För 350 år sedan sjönk ett fartyg i Östersjön norr om Gotland. Arkeologerna kallar det Spökskeppet, eftersom det är hemlighetsfullt och kusligt välbevarat. Vi följer forskarnas arbete med att knäcka Spökskeppets hemligheter. Det sker med nya, avancerade tekniska metoder som aldrig prövats för arkeologi på stora djup i Östersjön. Fram träder ett skepp från Vasatid, som vittnar om när Östersjön blev ett nav för den gryende världshandeln.