妖邪界の襲撃から35年、ナスティ柳生を中心に発足した「防衛特殊事案対策本部」通称DSTは、防衛力の強化と次世代を担うサムライトルーパーの育成に尽力していた。再び妖邪界が侵攻してくるかもしれないその日に備えて……。 そしてついにその日がやってきた。突如妖邪界と人間界を繋ぐ門が現れ、妖邪による人間界への侵攻が始まる。北条武蔵ら現サムライトルーパーたちはこの有事に勇敢に立ち向かう。 しかし、懐メロを口ずさむ残忍な妖邪には全く歯が立たず……。
上杉魁人は祖母の芳江を殺した妖邪の後を追う中で武装ギアを盗み出す。 その後、祖母を弔うために向かった火葬場で居場所のない死者たちが“カイライ”となり魁人に襲いかかってきた。 他の生存者を守るためアンダーギアになって戦おうとするも、人間だったカイライたちを前に攻撃を躊躇ってしまう。
新たにサムライトルーパーの一員となった魁人。 と、勝手に加わった北条大和。
