Sadowski, nowy szef UOP, buduje kadry wywiadu wolnej Polski, rekrutując młodych studentów, w tym Artura, który niegdyś uratował mu życie. Po szkoleniu w Kiejkutach grupa przyjaciół musi zmierzyć się z realnym zagrożeniem. Nieudany zamach na Sadowskiego odsłania siatkę powiązań prowadzącą do Moskwy. Wiceszef FSB, Smirnoff, zleca armii rosyjskiej tajną operację na terenie Polski, zatajając ten fakt przed Michaiłem Gorbaczowem.
W cieniu moskiewskiego puczu Smirnoff przerzuca do Polski głowice jądrowe. Nieświadomi zagrożenia młodzi oficerowie UOP rozpoczynają swoje misje. Zuza i Budyń prowadzą grę operacyjną w Berlinie, wpływając na negocjacje graniczne. Z kolei Artur rozpracowuje w Legnicy mafię handlującą posowiecką bronią. Jego śledztwo prowadzi do konfrontacji z generałem Dubyninem i tajemniczą agentką Nastią, którzy zamiast aresztowania proponują mu zaskakujący sojusz.
Ranny Artur opuszcza szpital, by z Grupą Z wznowić poszukiwania ukrytych głowic. Wkrótce demaskuje podsłuch w prezencie od Nastii. Natomiast radzieccy oficerowie celowo naprowadzają polską ekipę na fałszywy trop.
W ogarniętej wojną Jugosławii Artur ewakuuje do Sarajewa małą Mirsadę – jedyną ocalałą z brutalnej pacyfikacji wioski. Dziewczynka trafia pod opiekę Nastii, która błyskawicznie inicjuje plan wywiezienia sierot z rejonu konfliktu.
W Warszawie Sadowski, walcząc z nałogiem Sylwii, zostaje zmuszony do przyznania się Gutkowi do dawnej współpracy z SB. Smirnoff zdobywa dowody zdrady swoich oficerów. W Splicie próba powstrzymania sprzedaży głowic kończy się tragicznie.
Po tragicznych wydarzeniach w Srebrenicy i dymisji Tadeusza Mazowieckiego awansowany Artur wraca do kraju. Wspólnie z Czarną i Nastią rozpoczyna tajną operację usunięcia rosyjskiej broni nuklearnej z terytorium Polski.
Nastia odkrywa miejsce ukrycia głowic jądrowych w jednym z warszawskich kościołów, a następnie przekazuje Arturowi tajne dokumenty inicjujące aferę Olina, ukrywając ich prawdziwe pochodzenie.
Amerykański wywiad ostrzega, że nierozwiązana sprawa ukrytych w Polsce rosyjskich głowic nuklearnych zablokuje wejście kraju do NATO. Artur i Sadowski odkrywają, że wywołana niedawno afera polityczna to jedynie zasłona dymna.
Eksplozja w warszawskim kościele okazuje się jedynie mistyfikacją, co zmusza polski wywiad do intensyfikacji działań. Zespół Artura odkrywa, że za kradzieżą prawdziwych głowic nuklearnych stoi Wiktor, którego bezwzględne kroki doprowadzają do samobójstwa Dubynina. W ramach operacji Artur otrzymuje od dowództwa zadanie dezinformacji przeciwnika, podczas gdy zakonspirowany Budyń przenika głębiej w struktury grupy przemytniczej. Trop prowadzi funkcjonariuszy do hangaru, gdzie dochodzi do zbrojnej konfrontacji.
Sadowski po wielu latach decyduje się na trudny krok i umieszcza Sylwię na oddziale zamkniętym. Nie zdradza, że w Szwecji odnaleziony został jej biologiczny syn. Zespół operacyjny dostaje tylko miesiąc na zlokalizowanie zaginionych ładunków. Nowy trop, dotyczący choroby popromiennej u pewnego bezdomnego, okazuje się kluczowy dla śledztwa. Tymczasem Nastia z powodzeniem prowadzi akcję dezinformacyjną w ambasadzie. Musi także zmierzyć się z bolesną prawdą o tożsamości swojego ojca.
Budyń wyznaje zespołowi, że padł ofiarą szantażu, co skutkuje decyzją o ryzykownej grze mającej na celu przejęcie ładunków. Bohdan i Nastia wspierają agentów podczas ostatecznej konfrontacji w starym porcie na rzece, gdzie bohaterowie podejmują próbę przechwycenia pocisków i udaremnienia nuklearnego zamachu przygotowywanego przez Smirnoffa.