２１世紀半ば、日本は４つの経済圏によって分割統治された。隷属国となった日本に生まれた少年・椎葉アモウは、鬱屈した毎日を過ごす中で、ある日、草むらに捨てられていた自律思考型ＡＩ『ガイ』と出会う。
オセアニア連合軍の襲撃を振り切ったアモウは、ガイ・ケンブとともに逃亡の日々を送っていた。慣れない毎日にアモウの疲労は溜まっていく。空腹に耐えかねたある日、アモウは山の中で小さな畑を見つけて……。
アジア自由貿易協商軍に襲われたアモウ達の危機を救ったのは、見たことのないＡＭＡＩＭだった。その戦闘力は凄まじく、たちまちアジア軍の無人機部隊を倒す。そしてアモウ達の元に謎のＡＭＡＩＭからデータが送られてきて……。
八咫烏』のキャンプ地を襲う正体不明の黒いＡＭＡＩＭ。突然の事態に逃げ惑う隊員達。訳もわからず反応できなかったアモウの横で、ガシンが黒いＡＭＡＩＭを睨みつけて呟く。「あいつは、あの機体は……！」
リサの故郷にやって来たアモウとガイ。そこでリサの旧友たちに迎え入れられたアモウは、彼らの優しさに触れ、心に温かいものを感じる。しかし、その街でもアジア軍 による日本人への理不尽な抑圧が行われていた。
ケンブ、ジョウガンの修理パーツを受け取るため、アジア自由貿易協商圏の街に来たアモウとガシン。その最中、街に攻撃を仕掛けてくるオセアニア軍 。住民を避難所へと誘導するアジア軍 だったが、多くの日本人が逃げ遅れてしまい……。
3人目のパイロット、シオンと合流を果たしたアモウたち。シオンのパートナーＡＩ、ナユタを含めた３人と３ＡＩで賑々しくも新本部を目指していく。その頃、北米同盟軍のブラッドは特命を受けてゴーストを追っていた。
アモウたちと買い出しに来ていたガシンは、そこで兄同然に育った末永ユウセイと再会する。八咫烏を離れたユウセイは日本人ための自治区を作り、その運営を行っていた。ユウセイの姿を嬉しく思うガシンだったが……。
ジェルマンの依頼を受け、アモウ達は東北で活動しているレジスタンス組織の救援に向かうことになった。その船上、末永のことがあってガシンの表情は晴れない。そんな彼らを、アレクセイ・ゼレノイ少佐が待ち受ける。
接触してきたジェルマンから、ブラッド達はゴーストの潜伏先を知る。警戒しつつも真偽のほどを情報局に確認させるブラッド。一方で宇堂達は、日本海側のアジア軍の動きが、これまでとは異なることを察知していた。
ゴーストは隠岐の島にいる――その情報を手にした宇堂達は、調査の末、アジア軍がゴーストと戦闘し撤退したこと、日本人達が島に取り残されていることを知る。彼らはゴースト討伐と日本人救出のため準備を進める。
ケンブ達３機がかりでもゴーストを倒しきれなかった。しかも時間が経つにつれ、ゴーストはケンブ達との戦い方を学習し、猛烈にこちらを攻め立ててくる。アモウたちは熊井たちの協力を得て、逆転のための作戦を練る。
隠岐の島戦から８ヶ月後。日本を舞台にした戦乱はいまだ終わりを迎えていない。レジスタンス組織『八咫烏』は、苦しみながらも、いまも日本を取り戻すため戦い続けていた。
突如現われた未確認のＡＭＡＩＭ、それに乗っていたのはアモウとガイだった。再会を喜ぶシオンや熊井たち。しかしアモウは、どこかよそよそしく多くを語ろうとしなかった。そんな彼らに部隊を補充した北米軍が迫る。
ユーラシア圏と北米圏が接触する境界線の一角、そこで北米軍を押し返しているユーラシア軍部隊があった。アレクセイ・ゼレノイ率いる部隊だ。味方の窮地を救うため出撃していくブラッドたち。開発中の新型機を携えて。
ガシン達に問われ、彼らの気持ちを察して８ヶ月間の出来事を話し始めるアモウ。アモウはミスズが代表を務めるＡＩ開発機関の予備施設にいた。束の間、平和な時を過ごすアモウ。しかし、そんな彼らに悲劇が襲いかかる。
ユウセイからの救援要請を受けて東北の地を訪れたアモウたち。そこには親日家のユーラシア軍人が作った日本人保護区があった。だが、北米圏拡大によって前線と接触。アモウたちは保護区を守るため北米軍を迎え撃つ。
『八咫烏』一同に新たな任務が下りる。だがそれはガイ、ケイ、ナユタに決して知られてはいけない特別な任務だった。アモウたちの様子に気づいたガイたちは、様々な手段を駆使して、その秘密を暴こうと奔走するが――。
