温暖化が進んだ地球で、大都市ヨコハマは高台を残し海中に没していた。そのヨコハマ近郊の岬にある喫茶店、カフェ・アルファは喫茶店と同じ名前を持つアルファと呼ばれる女性型ロボットが営むお店だった。喫茶店のオーナーはカフェ・アルファをロボットに任せて、ふらっとどこかへ出かけたままなのだが、アルファは今日もお店の準備をしながらオーナーの帰りを待つ。
喫茶店のオーナーは、カフェ・アルファをロボットのアルファに任せてどこかへ旅立ってしまった。お店を経営しながらオーナーの帰りを待っていたアルファだが、ある夏にやってきた台風によりお店は大破。アルファはカフェ再建の資金を稼ぐため、ちょっと長めの旅に出ることにした……。