやったのは本当にアキなのか！？その真相とは・・・
サテライトにある旧モーメントからコンドルの地上絵が現れると共に、大地が鳴動し始める。そこへジャックとクロウが現れ、一同が揃ったのも束の間、"冥界の王"が出現し、シティを目指して動き出してしまう。『赤き龍』の導きにより、レクス・ゴドウィンのもとへと向かった遊星たちは、「シグナーとダークシグナー」の二つの力を得たレクスに、「冥界の王」を迎える儀式として、シグナーを生贄にするライディング・デュエルを行うと宣言される。 遊星、ジャック、クロウによる最後の戦いが、今始まる！
遊星・ジャック・クロウvsゴドウィンの激しいデュエルが続く中、赤き龍の痣はゴドウィンに移ってしまう。痣が消えても遊星達は仲間との"絆"を信じ、それぞれの攻撃をチェーンさせ、三人の力をあわせてゴドウィンに立ち向かう。しかし、自らを「究極の神」と名乗るゴドウィンは太陽龍インティと月影龍クイラを巧みに使い、懸命の攻撃もかわしてしまう。 そしてついに最強の地縛神ウィラコチャ・ラスカが召喚される！！ 熾烈を極める最終決戦の行方はいかに！？
ゴドウィンはついに地縛神"ウィラコチャ•ラスカ"を召還し、地縛神と冥界の王は互いに呼応し合う。そんな中、ゴドウィンと遊星、ジャッ ク、クロウのバトルにアキと龍可が参戦し、さらに総力戦の様相を呈するデュエル。ゴドウィンは、ジャックに対し執拗に揺さぶりをかけ、苛烈な攻撃を仕掛ける。果たして、ジャックはこの攻撃に打ち勝つことができるのか？そして遊星たちの運命は･･････!?
ゴドウィンとの激しい戦いから半年後、ネオ童実野シティは大きな変化を遂げていた。シティとサテライトの境界がなくなり、人々の心は街の復興に向けてひとつになり始めていた。そんな時、治安維持局ではイエーガーが新任の長官の到着を今や遅しとイライラしながら待っていた。そこへシティ郊外に巨大な隕石が落下したという報告が入り、急いで現場へ向かうのだが・・・・。
謎のＤ・ホイーラー「ゴースト」にＤホイーラー達が次々と襲われる事件が起きた。事件解決の協力を遊星達に依頼にくる牛尾だったが、マシンの開発にかけているクロウに断られてしまう。 仕方がなく、自ら囮になってゴーストに挑んだ牛尾は、逆に重傷を負わされてしまった。 それを知った遊星がゴーストと対決することに。５体の合体モンスター「機皇帝ワイゼル」を召喚し、攻撃をしかけてくるゴーストに対して、スターダスト・ドラゴンで対抗するのだが・・・。
ゴーストとの激しいデュエルの結果、機皇帝ワイゼルを殲滅した遊星。ゴーストの元に駆け寄ると、そこにはセキュリティが開発中のライディングロイド、すなわちＤホイールの違反を取り締まるロボットの姿があった。 数日後、遊星の前にひとりの老人が現れる。老人が言うには、ちょいとネジを締め直してほしいものがある、という。訝る遊星であったが老人の頼みを引き受けることに。果たして、老人の言う「ネジを締め直してほしいもの」とは・・・・・・？
遊星、クロウ、ジャックはマーサの養護施設にやってきた。その3人を子供達と雑賀が出迎える。そこへ、マーサとシュミットもやってくるが、どうやら何か困っている様子。その原因は、ひとり暮らしの頑固な老人をここへ連れて来たいのだが、承知してくれないことだという。早速、その老人の説得に向かう遊星達だったのだが・・・・・・。
長屋の一角で、ガロメとその手下達は非道な借金の取り立てを行っていた。手下が持ってきた数枚のカードの中から、ガロメはレアカードを自らのポケットへ仕舞い込んだ。 一方、今日もDホイールの改造に余念のない遊星のところへ、マルコが修理を依頼していたパソコンを取りにくる。一生懸命に働くマルコの姿に感心する遊星。そこへ赤字を嘆くクロウが現れる。ジャックは赤字をよそに "いつものところ"に出かけているというのだが･･････？
濃い霧に覆われた深い森の中。龍亞、龍可、天兵が森の奥を目指していた。時折、鳥の鳴き声が響き渡ると、腰が抜けそうになる龍亞。そんな龍亞の姿を見て、引き返すことを提案する天兵。しかし、龍可の手前、強がってさらに森の奥へと進んで行く龍亞。 龍可は霧の先に何かがいる気配を感じていた。龍可を心配し、クリボンやレグルスがその行く手を止めようとするが、龍可は気付かない。この森の奥に潜むものとは･･･？
暗がりの中で気が付いた遊星は、自分がどこにいるのか解らず手探りで周囲の状況を把握しようとする。どうやら車の中に捕らえられてしまったようだ。 何が起きたのか思い返してみると、男が修理を依頼してきたと同時に、その男の仲間と思われる者が数人現れ、突然木刀で殴られ気を失った事を思い出す。そこへ男の声が流れてくる。その男が話した内容とは･･････!?
深影と遊星を気遣うアキの活躍によって脱出した遊星。しかし、そんな自由も束の間、遊星の前に謎のDホイーラーが立ち塞がり有無を言わせずデュエルを仕掛けてくる。 そんな中、謎のDホイーラーは"シェリー"と名乗った。彼女の目的は遊星を自分のチームに引き抜くことだという。その様子を見たアキは、ふたりに不思議な感覚を覚えるのだった。そして、デュエルの中でシェリーの真の目的が語られたのだが･･････。
シェリーに「何のためにデュエルをしているのか」と問いかけられた遊星は、機皇帝ワイゼルとのデュエルを夢に見た。 シンクロ召喚を封印しなければ、機皇帝ワイゼルを倒す事はできない・・・。夢の中からヒントを思いついた遊星は、ジャックにデュエル申し入れる。果たして、遊星の新しい戦術とは・・・・・・？
シンクロ召喚を封じて、ジャックとのデュエルを繰り広げる遊星。何とか新たな戦術を見出そうとするのだが、ジャックは「デュエルは力が全て！」と言い切り、デュエルを中止してしまう。 そして、ワールド・ライディング・デュエル・グランプリのプレミアムイベント開催の日。多くのデュエリストの集まる会場に遊星達もやってきていた。そこで出会った覆面レーサーが、機皇帝ワイゼルと互角に戦える新たな戦術を教える、と言うのだ。その戦術とは・・・・・・!?
アクセルシンクロの秘密は全貌が明かされないまま、覆面レーサーは再会を期して去っていった。 そんな遊星達の心のやり取りを目の当たりにしてきたアキは、自らも遊星が感じているライディングデュエルの世界を知りたいと強く思うようになり、ライディングデュエルのライセンスを取ることを決意する。 しかし、ワールド・ライディング・デュエル・グランプリ開催を前に、ライセンス取得はかなりの難関になっていた。果たして、アキはライセンスを取得することができるのだろうか・・・・・・？
ワールド・ライディング・デュエル・グランプリの開催が発表されたネオ童実野シティでは、Ｄ・ホイールの需要が増えた為、Ｄ・ホイール盗難の被害が相次いでいた。セキュリティは窃盗団の情報に懸賞金まで掛け厳重に警戒していたが、窃盗団は警戒網を巧妙に逃れていたのだった。 そんな中、ジャックは窃盗団の犯行現場に遭遇、その一人を捕らえるが、実はその男はセキュリティの潜入捜査官であった。自分のミスで潜入捜査官に怪我を負わせてしまったジャックは責任を感じ、一人窃盗団のもとに向かう。だがジャックを待ち構えていたのは窃盗団のワナだった！！
隕石がネオ童実野シティに再び落下した。遊星は隕石の落下とゴーストの因果関係を疑っていた。 そして、新たな石版が届いたのをきっかけに、ルチアーノが動き出す・・・彼の狙いは、龍可のエンシェント・フェアリー・ドラゴンを奪うこと。デュエルアカデミアに転校生として潜り込んだルチアーノは、さっそく龍可へと近づいていく。一方、龍可に親し気に話しかけるルチアーノを警戒する龍亞は・・・・。
龍亞と龍可が戦っていた相手はなんと「ルチアーノ」だった。その凶暴な本性を現したルチアーノは"機皇帝スキエル"を召喚する。 龍可はエンシェント・フェアリー・ドラゴンを召喚して対抗するも、それすら機皇帝に吸収されてしまう。 その頃、腕の痣の痛みで龍可の危機を知った遊星達は急いで二人の元へと向かうが・・・絶体絶命の龍亞・龍可に勝利への方策は残されているのか！？
ジャックとクロウは、遊星が開発しているニューエンジンのことを案じていた。それは思うように進まず、開発できなければWRPGで苦戦を余儀なくされることを意味していた。そして、二人は遊星のことを本当に理解しているのかと思い巡らせる。ルドガーとの戦いで、抱えている悩みを露呈した遊星。彼の「心の闇」を本当に受け止めてやれているのか・・・。そんな時、三人のもとにある知らせが届く。
牛尾と深影から食事の招待を受ける遊星とジャック、クロウ。牛尾たちのらしからぬ行動の真意を問い詰めると、頼みがあると切り出してきた。それは、記憶を失った青年の面倒をしばらく見てほしいというものであったが、遊星とジャックは即座に断った。 その場をあとにして、地下駐車場にやってくると、ジャックのDホイールを勝手にいじっている謎の男を見つける。・・・その男の正体とは？
苦心して作り上げたプログラムをイェーガーに盗まれてしまった遊星達は、プログラムの奪還を誓う。 一方、イェーガーはプラシドと連絡を取っていた。プラシドはイェーガーにプログラムを届けるよう命じる。不本意ながらも命令に従い、治安維持局を出るイェーガー。だが、遊星達に追われている事に気付いたイェーガーは行き先を変え、遊星達と対峙するのだが・・・・・・。
イェーガーを追って、廃工場に潜入した遊星。そこで、プラシドの仕掛けた罠によって、遊星の戦績をインプットされたガードロボとデュエルをすることに。遊星は、必死に攻撃を仕掛けるものの、過去のパターンから手の内を読まれ、次々とかわされてしまう。 そんな中、時限爆弾のタイマーが作動し始める。追い詰められる遊星は・・・。
イェーガーの協力とスターダスト・ドラゴンの力でガードロボを倒し、廃工場からの脱出に成功する遊星達。 辛くも危機を乗り切った遊星達であったが、ある朝、セキュリティの来訪を受けたジャックは何のことか解らないまま本部に連行されてしまう。 深影と牛尾の元を訪れた遊星達は、信じられない映像を見せられる。そこにはジャックのホイール・オブ・フォーチュンに乗り、レッド・デーモンズ・ドラゴンを操るＤ・ホイーラーが次々と他のＤ・ホイーラーを大破させている様子が映し出されていた。それを見た遊星達は何かを思い出すのだが・・・・・・。
自らの汚名を返上するために、治安維持局から脱走したジャック。そして、偽ジャックと対峙し、激しいデュエルを繰り広げた。しかし、一瞬の隙を突かれ、偽ジャックに敗北してしまう。 ジャックの安否を気遣う遊星たちは、カーリーの取材からジャックのホイール・オブ・フォーチュンが２台あったことをつきとめ、ジャックの偽者の存在を知る。偽ジャックの正体は何者なのか！？遊星たちは偽ジャックを見た現場に向かい、「トラスト・ガーディアン」のカードを見つける。これは本物のジャックに持たせたはずのカード・・・。彼はどこへ・・・？ そんな一同の想いを嘲笑うかの如く再び偽ジャックがハイウェイに姿を現すのだった！
カラクリ時計を見上げてため息をつくゾラ。 町内の会合で、止まったままのカラクリ時計を新しいものに変えることが決まってしまったのだと言う。 そんな折、遊星たちのガレージにゾラの息子レオが現れた。 父の作った時計を直すため、修行の旅から帰ってきたというが、どうも様子がおかしい。 ゾラのもとに行き、時計を直してやると大見得を切るレオをゾラは冷たく追い返す。その理由とは・・・。
荒野の中を遊星のＤホイールが疾走する。やがて、デュエルディスクが縛りつけられている墓標のような杭を見つけた。その時、赤いスカーフをした男達に追われている作業員達を目撃した遊星は、彼らの前に飛び出した。 「この町じゃデュエリストは大歓迎だ」と言われるが、遊星は心の中で『俺は友を取り戻すためにやってきた！』と言い放つ。
暴力と無法、そしてデュエルに支配されているクラッシュタウン。その町はマルコムとラモンの二大勢力が牛耳っている。そのラモンに雇われ、生気のない瞳で黙々とデュエルをしていたのは鬼柳だった！そんな鬼柳の姿を見て衝撃を受け、何とか彼を救おうと考えた遊星は、あえて鬼柳と敵対している側に雇われる。そして、バーバラと共にある作戦を立て、遊星自身が鬼柳とデュエルを行うことに。大勢の人々の見守る中、ついに遊星と鬼柳のデュエルが始まる！！
ラモンやマルコムを始め、大勢の人々が見守る中、遊星と鬼柳のデュエルが続く。鬼柳は遊星に負けることでデュエルから解放されることを望んでいた。だがデュエルを裏切れない鬼柳は、エースモンスターである「インフェルニティ・デス・ドラゴン」を召喚し遊星に迫ってくる。一方、遊星は何とかこの状況から鬼柳を救い出す作戦を決行するために、必死にデュエルを続ける。そして、ついに遊星は鬼柳を倒すのだった。隙をついて作戦を決行しようとしたその時、仲間のはずのバーバラが不審な行動をとるのだが・・・・・・!?
バーバラにショックガンで撃たれて身動きのとれない遊星。実は、バーバラの正体はマルコムの仲間だったのだ。 鉱山に送られてしまった遊星たち。機転を効かせ鬼柳と共に脱出するが、デュエルに敗れ鉱山に送られて亡くなった人たちの墓地を目にする。全て自分のせいだとショックを受ける鬼柳。そこへウェストとニコが現れた。２人の父親も鉱山に送られたことを知り、皆の救出を決意する遊星。しかし追ってきたロットンがその前に立ちはだかる！
鉱山へ向かおうとした遊星の前にロットンが立ち塞がりデュエルが始まる。 鬼柳に連れられたウェストとニコは、偶然、父親・セルジオと再会し共に鉱山脱出を試みる。執拗に追いかけてくる監視員によって絶体絶命のピンチに陥るが、お互いの力を合わせて何とか切り抜ける。その中でセルジオの語る言葉に何かを感じる鬼柳。 一方、遊星とロットンのデュエルは一進一退の攻防戦を繰り広げていた！！
セルジオの犠牲によって、ピンチを脱する鬼柳達。父親の死を目の当たりにしたニコ、ウェストを励ましながら鬼柳は追手を振り切り、遊星と合流する。だが、ロットンによって遊星と鬼柳は険しい崖下へと突き落とされてしまう。 そして、ロットンは兄であるマルコムを陥れ、バーバラと共にタウンの実権を手に入れる。そんなロットンの前に遊星と鬼柳が再び立ちはだかる。ついに、ロットンVS遊星・鬼柳のタッグデュエルの幕は切って落とされた！ロットンの激しい攻撃に遊星たちは・・・・・・!?
バーバラやファミリーが見守る中、遊星・鬼柳VSロットンのデュエルは続く。鬼柳は死闘の中で、自分を信じる者へ応えるために、新たなデュエルをし続けることをさらに強く決意する。しかし、ロットンの鬼柳への攻撃の手は緩むことがなかった。 両者の死力を尽くしたデュエルを目の当たりにしたファミリーの間に動揺が走る。そして、 ついに遊星・鬼柳VSロットンのデュエルがクライマックスを迎えるのだったが！？
クロウとジャックの協力により、卑怯なロットンとバーバラを打ち砕くことができた遊星達。鬼柳はクラッシュタウンを復興するため街に残ることを決意し、再び遊星達と別れることに。 一方、治安維持局に爆弾を仕掛けた、という連絡が入る。それは自らの持つカードの秘密を治安維持局のスーパーコンピュータを利用して探ろうとするシェリーとミゾグチが仕掛けた罠だった。それに気付いた遊星はふたりを追うが、行く手にミゾグチが立ち塞がる！
ブルーノがシェリーに協力し、治安維持局のスーパーコンピューターでシェリーのカードを解析したが、そのカードからは何も発見する事ができなかった。 その頃、クロウが旧友であるピアスンの墓を訪れると、治安維持局の牛尾と深影が犯人の手がかりを持ってやってきた。クロウはその死の真相を探るため、同じくピアスンのもとで働いていたボルガーを尋ねる。そして、ボルガーの口からは衝撃的な事実が語られた・・・・・・！
ピアスンの生き方に敬愛の念を抱いていたクロウは、その死の謎を解くために、ボルガーにデュエルを挑んだ。ボルガーを破るために、次々とカードを繰り出すクロウであったが、旧知のふたりはお互いの手の内を存分に知っていた。 そして、一気に勝負にでたボルガーはなんと、ピアスンを殺した犯人がもっていたはずの「ブラッド・メフィスト」を召喚する。いったいなぜボルガーがこのカードを・・・？
ボルガーとの死闘を乗り越え、その胸にしっかりとピアスンの想いを抱いたクロウ。一方、ボルガーの命を受けたボルガー＆カンパニーのスタッフの協力によって、着々とWRPGに向けての準備を整えていく遊星達。チーム名も"チーム・5D's（ファイブディーズ）"と決まり、大会に備える一同であった。 そんな矢先、初戦の相手である"チーム・ユニコーン"のアンドレとデュエルをすることになった遊星だったが・・・・・・!?
プラクティスタイムにおける偶然を装って仕組まれた遊星とアンドレのデュエルには、恐るべき陰謀が隠されていた。 その事に気づくことなく、遊星は正面からデュエルに挑むが、アンドレの天性のカードプレイングセンスに徐々に追い込まれてしまう。 そこへ自らのモンスターを破壊する、というさらなる奇策をもって挑んでくるアンドレ。 果たして、この前哨戦の行方は・・・・・・？
ＷＲＧＰに向けさらなる調整に入った「チーム・5D's」であったが、クロウがトレーニング中の事故から大会に出場できなくなってしまう。代わって出場することになったアキはクロウの熱い想いを背負って大会に臨む。 ついにＷＲＧＰの予選がスタート。遊星たち「チーム・5D's」初戦の相手はなんと「チーム・ユニコーン」。練習試合でパワーデッキを使い、力押ししてきたアンドレに対抗するために「チーム・5D's」は第一走者ジャック、第二走者アキ、第三走者遊星という布陣を組む。そして幕を開けたジャックｖｓアンドレの戦い。スタート直後、ルールすれすれの加速で先攻を取りにくるアンドレ。その真意とは・・・・！？
先を読んだアンドレ達は思惑通りのデュエルを展開し、ジャックはアンドレに敗れてしまった。 周回遅れの数が増せば、チーム・５D'Sは棄権と見なされてしまう。しかし、ジャックはデュエルの衝撃で故障したホイール・オブ・フォーチュンを押してピットに戻り、なんとか第二走者であるアキにつなげる。 アキＶＳアンドレ。アキは速攻をしかけ、アンドレのライフを削って行くが・・・！？
アンドレと死闘を繰り広げたアキだったが、チーム・ユニコーンの巧妙な作戦に敗北を喫してしまう。しかし、アキは秘策を実行し、遊星に"スターダスト・ドラゴン"のカードを残していく。そして、ついに遊星がバトルのフィールドに立つ。優勢のアンドレに対し、まずはマックス・ウォリアーを召喚する遊星。果たして、遊星はどんな作戦で攻めていくのか・・・・・・？
圧倒的に不利な状況から、からくもアンドレに勝利した遊星。 次なる対戦相手は、人並みはずれた記憶力で遊星の攻撃パターンを熟知しているブレオ。 かつてブレオは自らの力に溺れていたが、アンドレやジャンと出会うことによって己の力を知ったという過去があった。 アンドレとの対戦で大ダメージを受けてしまった遊星は、ブレオの戦術に苦戦を強いられてしまう。 だが遊星は守勢に回ることなく・・・！？
チーム力を信じたブレオの攻撃に翻弄された遊星だったが、なんとかそれを破り、ついに遊星とジャンのデュエルが始まる。 チームの頭脳とも目されるジャンは激しい攻勢で相手のデッキ切れを狙う。必死に応戦する遊星。その一進一退のデュエルを目の前に、ジャックを始め一同も息を飲む。そして、ついに遊星は究極のモンスター・波動竜騎士"ドラゴエクィテス"を召喚するであった。総力戦の軍配はいったいどちらに！？
壮絶なデュエルの末、なんとかチーム・ユニコーンを破り予選一回戦を突破した遊星たちチーム５Ｄ'ｓ。 今回のデュエルで遊星は様々なことを学んだのであった。 ジャンたちと今後のお互いの活躍を誓い合った後、ガレージで祝勝会を開き、これまでの苦闘を振り返る遊星達。しかし、その勝利はこれから始まる死闘の第一歩に過ぎなかった。 はたして遊星たちが向かう先にいる敵の正体とは・・・？
遊星たちの次の対戦相手が、チーム・ユニコーンをクラッシュさせて勝利したチーム・カタストロフに決まった。 遊星達は戦いに向けチーム・ユニコーンの不可思議なクラッシュの原因を必死に探る。 一方、アキは次の戦いに向けライディングテクニックを磨こうと、ひとりで練習に励んでいた。しかし、原因不明のクラッシュにより意識不明の重体となってしまう。アキの仇を討つと怪我を押して出場することになったクロウ。チーム５Ｄ'ｓＶＳチーム・カタストロフの戦いが幕を明ける。
チームユニコーンのメンバーが連続でクラッシュした原因は、タイヤがロックされたからだった。しかし、どんな方法でロックが仕掛けられたのかわからないまま、予選 第２戦チームカタストロフとのデュエルが始まってしまう。初戦はクロウVSヘルマン。肩の傷が完全に癒えていないながらも、仲間の敵を討つ為に必死に立ち向かうクロウ。ヘルマンは不可思議な物理攻撃を次々と仕掛けてくる。はたしてクロウは敵の攻撃の秘密を見破り、勝利を手にすることができるのだろうか？
辛くも勝利を手にしたクロウ。第2戦はジャックVSニコラス。ニコラスは闇の力を使った攻撃を仕掛けてくるが、ジャックが勝利し、チーム5D'Sの決勝進出が決定した。 一方、ＷＲＧＰ会場では、突如現れた大量のゴースト軍団によって大混乱に陥っていた。遊星たちは何とか事態を収拾しようとゴースト軍団のもとへ急ぐが、そこで目にしたのは圧倒的な数のゴーストにバトルロイヤルを強いられ、次々とクラッシュに追い込まれるＤホイーラーたちの姿だった。 遊星たちは、ゴーストの暴走を止めるため、ジャック達、さらにはシェリーとともに、そのバトル・ロイヤルに乱入するが・・・。
ミゾグチに続き、シェリーもゴースト軍団に敗れてしまい、とうとう遊星はゴースト軍団に追いつかれてしまう。そんな絶体絶命の遊星の前に現れたのは、あの覆面レーサーだった。レーサーに導かれるように加速していく遊星。しかし、そんなふたりを怒りに燃えたプラシドが追ってくる！
シティを混乱に陥れ、遊星を倒そうとするプラシド。その行為はイリアステル＝神の意志 によるものだという。そしてＤホイールと合体し、Ｄホイールの最終進化形態で戦う。そんなプラシドに、遊星はシンクロ召喚によるジャンクデストロイヤーで挑む。さらに機皇帝を破壊すべくカードを仕込んでいく。一方、落雷の中、ビルの灯りが次々と消えていき、シティが停電になった。ジャックや風馬たちは"シティにいったい何が起きようとしているのか"といぶかしむ。そして入院中のアキは、遊星がシティを護るために戦っていることを知る・・・・・・。
遊星とプラシドの戦いは続く。奪われたスターダストを取り戻さない限り、機皇帝を倒すことはできない遊星。ギリギリのところで命懸けで戦う遊星の痛みは、ジャックや龍可やクロウにも伝わってきた。 しかしその時、巨大な竜巻が発生し、遊星もスターダストもシティさえも飲み込んでいった。アキにつきそって病院にいたハルカも、その強風で窓の外に飛ばされてしまう！ アキはサイコパワーに頼らず、ハルカを救おうとするが・・・・・・。
遂にアクセル・シンクロに成功し「シューティング・スター・ドラゴン」を召喚した遊星。鉄壁の防御を誇る機皇帝に対し、「シューティング・スター・ドラゴン」の驚異のモンスター効果を駆使して反撃する！・・・そして遊星の前に現れるホセとルチアーノ。彼らは自分達がＷＲＧＰを混乱に陥れた目的を語り出す。その衝撃の真実に遊星は・・・・・・
かつてダークシグナーとして遊星たちに敵対したボマーは、ナスカの地で平穏に暮らしていた。だがある夜、ボマーはジャックがレッド・デーモンズ・ドラゴンに殺される夢を見る。不吉な予感に捉われ、ジャックを呼び寄せるボマー。一方、己のパワーに限界を感じ、新たな戦い方を模索していたジャックは、ボマーの提案を受け入れ、遊星とともにナスカの地へ。久々に再会したボマーはジャックに忠告する。今までの戦い方では死ぬと。
「力に頼った戦い方をやめ、力の逆をゆく戦い方を探れ」とボマーに言われたジャック。ボマーの弟・マックスとのデュエルに苦戦したが、それでも「自分にはパワーで押す戦い方しかできない」と悩む。 そんなある日、ジャックは紅蓮の悪魔に仕えているしもべと出会う。紅蓮の悪魔は、何でも欲するものを与えてくれるという。ジャックは、何者をも打ち破る圧倒的な力を欲していた。 そしてそれを得るには、しもべとデュエルしなければいけないと言われ・・・・・・。
一万年前、赤き竜との闘いに敗れ、地下深く封印された邪神、紅蓮の悪魔＝スカーレッド・ノヴァの狙いは、ジャックの身体を乗っ取って蘇る事だった！ 力を欲するあまり、誘いに負けて紅蓮の悪魔のしもべと契約の儀式であるデュエルに挑んでしまったジャック。 あくまで力で戦おうとするジャックは、レッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚するが、墓地からのモンスターの再生、破壊、バトルの強制終了、相手プレイヤーへのダメージという鉄壁のコンボで応戦され、一方的にライフを削られてしまう。 勝利を求め新たな戦術に出たジャックは紅蓮の悪魔の思い通りにはならぬと宣言する・・・・・・！
カップラーメンの新製品入手のため、ジャックに駆り出された遊星たちは、同じくカップラーメンを手に入れようと姿を現した治安維持局副長官のイェーガーを見つける。イリアステルの謎を追うクロウは、イェーガーにそのことを尋ねるが、何の情報も得られないまま逃げられてしまった。 そこでクロウはカップラーメンのイベントでアルバイトをしてイェーガーを待ち伏せする。予想通りそこに現れたイェーガーは、クロウの挑発に乗ってデュエルを開始！デュエルの途中で、イェーガーの家族まで現れて・・・・・・！？
家族を守るため、戦いを決意したイェーガーは、遊星たちの前で治安維持局とイリアステルの関係について語り始めた。だがイェーガーの話は一家が小さなサーカス小屋を営んでいた事や、日々の食事にも事欠くありさまだった事など、いつまでたっても苦労話や武勇伝を聞かされるばかりでなかなか核心に触れない。しびれを切らしたシェリーが詰め寄ると、イェーガーはようやく一つの事実を思い出す。だがその詳細にアクセスするためには、詰めデュエルを解いてロックを解除しなければならないのだという。はたして遊星達は、正解にたどり着くことができるのか！？
遊星とブルーノ、シェリーは、イリアステルの手がかりを求めてモーメント・エクスプレス開発機構（通称ＭＥ）に潜入する。手がかりは見つからず、残る場所は物質転送装置インフィニティだけになった。ＭＥ所長の目を盗んで、ブルーノとシェリーはインフィニティにアクセスする。そのための時間をかせごうと、遊星はＭＥ所長にデュエルを申し込む。ＭＥ所長がデュエルを受ける条件として提示したのは、神経衰弱デュエル。そのデュエルにはとんでもない罠が仕掛けてあった・・・・・・。
イリアステルの謎を探るために「モーメント・エクスプレス」に潜入した遊星たち。しかし、ここまで潜入を許した事自体が所長であるクラークの陰謀であった！ イリアステルの真実を知った遊星たちは異次元転送装置「インフィニティ」の中に閉じ込められ、次元のひずみ"ワームホール"へと飛ばされてしまった。何とか脱出を試みる遊星たちだが、中の計器はまったく反応しない。このままでは、クラークの思惑通り遊星たちの存在自体が消滅させられてしまう！ はたして遊星たちはワームホールを脱出し、元の世界へ戻ることができるのか！？
イリアステルの三皇帝が歴史を改ざんし、デュエリスト"チーム・ニューワールド"としてＷＲＧＰに姿を現した。彼らの思惑通りにさせないため、何としても勝とうと練習に励む遊星たち。一方、龍亞は田舎からやってきてＷＲＧＰに出る"チーム太陽"の太郎たちと出会う。たった一台のＤホイールで出場する予定の太郎たちだが、それはゴーストに壊されてしまっていた。"チーム太陽"とのあいだに友情が芽生えた龍亞は、遊星にＤホイールの修理してもらうことを提案するが・・・・・・。
ＷＲＧＰ決勝トーナメントＢブロック初戦、遊星たち「チーム５Ｄ'ｓ」の対戦相手は、よりによって遊星たちがＤホイールを修理してあげた太郎たちの「チーム太陽」に決定した。「チーム太陽」の武器はたった一台の手作りＤホイールとノーマルモンスターばかりのデッキ。しかし、ここまで勝ち上がってきた彼らはただの弱小貧乏チームではなかった。チーム太陽など恐れるに足らず、と早々にレッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚し速攻で勝負を決めにかかるジャック。それに対して「チーム太陽」の吉蔵が召喚したのはノーマルモンスター「キーメンス」Ｌｖ１であった。その裏には思いもよらない戦略が隠されていた・・・！
チーム・５D'Sのファーストホイーラー・ジャックは速攻により、チーム太陽のファーストホイーラー・吉蔵を"レッドデーモンズドラゴン"でなんなく退けた。 だがチーム太陽は、セカンドホイーラーの甚兵衛も通常モンスターを召喚し、"手をつなぐ魔人"の効果で守備力を上げる作戦を続けてきた！なぜ守備を固めるだけで、攻撃をしかけてこない！？彼らの狙いはいったい・・・？ジャックは直感でターンを稼がれてはいけないと感じ、捨て身の攻撃を行うが・・・。
チーム太陽のラストホイーラー・太郎が登場した。守備表示モンスターを召喚し続け、ターンを稼ぐ彼らの秘策とは最強のモンスター「眠れる巨人ズシン」を呼び出すことだった。誰もが持っているカードでありながら、あまりの召喚条件の厳しさから、いまだ誰も召喚に成功したことのない最強モンスター「眠れる巨人ズシン」。チーム太陽の狙いに気づいた遊星は、クロウにレベル１の「キーメイス」を破壊するよう指示を出す。だが焦ったクロウはブラックフェザー・ドラゴンで・・・！？
太郎と遊星、ラストホイーラー同士の対決が始まった。太郎が召喚した「眠れる巨人ズシン」に追い込まれて行く遊星。神に匹敵する力と言われる「眠れる巨人ズシン」の攻撃力は常にバトルする相手モンスターの攻撃力プラス１０００ポイントになってしまうのだ。苦心の末スターダスト・ドラゴンを召喚するも、着実にライフを削られていく遊星。どんなカードもズシンの前では無力なのか・・・。観客の誰もがチーム５Ｄ'ｓの敗北を確信したその時、奇跡が起きる！己の限界を超えて・・・遊星のフィールドにアクセル・シンクロモンスター、シューティング・スター・ドラゴンが姿を現した！
チーム５Ｄ'ｓは、次の対戦相手チームラグナロクのメンバーと偶然出会う。 三極神を継承する者の証である「ルーンの瞳」をもつ彼らもまた、世界に危機が迫りつつあることを感じていた。 遊星たちはチーム・ニューワールドの企みを暴くため、ラグナロクの三人へ協力を呼びかけるが･･･。 そして神のカード"星界の三極神"に隠された物語とは？
チーム５Ｄ'ｓ ＶＳ チーム・ラグナロクの戦いが始まる。ファースト・ホイーラーはジャックとドラガン。過去に因縁のある二人の対決は、以前戦った時とまったく同じ手札でのデュエルに。そしてジャックがレッド・デーモンズ・ドラゴンで攻撃をしかけた時、ドラガンは以前、発動させることができなかったトラップカードを発動させる。そのトラップカードとは･･･。
互いのプライドを賭けて闘うジャックとドラガン。ドラガンの召喚した極神皇トールに、エースモンスターのレッド・デーモンズ・ドラゴンを破壊され、防戦一方となるジャック。ライフも９００まで削られてしまう。しかしジャックは、想像を超える神の力に屈する事無く、レッド・デーモンズ・ドラゴンにトップランナーとバリアリゾネーターをダブルチューニングして、スカーレッド・ノヴァ・ドラゴンを召喚する！
チーム・ラグナロクのセカンドホイーラーは、変幻自在のプレイを得意とするブレイブだ。ドラガンの置土産である極神皇トールを今度はブレイブが操り、難なくジャックを倒してしまう。続くチーム５Ｄ'ｓのセカンドホイーラーはクロウ。相手の裏をかくカードプレイングで、トリックスターの異名をもつ二人の激突に。極神皇トールを前に、圧倒的に不利な状況にあるクロウは、持ち前の意外な戦術で対抗するが・・・
似たところのあるクロウとブレイブの対決。ブレイブのもとには極神皇トールと極神皇帝ロキがいるが、対するクロウのモンスターはゼロ、ライフはわずか50。さらに神にはトラップ・マジックカードの効果が通用しない・・・圧倒的に不利な状況の中で、最後の力で戦うクロウ。次のターンにブレイブがスピードスペルを引いたら勝負が決してしまうという絶望的な状況で、クロウは襲いかかる神の攻撃をどのようにくぐり抜けるのか！？
遊星ＶＳハラルド。何とか守りを固めようとする遊星の戦略の上を行き、一気に３体目の神オーディンを召喚したハラルド。オーディンの効果を使い、３体の神で攻撃してくるハラルドによって窮地に追い込まれた遊星は、セイヴァー・スター・ドラゴンを召喚し何とか逆転を図ろうとするが・・・
遊星の起死回生の一手を読み切り、逆に反撃をしかけるハラルド。それに対し、なんとか神の攻撃をしのいだ遊星は、アクセルシンクロを成功させ、最後の切り札シューティング・スター・ドラゴンを召喚させる！シューティング・スター・ドラゴンＶＳ星界の三極神。はたして勝利の行方は・・・？
激闘を制し、チーム・ラグナロクに勝利したチーム５Ｄ'ｓ。長き戦いの末、ワールド・ライディング・デュエル・グランプリの決勝戦はチーム５Ｄ'ｓ ＶＳイリアステルの三皇帝ホセ、プラシド、ルチアーノたちのチーム・ニューワールドの対戦に決まった。決勝の直前、新聞記者のカーリーがチーム５Ｄ'ｓの取材に来た。インタビューを受けるうちに、はからずもみんなの絆を再確認するアキたちだった。さらにアキは、イリアステルと今度の対戦相手チーム・ニューワールドの関係、加えて彼らの企みをカーリーに語る。思いもよらない情報を得て、心から驚くカーリーだった。
いよいよ始まる決勝戦。 この戦いに勝利しなければネオ童実野シティが消滅してしまう事実を知った遊星たちは覚悟を決め、決勝戦へと向かう。敵はチーム・ニューワールドだ。ファーストホイーラーはジャックＶＳルチアーノ。ジャックは持ち前のパワー戦法で押し、シンクロキラーである機皇帝を警戒しつつも、切り札であるスカーレッド・ノヴァ・ドラゴンを召喚する。それに対し、ルチアーノは・・・！？
チーム５Ｄ'ｓとチーム・ニューワールドによる決勝戦。一番手のジャックは、スカーレッド・ノヴァ・ドラゴンで機皇帝スキエルを攻撃し、ルチアーノを撃破した。ルチアーノの後を受けたのは、機皇帝ワイゼルを召喚し挑むセカンド・ホイーラー、プラシド。勢いに乗るジャックはスカーレッド・ノヴァ・ドラゴンで対抗、逆に大ダメージを与える。お互いに一歩も譲らない激しい攻防が続く。ライフを大きく削られたプラシドは、なぜか反撃には出ずにカードを伏せターンエンドするのみ。はたしてプラシドの狙いとは？
ホセの操る機皇帝グランエルにジャックが倒され、後を継いだクロウ。ジャックを倒したホセの操る機皇帝グランエルの攻撃力は、ジャックのスカーレッド・ノヴァ・ドラゴンを吸収し、なんと１５，５００！シンクロ召喚の効かない相手に、クロウはブラックフェザー極光のアウロラを特殊召喚して巧みな戦略をしかけるが･･･。
クロウが自分を犠牲にしてフィールドに召喚したブラック・フェザー・ドラゴンを引き継いだ遊星と、攻撃力１５，５００の機皇帝グランエルを従えるホセとの戦いが始まった。クロウがつないでくれた思いをなんとか無駄にするまいと、なんとかシューティング・スター・ドラゴンの召喚に成功した遊星に対しホセは、未来のネオドミノシティの映像を見せる。そこはまるで墓場のようだった。シンクロ召喚がまねいた未来だとホセは言う。激しいショックを受けながらも、遊星はデュエルを続ける･･････。
ルチアーノ、プラシド、ホセの三人とＤホイールが合体し、"絶望の番人アポリア"と姿を変えた！異様な合体に驚く遊星や観衆の前で、アポリアはこれまでにセットしてきた機皇帝の３枚の「コア」を墓地に送り、最強の「機皇神マシニクル」を召喚する！一方、最強の機皇神の召喚とともに、激しい無数のイナズマに襲われ、街はパニックに陥ってしまう。遊星はマシニクルの脅威を何とか食い止めようと、シューティング・スター・ドラゴンで対抗するが･･･。
絶体絶命の遊星は、ジャックが伏せていたトラップを使った見事な連携プレーで危機をしのぐ。その勢いで反撃しようとするが、アポリアにかわされてしまった上、スカーレッド・ノヴァ・ドラゴンとブラックフェザー・ドラゴンが機皇神マシニクルに吸収されてしまう。その後も遊星の苦戦は続き、ついにライフポイントは残り400となってしまう。次のダメージを受けたら確実に負けるというその時、遊星は･･･。
歴史に残る大激戦の末、決着がついたＷＲＧＰの決勝戦。長い戦いの末、チーム５Ｄ'ｓはＷＲＧＰの第１回チャンピオンとなる。これでネオ童実野シティの平和を守ることができたと胸を撫で下ろす遊星たちだったが、突如空が割れ、闇の中からアーククレイドルが出現する。アポリアを倒せばアーククレイドルは消滅するはずでは･･･！？動揺する遊星たちのもとに、新たな驚愕の事実が知らされる。
突如、ネオ童実野シティ上空に巨大な姿を現したアーククレイドル。そのアーククレイドルで不吉な未来を見たというシェリー。「アーククレイドルに来てはならない。アーククレイドルに来れば遊星は死ぬことになる･･･」動揺するチーム５Ｄ'ｓのメンバーたち。しかし遊星の決意は変わらず、仲間達の心情を察した遊星は単身でアーククレイドルへ乗り込むことにするが･･･。
アーククレイドルに到着した遊星たちは、ゾーンの策略により３組に分断されてしまう。互いの無事を祈りながら、それぞれに中心部を目指すチーム５Ｄ'ｓの面々。そしてクロウとアキの前にはシェリーが立ちはだかる。「あなたたちをこれ以上進ませるわけにはいかない」彼女はゾーンに協力することで、願いをひとつ叶えてもらう取り引きをしたという。シェリーは２人に分裂し、巧みな魔法のような技でアキとクロウを混乱させるが･･････。
シェリーの嘘を見抜き、フィールド魔法「エコール・ド・ゾーン」の効果を打ち破ったクロウとアキ。だが、シェリーは父親の残したマジックカード「Ｚ－ＯＮＥ」の力を使い、新たなフィールド魔法「魂縛門」発動させた！自らの身を削ってまでアキとクロウを倒そうとするシェリーは、さらに、クロウの過去を変えたいという願望を呼び覚まし、味方に引き入れようとするが･･･
アーククレイドルの中を進むジャックと龍亞と龍可は遊星ギアにたどりつく。そこには、ＷＲＧＰの決勝で敗れたはずアポリアが待ち構えていた！遊星ギアを止めるには、デュエルで彼を倒すしかない。しかし、アポリアの発動したフィールド魔法で、強制的に取り付けられた装置によって４人はデュエルそのものと一体化されてしまう。４人の命も数値化され、ライフがゼロになることは死を意味する。命をかけたデュエルが始まった！
ジャック・龍亞・龍可ＶＳアポリア！仲間を守ろうと張り切る龍亞だったが、その攻勢が裏目に出て、ジャックと龍可はライフポイントが残り100になってしまう。倒れた仲間を前に呆然と立ちつくす龍亞。そんな中でアポリアは非情にも機皇神龍アステリスクを召喚し、一気に攻撃をしかけてくる。窮地に追い込まれる三人。龍可を命をかけて守ろうと決心した龍亞は、敢然とアポリアに立ち向かう。そんな龍亞にアポリアは全員の命が助かる方法としてサレンダーを勧めるが･･････。
ジャック・龍亞・龍可ＶＳアポリア！絶望の淵から這い上がった龍亞が遂に６番目のシグナーとして覚醒した！彼の新たなドラゴンはパワー・ツール・ドラゴンを進化させたライフ・ストリーム・ドラゴンだ。龍亞はライフ・ストリーム・ドラゴンで、機皇神龍アステリスクを攻撃する。またシンクロ召喚の効果によって、死の寸前から回復したジャックと龍可は、アポリアへの猛反撃を開始した！
覆面レーサーの正体は仲間であるはずのブルーノだった！動揺する遊星に対し、ブルーノはさらなる衝撃の事実を語る。自分はゾーンの仲間「アンチノミー」だと。なぜだ･･･今までの言葉はすべて嘘だったのか･･･！？混乱する遊星に対し、アクセルシンクロモンスターで容赦ない攻撃をしかけるアンチノミー。はたして遊星は･･･
遊星ｖｓアンチノミーの激戦が続くアーククレイドル内。相手との力の差に焦りを感じる遊星に対し、アンチノミーは限界を超えた境地トップ・クリア・マインドによる「デルタ・アクセル・シンクロ」でさらなる猛攻をしかける。しかも、そんな両者の後方には、敗者を飲み込むブラック・ホールが迫っていた！絶対に負けられないこの窮地で遊星は･･･！？
遊星が戦ったアンチノミーの正体がブルーノだったことを知り、衝撃を受けるチーム５Ｄ'ｓのメンバーたち。悲しみをこらえながらも、アーククレイドルを操る最後の一人・ゾーンと対峙するが、そこへ敗れたはずのアポリアが現れる。ゾーンに"希望"を思い出させるためゾーンとのデュエルを開始するが、機皇帝グランエルを召喚し最初から全力で攻撃してくるアポリアに対し、ゾーンがとった戦略とは遊星たちの想像を超えるものだった。
遊星たちに教えられた"希望"を胸に、最後の敵・ゾーンに闘いを挑むアポリア。だが、ゾーンは破壊無効のモンスター・時械神メタイオンを召喚し、アポリアの機皇帝を次々と退けてしまう。もはや打つ手はないのか･･･。ゾーンの圧倒的な力を前に遊星たちは焦りを募らせるが、アポリアは通用しないはずの機皇帝を再び召喚する。残されたわずかな可能性にかけるアポリアの驚愕の戦略とは！？
ついに遊星と最後の敵・ゾーンが対決！最初からダメージも破壊も無効にするモンスター「時械神メタイオン」を召喚してきたゾーンに対し、遊星は仲間との絆の証として託されたレッド・デーモンズ・ドラゴンとブラック・フェザー・ドラゴンを召喚し、立ち向かう。しかしメタイオンはバトルで破壊されずダメージも受けない全能の神。遊星がとった戦略はゾーンにすべて読まれていた。次なる戦略を考えなければならない・・・！
時械神が消えるまでの持久戦を目論む遊星を嘲笑うかのように、一気に三体もの時械神を召喚するゾーン。「不動遊星･･･私は未来の、あなた自身なのですよ」ゾーンの衝撃の言葉に遊星たちは凍り付く。そんなはずはない･･･必死に否定を続ける遊星にゾーンは真意を語り始める。
５体の時械神を召喚し、遊星に襲いかかるゾーン。対する遊星のフィールドには、エンシェントフェアリードラゴン１体と罠カード「くず鉄のかかし」が１枚のみ･･･。はたして時械神の怒涛の攻撃を凌ぎ、次のターンに希望を繋ぐことはできるのか！？そんな時、アーククレイドルとネオ童実野シティが衝突をした影響で、遊星は空中に投げ出されてしまう。何も救えないまま終わるのかと絶望しかけた遊星は･･･！
絶体絶命の窮地に追い込まれた遊星は、仲間たちから託された５体のシンクロモンスターをシンクロさせ、究極モンスター、シューティング・クェーサー・ドラゴンを召喚！ゾーンの５体の時械神を次々に破壊し、ゾーンを追い詰める。だがゾーンはなんと攻撃力２０，０００の究極時械神セフィロンを召喚し対抗する！人類の未来をかけたデュエルの結末は･･･！？
ネオ童実野シティを救った遊星たち。未来は彼らの手に委ねられ、ネオ童実野シティも新たな道を歩み始める。イェーガーが初代市長となり、クロウはハイウェイパトロールになった。遊星はモーメントの新しいシステム"フォーチュン"を完成させ、都市機能を正しい方向へ導くことに成功する。そして５Ｄ'ｓのメンバーそれぞれにも、新しい未来が花開こうとしていた。
未来を選択するための遊星とジャックのデュエル。さっそくふたりともスターダスト・ドラゴンとレッド・デーモンズ・ドラゴンを召喚するが、スター・エクスカージョンのカード効果で、ドラゴン２体は消えてしまう。消えた先はそれぞれの未来だ。エースモンスターなしで、遊星とジャックは全身全霊でぶつかり合う。お互いの戦略を賞賛し合いつつ、デュエルはさらに白熱していく。
ついにジャックとのデュエルに決着がつき、自分の進むべき道を決心する遊星。同じように、ジャックやクロウ、アキ、龍亞・龍可たちも、この戦いを見て自分たちの進むべき道を決意する。そして･･････。
